seq1 = pF1KB7944.tfa, 738 bp
seq2 = pF1KB7944/gi568815592f_41538750.tfa (gi568815592f:41538750_41753572), 214823 bp

>pF1KB7944 738
>gi568815592f:41538750_41753572 (Chr6)

1-76  (100001-100076)   100% ->
77-259  (107377-107559)   100% ->
260-484  (110870-111094)   100% ->
485-738  (114570-114823)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCAGGTGAGCGGCCAGCGCCCCTCTGGCTGCGACGCGCCCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCAGGTGAGCGGCCAGCGCCCCTCTGGCTGCGACGCGCCCTATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCCCCCAGCGCAGCCCCGGGCCCAG         CCCAGACCCTATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100051 AGCCCCCAGCGCAGCCCCGGGCCCAGGTA...TAGCCCAGACCCTATCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCCTTCCTGGGCTGGAGGTAGTAACAGGATCCACTCACCCTGCGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107392 TCCTTCCTGGGCTGGAGGTAGTAACAGGATCCACTCACCCTGCGGAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCACCAGAGGAGGGCTCCCTGGAGGAGGCGGCAACCCCCATGCCCCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107442 GCACCAGAGGAGGGCTCCCTGGAGGAGGCGGCAACCCCCATGCCCCAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATGGCCCTGGCATCCCCCAGGGCCTGGACAGCACTGACCTCGACGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107492 CAATGGCCCTGGCATCCCCCAGGGCCTGGACAGCACTGACCTCGACGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACAGAAGCTGTGACAT         GCCAGCCTCAGGGGAACCCCTTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107542 CCACAGAAGCTGTGACATGTG...CAGGCCAGCCTCAGGGGAACCCCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTGCACCCCACTTCTGCCGAATGACTCTGGCCACCCCTCAGAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110893 GGCTGCACCCCACTTCTGCCGAATGACTCTGGCCACCCCTCAGAGCTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGGCACCAGACGGGCGGGGAATGGTGCCCTGGGTGGCCCCAAGGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110943 CGGCACCAGACGGGCGGGGAATGGTGCCCTGGGTGGCCCCAAGGCCCACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAAGTTGCAGACACACCCATCTCTCGCCAGCCAGGGCAGCAAGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110993 GGAAGTTGCAGACACACCCATCTCTCGCCAGCCAGGGCAGCAAGAAGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGAGCAGCAGCAAATCCACCACCTCCCAGATCCCCCTCCAGGCACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111043 AAGAGCAGCAGCAAATCCACCACCTCCCAGATCCCCCTCCAGGCACAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AG         ACTGCTGTGTCCACTGCATCCTGTCCTGCCTGTTCTGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111093 AGGTA...CAGACTGCTGTGTCCACTGCATCCTGTCCTGCCTGTTCTGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTTCCTGACGCTGTGCAACATCGTCCTGGACTGCGCCACCTGTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114609 AGTTCCTGACGCTGTGCAACATCGTCCTGGACTGCGCCACCTGTGGCTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGCAGCTCGGAGGACTCGTGCCTCTGCTGCTGCTGCTGTGGCTCTGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114659 TGCAGCTCGGAGGACTCGTGCCTCTGCTGCTGCTGCTGTGGCTCTGGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGTGCCGACTGCGACCTGCCCTGCGACCTGGACTGCGGCATCCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114709 GTGTGCCGACTGCGACCTGCCCTGCGACCTGGACTGCGGCATCCTGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTGCTGCGAGTCCGCGGACTGCCTGGAGATCTGCATGGAGTGCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114759 CCTGCTGCGAGTCCGCGGACTGCCTGGAGATCTGCATGGAGTGCTGTGGG

    750     .    :    .
    724 CTCTGCTTCTCCTCC
        |||||||||||||||
 114809 CTCTGCTTCTCCTCC