seq1 = pF1KB7940.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KB7940/gi568815596f_241602066.tfa (gi568815596f:241602066_241825028), 222963 bp

>pF1KB7940 720
>gi568815596f:241602066_241825028 (Chr2)

1-37  (100001-100037)   100% ->
38-109  (102588-102659)   100% ->
110-276  (107151-107317)   100% ->
277-388  (109312-109423)   100% ->
389-482  (109913-110006)   100% ->
483-618  (120874-121009)   100% ->
619-680  (121145-121206)   100% ->
681-720  (122924-122963)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCGCCATGTACTTGGAGCACTATCTGGACA         GTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100001 ATGGCGACCGCCATGTACTTGGAGCACTATCTGGACAGTA...CAGGTAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CGAGAACCTTCCCTGCGAACTTCAGAGGAACTTCCAGCTGATGCGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102592 CGAGAACCTTCCCTGCGAACTTCAGAGGAACTTCCAGCTGATGCGAGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACCAGAGGACGGAAG         ATAAGAAAGCAGAGATTGACATC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102642 TGGACCAGAGGACGGAAGGTG...CAGATAAGAAAGCAGAGATTGACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGGCTGCAGAGTACATCTCCACGGTGAAGACGCTGTCTCCAGACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107174 CTGGCTGCAGAGTACATCTCCACGGTGAAGACGCTGTCTCCAGACCAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGTGGAGCGCCTGCAGAAGATCCAGAACGCCTACAGCAAGTGCAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107224 CGTGGAGCGCCTGCAGAAGATCCAGAACGCCTACAGCAAGTGCAAGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGTGACGACAAAGTGCAGCTGGCCATGCAGACCTACGAGATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107274 ACAGTGACGACAAAGTGCAGCTGGCCATGCAGACCTACGAGATGGTG...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    277    GTGGATAAACACATTCGAAGGCTTGATGCAGACCTGGCGCGCTTTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109309 TAGGTGGATAAACACATTCGAAGGCTTGATGCAGACCTGGCGCGCTTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGCAGATCTGAAGGACAAGATGGAGGGCAGTGATTTTGAAAGCTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109359 AGCAGATCTGAAGGACAAGATGGAGGGCAGTGATTTTGAAAGCTCCGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCGAGGGTTAAAAA         AAGGCCGGGGTCAGAAAGAAAAAAGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 109409 GGCGAGGGTTAAAAAGCA...CAGAAGGCCGGGGTCAGAAAGAAAAAAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGGTCCCGGGGCCGAGGCAGGAGGACATCAGAGGAAGACACACCAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109939 GGGTCCCGGGGCCGAGGCAGGAGGACATCAGAGGAAGACACACCAAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAGAAGCACAAAGGAGG         GTCTGAGTTCACTGACACCATCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109989 AAAGAAGCACAAAGGAGGGTA...CAGGTCTGAGTTCACTGACACCATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGTCCGTGCACCCCTCTGATGTGCTGGACATGCCCGTGGACCCAAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120897 TGTCCGTGCACCCCTCTGATGTGCTGGACATGCCCGTGGACCCAAACGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCACGTACTGCCTGTGCCACCAGGTCTCCTATGGGGAGATGATTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120947 CCCACGTACTGCCTGTGCCACCAGGTCTCCTATGGGGAGATGATTGGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGACAATCCAGAC         TGTCCAATTGAGTGGTTTCACTTTGCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 120997 TGACAATCCAGACGTG...CAGTGTCCAATTGAGTGGTTTCACTTTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GCGTGGACCTTACCACGAAACCCAAAGGAAAATG         GTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121173 GCGTGGACCTTACCACGAAACCCAAAGGAAAATGGTG...CAGGTTCTGT

    750     .    :    .    :    .    :
    688 CCACGGTGTGTCCAGGAAAAGAGGAAGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 122931 CCACGGTGTGTCCAGGAAAAGAGGAAGAAGAAG