seq1 = pF1KB7938.tfa, 699 bp
seq2 = pF1KB7938/gi568815597r_85167630.tfa (gi568815597r:85167630_85376352), 208723 bp

>pF1KB7938 699
>gi568815597r:85167630_85376352 (Chr1)

(complement)

1-57  (100001-100057)   98% ->
58-346  (105447-105735)   100% ->
347-699  (108371-108723)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCCACCGCACCGTCCCTGACCGAGGAGGACCTCACTGAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCCACCGCACCGTCCCTCACCGAGGAGGACCTCACTGAAGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAC         GCCTTAGAAAATTTACGTGTATACCTGTGTGAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGACGTG...TAGGCCTTAGAAAATTTACGTGTATACCTGTGTGAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAATCATAGCTGAGAGACATTTTGATCATCTACGTGCAAAAAAAATACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105481 AAATCATAGCTGAGAGACATTTTGATCATCTACGTGCAAAAAAAATACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTAGAGAAGACACTGAAGAAATTTCTTGTCGAACATCAAGTAGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105531 AGTAGAGAAGACACTGAAGAAATTTCTTGTCGAACATCAAGTAGAAAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCTGGAAAATTGTTAGACTACTTACAGGAAAACCCAAAAGGTCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105581 GGCTGGAAAATTGTTAGACTACTTACAGGAAAACCCAAAAGGTCTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCTTGTTGAATCTATTCGGCGAGAAAAAACACAGAACTTCCTGATACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105631 CCCTTGTTGAATCTATTCGGCGAGAAAAAACACAGAACTTCCTGATACAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGATTACAGATGAAGTGCTGAAACTTAGAAATATAAAACTAGAACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105681 AAGATTACAGATGAAGTGCTGAAACTTAGAAATATAAAACTAGAACATCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAAG         GACTAAAATGTAGCAGTTGTGAACCTTTTCCAGATG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105731 GAAAGGTA...TAGGACTAAAATGTAGCAGTTGTGAACCTTTTCCAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGCCACGAACAACCTCTCCAGATCAAATTCAGATGAGAGTAATTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108407 GAGCCACGAACAACCTCTCCAGATCAAATTCAGATGAGAGTAATTTCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAAAACTGAGGGCATCCACTGTCATGTACCATCCAGAAGGAGAATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108457 GAAAAACTGAGGGCATCCACTGTCATGTACCATCCAGAAGGAGAATCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CACGACGCCCTTTTTTTCTACTAATTCTTCTCTGAATTTGCCTGTTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108507 CACGACGCCCTTTTTTTCTACTAATTCTTCTCTGAATTTGCCTGTTCTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAGTAGGCAGAACTGAAAATACCATCTTCTCTTCAACTACACTTCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108557 AAGTAGGCAGAACTGAAAATACCATCTTCTCTTCAACTACACTTCCCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCTGGGGACCCAGGGGCTCCTCCTTTGCCACCAGATCTACAGTTAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108607 CCTGGGGACCCAGGGGCTCCTCCTTTGCCACCAGATCTACAGTTAGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGAAGGAACTTGTGCAAACTCTAGTGAGATGTTTCTTCCCTTAAGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108657 AGAAGGAACTTGTGCAAACTCTAGTGAGATGTTTCTTCCCTTAAGATCAC

    700     .    :    .
    683 GTACTGTTTCACGACAA
        |||||||||||||||||
 108707 GTACTGTTTCACGACAA