seq1 = pF1KB7936.tfa, 648 bp
seq2 = pF1KB7936/gi568815593f_170404573.tfa (gi568815593f:170404573_170835803), 431231 bp

>pF1KB7936 648
>gi568815593f:170404573_170835803 (Chr5)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-186  (314186-314310)   100% ->
187-256  (315749-315818)   100% ->
257-327  (317261-317331)   100% ->
328-435  (318141-318248)   100% ->
436-540  (328228-328332)   100% ->
541-603  (329264-329326)   100% ->
604-648  (331187-331231)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGCCGTCATGGGCACCTTCTCATCTCTGCAAACCAAACAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGGCCGTCATGGGCACCTTCTCATCTCTGCAAACCAAACAAAGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCTCGAAAG         ATAAGATTGAAGATGAGCTGGAGATGACCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCTCGAAAGGTA...CAGATAAGATTGAAGATGAGCTGGAGATGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTTTGCCATCGGCCCGAGGGACTGGAGCAGCTCGAGGCCCAGACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314216 TGGTTTGCCATCGGCCCGAGGGACTGGAGCAGCTCGAGGCCCAGACCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACCAAGAGGGAGCTGCAGGTCCTTTATCGAGGCTTCAAAAAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 314266 TTCACCAAGAGGGAGCTGCAGGTCCTTTATCGAGGCTTCAAAAATGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GAGTGCCCCAGTGGTGTGGTCAACGAAGACACATTCAAGCAGATCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314316 .CAGGAGTGCCCCAGTGGTGTGGTCAACGAAGACACATTCAAGCAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGCTCAGTTTTTCCCTCATGGAG         ATGCCAGCACGTATGCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 315795 ATGCTCAGTTTTTCCCTCATGGAGGTG...TAGATGCCAGCACGTATGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CATTACCTCTTCAATGCCTTCGACACCACTCAGACAGGCTCCGTGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317278 CATTACCTCTTCAATGCCTTCGACACCACTCAGACAGGCTCCGTGAAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGAG         GACTTTGTAACCGCTCTGTCGATTTTATTGAGAGGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317328 CGAGGTA...CAGGACTTTGTAACCGCTCTGTCGATTTTATTGAGAGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGTCCACGAGAAACTAAGGTGGACATTTAATTTGTATGACATCAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318178 CTGTCCACGAGAAACTAAGGTGGACATTTAATTTGTATGACATCAACAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACGGATACATAAACAAAGAG         GAGATGATGGACATTGTCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 318228 GACGGATACATAAACAAAGAGGTA...CAGGAGATGATGGACATTGTCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCCATCTATGACATGATGGGGAAATACACATATCCTGTGCTCAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 328248 AGCCATCTATGACATGATGGGGAAATACACATATCCTGTGCTCAAAGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACACTCCAAGGCAGCATGTGGACGTCTTCTTCCAG         AAAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 328298 ACACTCCAAGGCAGCATGTGGACGTCTTCTTCCAGGTA...CAGAAAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GACAAAAATAAAGATGGCATCGTAACTTTAGATGAATTTCTTGAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329270 GACAAAAATAAAGATGGCATCGTAACTTTAGATGAATTTCTTGAATCATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCAGGAG         GACGACAACATCATGAGGTCTCTCCAGCTGTTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 329320 TCAGGAGGTA...CAGGACGACAACATCATGAGGTCTCTCCAGCTGTTTC

    700     .    :
    638 AAAATGTCATG
        |||||||||||
 331221 AAAATGTCATG