seq1 = pF1KB7927.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KB7927/gi568815594f_39598328.tfa (gi568815594f:39598328_39878431), 280104 bp

>pF1KB7927 600
>gi568815594f:39598328_39878431 (Chr4)

1-63  (100001-100063)   100% ->
64-160  (139093-139190)   97% ->
161-216  (147428-147483)   100% ->
217-299  (157330-157412)   100% ->
300-399  (176507-176606)   100% ->
400-528  (179355-179483)   100% ->
529-600  (180033-180104)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACATCGCGGTGCAGCGAATCAAGCGGGAGTTCAAGGAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACATCGCGGTGCAGCGAATCAAGCGGGAGTTCAAGGAGGTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGAGCGAGGAG         ACGAGCAAAAATCAAATTAAAGTAGATC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAGCGAGGAGGTC...AAGACGAGCAAAAATCAAATTAAAGTAGATC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTAGATGAGAATTTTACAGAATTAAGAGGAGAAATAGCAGGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139121 TTGTAGATGAGAATTTTACAGAATTAAGAGGAGAAATAGCAGGACCTCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACACACCATATGAAGG AG         GAAGATACCAACTAGAGATAA
        |||||||||||||||||-| >>>...>>>|||||||||||||||||||||
 139171 GACACACCATATGAAGGCAAGTA...GAGGAAGATACCAACTAGAGATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    182 AAATACCAGAAACATACCCATTTAATCCCCCTAAG         GTCCGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 147449 AAATACCAGAAACATACCCATTTAATCCCCCTAAGGTA...TAGGTCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    223 TTTATCACTAAAATATGGCATCCTAATATTAGTTCCGTCACAGGGGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157336 TTTATCACTAAAATATGGCATCCTAATATTAGTTCCGTCACAGGGGCTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    273 TTGTTTGGATATCCTGAAAGATCAATG         GGCAGCTGCAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 157386 TTGTTTGGATATCCTGAAAGATCAATGGTA...TAGGGCAGCTGCAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    314 CTCTCCGCACGGTATTATTGTCATTGCAAGCACTATTGGCAGCTGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176521 CTCTCCGCACGGTATTATTGTCATTGCAAGCACTATTGGCAGCTGCAGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    364 CCAGATGATCCACAGGATGCTGTAGTAGCAAATCAG         TACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 176571 CCAGATGATCCACAGGATGCTGTAGTAGCAAATCAGGTA...TAGTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    405 ACAAAATCCCGAAATGTTCAAACAGACAGCTCGACTTTGGGCACATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179360 ACAAAATCCCGAAATGTTCAAACAGACAGCTCGACTTTGGGCACATGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    455 ATGCTGGAGCACCAGTTTCTAGTCCAGAATACACCAAAAAAATAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179410 ATGCTGGAGCACCAGTTTCTAGTCCAGAATACACCAAAAAAATAGAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    505 CTATGTGCTATGGGCTTTGATAGG         AATGCAGTAATAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 179460 CTATGTGCTATGGGCTTTGATAGGGTA...CAGAATGCAGTAATAGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 CTTGTCTTCAAAATCATGGGATGTAGAGACTGCAACAGAATTGCTTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180050 CTTGTCTTCAAAATCATGGGATGTAGAGACTGCAACAGAATTGCTTCTGA

    650     .
    596 GTAAC
        |||||
 180100 GTAAC