seq1 = pF1KB7921.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KB7921/gi568815597f_212515022.tfa (gi568815597f:212515022_212719552), 204531 bp

>pF1KB7921 543
>gi568815597f:212515022_212719552 (Chr1)

1-240  (100001-100240)   100% ->
241-348  (103106-103213)   100% ->
349-543  (104337-104531)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCTTCAACACCCAGGCCAGGTCTCTGCCTCGGAAGTGAGTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCTTCAACACCCAGGCCAGGTCTCTGCCTCGGAAGTGAGTGCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCATCGTCCCCTGCCTGTCCCCTCCTGGGTCACTGGTGTTTGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCATCGTCCCCTGCCTGTCCCCTCCTGGGTCACTGGTGTTTGAGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGCTAACCTGACGCCCTTTGTCAAGGAAGAGCTGAGGTTTGCCATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGCTAACCTGACGCCCTTTGTCAAGGAAGAGCTGAGGTTTGCCATCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACAAGCACCTCTGCCACCGGATGTCCTCTGCGCTGGAATCAGTCACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACAAGCACCTCTGCCACCGGATGTCCTCTGCGCTGGAATCAGTCACTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCGACAGACCCCTCGGGGTGTCCATCACAAAAGCCGAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100201 CAGCGACAGACCCCTCGGGGTGTCCATCACAAAAGCCGAGGTG...CAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAGCCCCTGAAGAAGATGAAAGGAAAAAGAGGCGACGAGAAAGAAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103107 TAGCCCCTGAAGAAGATGAAAGGAAAAAGAGGCGACGAGAAAGAAATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATTGCAGCTGCAAAGTGCCGAAACAAGAAGAAGGAGAAGACGGAGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103157 ATTGCAGCTGCAAAGTGCCGAAACAAGAAGAAGGAGAAGACGGAGTGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGAAA         GAGTCGGAGAAGCTGGAAAGTGTGAATGCTGAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103207 GCAGAAAGTG...CAGGAGTCGGAGAAGCTGGAAAGTGTGAATGCTGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAAGGCTCAGATTGAGGAGCTCAAGAACGAGAAGCAGCATTTGATATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104371 TGAAGGCTCAGATTGAGGAGCTCAAGAACGAGAAGCAGCATTTGATATAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGCTCAACCTTCATCGGCCCACGTGTATTGTCCGGGCTCAGAATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104421 ATGCTCAACCTTCATCGGCCCACGTGTATTGTCCGGGCTCAGAATGGGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GACTCCAGAAGATGAGAGAAACCTCTTTATCCAACAGATAAAAGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104471 GACTCCAGAAGATGAGAGAAACCTCTTTATCCAACAGATAAAAGAAGGAA

    550     .    :
    533 CATTGCAGAGC
        |||||||||||
 104521 CATTGCAGAGC