seq1 = pF1KB7920.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB7920/gi568815592f_43417110.tfa (gi568815592f:43417110_43621297), 204188 bp

>pF1KB7920 1038
>gi568815592f:43417110_43621297 (Chr6)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-141  (100197-100268)   100% ->
142-249  (102224-102331)   100% ->
250-382  (102597-102729)   100% ->
383-502  (102957-103076)   100% ->
503-655  (103166-103318)   100% ->
656-805  (103516-103665)   100% ->
806-922  (103823-103939)   100% ->
923-1038  (104073-104188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCTTCTCAGGCGGTGGAGGAAATGCGGAGCCGCGTGGTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCTTCTCAGGCGGTGGAGGAAATGCGGAGCCGCGTGGTTCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGTTTGGGGTTCGCAAT         GTCCATACTACTGACTTTCCCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGTTTGGGGTTCGCAATGTA...TAGGTCCATACTACTGACTTTCCCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTAACTATTCCGGTTATGATGATGCCTGGGACCAGGACCGCTTCGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100219 GTAACTATTCCGGTTATGATGATGCCTGGGACCAGGACCGCTTCGAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142          AATTTCCGTGTGGATGTAGTACACATGGATGAAAACTCACT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100269 GTA...TAGAATTTCCGTGTGGATGTAGTACACATGGATGAAAACTCACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAGTTTGACATGGTGGGAATTGACGCAGCCATTGCCAATGCTTTTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102265 GGAGTTTGACATGGTGGGAATTGACGCAGCCATTGCCAATGCTTTTCGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAATTCTGCTAGCTGAG         GTGCCAACTATGGCTGTGGAGAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102315 GAATTCTGCTAGCTGAGGTA...CAGGTGCCAACTATGGCTGTGGAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTCCTGGTGTACAATAATACATCCATTGTTCAGGATGAGATTCTTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102621 GTCCTGGTGTACAATAATACATCCATTGTTCAGGATGAGATTCTTGCTCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCGTCTGGGGCTCATTCCCATTCATGCTGATCCCCGTCTTTTTGAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102671 CCGTCTGGGGCTCATTCCCATTCATGCTGATCCCCGTCTTTTTGAGTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAACCAAG         GAGATGAAGAAGGCACAGAGATAGATACTCTA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 102721 GGAACCAAGGTG...CAGGAGATGAAGAAGGCACAGAGATAGATACTCTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTTTCGTCTCCAGGTCAGATGCACTCGGAACCCCCATGCTGCTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102989 CAGTTTCGTCTCCAGGTCAGATGCACTCGGAACCCCCATGCTGCTAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCCTCTGACCCCAACGAACTGTACGTGAACCACAAAG         TGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 103039 TTCCTCTGACCCCAACGAACTGTACGTGAACCACAAAGGTG...CAGTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATACCAGGCATATGACATGGATCCCCCTGGGGAACCAGGCTGATCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103169 ATACCAGGCATATGACATGGATCCCCCTGGGGAACCAGGCTGATCTCTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCAGAGGGCACTATCCGACCAGTGCATGATGATATCCTCATCGCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103219 CCAGAGGGCACTATCCGACCAGTGCATGATGATATCCTCATCGCTCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCGGCCTGGCCAAGAAATTGACCTGCTCATGCACTGTGTCAAGGGCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103269 GCGGCCTGGCCAAGAAATTGACCTGCTCATGCACTGTGTCAAGGGCATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          GCAAAGATCATGCCAAGTTTTCACCAGTGGCAACAGCCAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103319 GTG...CAGGCAAAGATCATGCCAAGTTTTCACCAGTGGCAACAGCCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACAGGCTCCTGCCAGACATCACCCTGCTTGAGCCCGTGGAAGGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103557 TACAGGCTCCTGCCAGACATCACCCTGCTTGAGCCCGTGGAAGGGGAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCTGAGGAGTTGAGCAGGTGCTTCTCACCTGGTGTTATTGAGGTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103607 AGCTGAGGAGTTGAGCAGGTGCTTCTCACCTGGTGTTATTGAGGTGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGTCCAAG         GTAAAAAGGTGGCCAGAGTTGCCAACCCCCGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103657 AAGTCCAAGGTA...TAGGTAAAAAGGTGGCCAGAGTTGCCAACCCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CTGGATACCTTCAGCAGAGAAATCTTCCGGAATGAGAAGCTAAAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103855 CTGGATACCTTCAGCAGAGAAATCTTCCGGAATGAGAAGCTAAAGAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTGAGGCTTGCCCGGGTTCGAGATCATTATATCT         TCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103905 TGTGAGGCTTGCCCGGGTTCGAGATCATTATATCTGTG...CAGTCTCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGAGTCAACGGGGGTGTTGCCACCAGATGTGCTGGTGAGTGAAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104079 TTGAGTCAACGGGGGTGTTGCCACCAGATGTGCTGGTGAGTGAAGCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAGTACTGATGGGGAAGTGCCGGCGCTTCTTGGATGAACTAGATGCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104129 AAAGTACTGATGGGGAAGTGCCGGCGCTTCTTGGATGAACTAGATGCGGT

   1100     .    :
   1029 TCAGATGGAC
        ||||||||||
 104179 TCAGATGGAC