seq1 = pF1KB7917.tfa, 1110 bp
seq2 = pF1KB7917/gi568815578r_49982771.tfa (gi568815578r:49982771_50253637), 270867 bp

>pF1KB7917 1110
>gi568815578r:49982771_50253637 (Chr20)

(complement)

1-121  (100001-100121)   100% ->
122-241  (110017-110136)   100% ->
242-333  (122691-122782)   100% ->
334-478  (123948-124092)   99% ->
479-691  (125451-125663)   100% ->
692-840  (156818-156966)   100% ->
841-966  (169384-169509)   100% ->
967-1110  (170724-170867)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGCCGAGAACTGGCCGGGCCAGCAGCTGGAGCTGGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCGCCGAGAACTGGCCGGGCCAGCAGCTGGAGCTGGACGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGAGGCGTCTTGTTGCCGCTGGGGCGCGCAGCACGCCGGGGCCCGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGAGGCGTCTTGTTGCCGCTGGGGCGCGCAGCACGCCGGGGCCCGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCTGCGCTCTACTCGCCAG         GCAAGCGCCTCCAGGAGTGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100101 TGGCTGCGCTCTACTCGCCAGGTA...CAGGCAAGCGCCTCCAGGAGTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCTCTGTGATCCTGTGCTTCAGCCTCATCGCCCACAACCTGGTCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110037 TGCTCTGTGATCCTGTGCTTCAGCCTCATCGCCCACAACCTGGTCCATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGCTGCTGGCCCGCTGGGAGGACACACCCCTCGTCATACTCGGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110087 CCTGCTGCTGGCCCGCTGGGAGGACACACCCCTCGTCATACTCGGTGTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          TTGCAGGGGCTCTCATTGCTGACTTCTTGTCTGGCCTGGTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110137 GTG...CAGTTGCAGGGGCTCTCATTGCTGACTTCTTGTCTGGCCTGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACTGGGGTGCTGACACATGGGGCTCTGTGGAGCTGCCCATTGTGGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122732 CACTGGGGTGCTGACACATGGGGCTCTGTGGAGCTGCCCATTGTGGGGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 G         GCTTTCATCCGACCCTTCCGGGAGCACCACATTGACCCAA
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 122782 GGTG...CAGGCTTTCATCCGACCCTTCCGGGAGCACCACATTGACCCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CAGCTATCACACGGCACGACTTCATCGAGACCAACGGGGACAACTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123988 CAGCTATCACACGGCACGACTTCATCGAGACCAACGGGGACAACTGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGACACTGCTGCCGCTGCTAAACATGGCCTACAAGTTCCGCACCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124038 GTGACACTGCTGCCGCTGCTAAACATGGCCTACAAGTTCCGCACCCACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTG         AAGCCCTGGAGCAGCTATACCCCTGGGAGTGCTTCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124088 CCCTGGTG...CAGAAGCCCTGGAGCAGCTATACCCCTGGGAGTGCTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCTTCTGCCTGATCATCTTCGGCACCTTCACCAACCAGATCCACAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125487 TCTTCTGCCTGATCATCTTCGGCACCTTCACCAACCAGATCCACAAGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCGCACACGTACTTTGGGCTGCCACGCTGGGTCACCCTCCTGCAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125537 TCGCACACGTACTTTGGGCTGCCACGCTGGGTCACCCTCCTGCAGGACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCATGTCATCCTGCCACGTAAACACCATCGCATCCACCACGTCTCACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125587 GCATGTCATCCTGCCACGTAAACACCATCGCATCCACCACGTCTCACCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACGAGACCTACTTCTGCATCACCACAG         GAGTAAAAGTCCCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 125637 ACGAGACCTACTTCTGCATCACCACAGGTG...TAGGAGTAAAAGTCCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCAATTTCCGACTGTTGGAAGAACTCGAAGAAGGCCAGAAAGGAGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156832 CGCAATTTCCGACTGTTGGAAGAACTCGAAGAAGGCCAGAAAGGAGTAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGATGGCACAGTTAGCTGGGGTCTAGAAGATGACGAAGACATGACACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156882 AGATGGCACAGTTAGCTGGGGTCTAGAAGATGACGAAGACATGACACTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAAGATGGACAGGGATGATAATTGGGCCTCCAAGA         ACAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 156932 CAAGATGGACAGGGATGATAATTGGGCCTCCAAGAGTA...CAGACAATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TATGAAAACCGAATATACAGCCTTAAAATAGAATGTGGACCTAAATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169390 TATGAAAACCGAATATACAGCCTTAAAATAGAATGTGGACCTAAATACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGAAGCACCCCCCTTTGTAAGATTTGTAACAAAAATTAATATGAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169440 AGAAGCACCCCCCTTTGTAAGATTTGTAACAAAAATTAATATGAATGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAAATAGTTCTAATGGAGTG         GTGGACCCAAGAGCCATATCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 169490 TAAATAGTTCTAATGGAGTGGTA...TAGGTGGACCCAAGAGCCATATCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTGCTAGCAAAATGGCAGAATTCATATAGCATCAAAGTTGTCCTGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170745 GTGCTAGCAAAATGGCAGAATTCATATAGCATCAAAGTTGTCCTGCAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCTTCGGCGCCTAATGATGTCTAAAGAAAATATGAAACTCCCTCAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170795 GCTTCGGCGCCTAATGATGTCTAAAGAAAATATGAAACTCCCTCAGCCGC

   1150     .    :    .    :
   1088 CCGAAGGACAGTGTTACAGCAAT
        |||||||||||||||||||||||
 170845 CCGAAGGACAGTGTTACAGCAAT