seq1 = pF1KB7916.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KB7916/gi568815592f_31059470.tfa (gi568815592f:31059470_31262714), 203245 bp

>pF1KB7916 1035
>gi568815592f:31059470_31262714 (Chr6)

1-238  (100001-100238)   100% ->
239-797  (101978-102536)   99% ->
798-1035  (103008-103245)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCCCTGCTTCCAACTGCTGCGCATAGGGGGCGGCAGGGGCGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCCCTGCTTCCAACTGCTGCGCATAGGGGGCGGCAGGGGCGGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTCTACACCTTCCACCCCCCCGCCGGGGCTGGCTGCACCTATCGCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTCTACACCTTCCACCCCCCCGCCGGGGCTGGCTGCACCTATCGCTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCACAGGGCCGACCTGTGTGATGTGGCCCTGCGGCCCCAGCAGGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCACAGGGCCGACCTGTGTGATGTGGCCCTGCGGCCCCAGCAGGAGCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCTCATCTCTGGGATCCACGCCGAACTGCATGCCGAGCCCCGGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCCTCATCTCTGGGATCCACGCCGAACTGCATGCCGAGCCCCGGGGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGACTGGAGGGTCAGCCTGGAAGACCACAGCAGCCAAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100201 TGACTGGAGGGTCAGCCTGGAAGACCACAGCAGCCAAGGTG...CAGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTTTGGTCAATAATGTCCGACTCCCAAGAGGTCACAGGCTGGAATTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101981 CTTTGGTCAATAATGTCCGACTCCCAAGAGGTCACAGGCTGGAATTGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGGAGACCTCCTGACCTTTGGCCCTGAAGGGCCCCCAGGAACCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102031 GATGGAGACCTCCTGACCTTTGGCCCTGAAGGGCCCCCAGGAACCAGCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTCGGAGTTCTACTTCATGTTCCAACAAGTACGAGTCAAGCCTCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102081 CTCGGAGTTCTACTTCATGTTCCAACAAGTACGAGTCAAGCCTCAGGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TTGCTGCCATTACCATCCCACGGTCTAGGGGAGAAGCCCGGGTTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102131 TTGCTGCCATTACCATCCCACGGTCTAGGGGAGAAGCCCGGGTTGGGGCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGTTTCCGGCCTATGCTGCCCTCCCAGGGGGCTCCACAGCGGCCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102181 GGTTTCCGGCCTATGCTGCCCTCCCAGGGGGCTCCACAGCGGCCTCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CACCTTCTCCCCTGCCCCCAAGGCCACACTGATCCTAAACTCCATAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102231 CACCTTCTCCCCTGCCCCCAAGGCCACACTGATCCTAAACTCCATAGGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCTCAGCAAGCTCCGGCCCCAGCCCCTCACCTTCTCCCCTAGTTGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102281 GCCTCAGCAAGCTCCGGCCCCAGCCCCTCACCTTCTCCCCTAGTTGGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGACCAAAGAGCCTGCCTGTTCCCGCCCCACCTGGGGAAGTGGGGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 102331 GGACCAAAGAGCCTGCCTGTTCCCGCCCCACCTGGGGAAATGGGGACCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCTTCTGCTCCACCCCAACGCAATCGGAGGAAATCTGTTCACCGAGTGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102381 GCCTTCTGCTCCACCACAACGCAATCGGAGGAAATCTGTTCACCGAGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 TGGCGGAACTGGATGATGAGAGTGAGCCTCCTGAGAACCCGCCACCGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102431 TGGCGGAACTGGATGATGAGAGTGAGCCTCCTGAGAACCCGCCACCGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTTATGGAGCCCAGGAAGAAACTCCGTGTAGACAAAGCCCCACTGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102481 CTTATGGAGCCCAGGAAGAAACTCCGTGTAGACAAAGCCCCACTGACTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACTGG         AAATCGACGTGGCCGTCCTCGGAAGTACCCAGTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102531 CACTGGGTA...CAGAAATCGACGTGGCCGTCCTCGGAAGTACCCAGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GCGCTCCCATGGCTCCCCCTGCAGTTGGGGGCGGGGAGCCCTGTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103043 GCGCTCCCATGGCTCCCCCTGCAGTTGGGGGCGGGGAGCCCTGTGCAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCTTGTTGCTGCCTGCCCCAGGAAGAGACAGTGGCCTGGGTTCAGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103093 CCTTGTTGCTGCCTGCCCCAGGAAGAGACAGTGGCCTGGGTTCAGTGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGGCTGTGACGTCTGGTTCCATGTGGCCTGTGTTGGCTGCAGCATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103143 TGGCTGTGACGTCTGGTTCCATGTGGCCTGTGTTGGCTGCAGCATCCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CTGCCAGGGAGGCCGACTTCCGATGCCCAGGGTGCCGGGCTGGCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103193 CTGCCAGGGAGGCCGACTTCCGATGCCCAGGGTGCCGGGCTGGCATTCAG

   1050 
   1033 ACC
        |||
 103243 ACC