seq1 = pF1KB7912.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB7912/gi568815595r_157998030.tfa (gi568815595r:157998030_158206024), 207995 bp

>pF1KB7912 993
>gi568815595r:157998030_158206024 (Chr3)

(complement)

1-346  (100001-100346)   100% ->
347-555  (103139-103347)   100% ->
556-613  (105714-105771)   100% ->
614-707  (106077-106169)   96% ->
708-993  (107710-107995)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAACTTACGGCGTTCGTCTCCAAGTCTTTTGACCAGAAAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAACTTACGGCGTTCGTCTCCAAGTCTTTTGACCAGAAAGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGAAGAAGGAGGCGATCACGTACCGGGAGGTGCTGGAGAGCGGGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGAAGAAGGAGGCGATCACGTACCGGGAGGTGCTGGAGAGCGGGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGCGGGGCCAAGGAGCCGACCGGCTGCACCGAGGCGGGCCGCGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGCGGGGCCAAGGAGCCGACCGGCTGCACCGAGGCGGGCCGCGACGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCAGCAGCCCGGCAGTCCGGGCGGCCGGCGGAGGCGGCGGCGGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCAGCAGCCCGGCAGTCCGGGCGGCCGGCGGAGGCGGCGGCGGAGGAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGAGGCGGCGGCGGAGGAGGCGGAGGAGGTGTAGGAGGAGGAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGAGGCGGCGGCGGAGGAGGCGGAGGAGGTGTAGGAGGAGGAGGAGCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGGAGGAGCTGGAGGAGGGCGCTCTCCCGTCCGGGAGCTGGACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGGAGGAGCTGGAGGAGGGCGCTCTCCCGTCCGGGAGCTGGACATGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GCCGCCGAGAGAAGCAGGGAGCCGGGCAGCCCGCGACTGACGGAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100301 GCCGCCGAGAGAAGCAGGGAGCCGGGCAGCCCGCGACTGACGGAGGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    347      TGTCCCCGGAGCTGAAAGATCGCAAAGAGGATGCGAAAGGGATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ..CAGTGTCCCCGGAGCTGAAAGATCGCAAAGAGGATGCGAAAGGGATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGACGAAGGCCAGACCAAAATCAAGCAGAGGCGAAGTCGGACCAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103184 AGGACGAAGGCCAGACCAAAATCAAGCAGAGGCGAAGTCGGACCAATTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCCTGGAACAACTCAATGAGCTGGAGAGGCTTTTTGACGAGACCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103234 ACCCTGGAACAACTCAATGAGCTGGAGAGGCTTTTTGACGAGACCCACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TCCCGACGCCTTCATGCGAGAGGAACTGAGCCAGCGACTGGGCCTGTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103284 TCCCGACGCCTTCATGCGAGAGGAACTGAGCCAGCGACTGGGCCTGTCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGGCCCGAGTGCAG         GTTTGGTTTCAAAATCGAAGAGCTAAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103334 AGGCCCGAGTGCAGGTA...TAGGTTTGGTTTCAAAATCGAAGAGCTAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGTAGAAAACAAGAAAATCAACTCCATAAAG         GTGTTCTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 105741 TGTAGAAAACAAGAAAATCAACTCCATAAAGGTA...CAGGTGTTCTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGGGGCCGCCAGCCAGTTTGAAGCTTGTAGAGTCGCACCTTATGTCAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106087 AGGGGCCGCCAGCCAGTTTGAAGCTTGTAGAGTCGCACCTTATGTCAACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAGGTGCTTTAAGGATGCCATTTCAGCAGG ATAG         TCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||-|-|->>>...>>>||||||
 106137 TAGGTGCTTTAAGGATGCCATTTCAGCAGGCA A GTA...TAGTCATTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 CAACGTGACGCCCTTGTCCTTTCAGGTTCAGGCGCAGCTGCAGCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107716 CAACGTGACGCCCTTGTCCTTTCAGGTTCAGGCGCAGCTGCAGCTGGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 GCGCTGTGGCGCACGCGCACCACCACCTGCATCCGCACCTGGCCGCGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107766 GCGCTGTGGCGCACGCGCACCACCACCTGCATCCGCACCTGGCCGCGCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 GCGCCCTACATGATGTTCCCAGCACCGCCCTTCGGACTGCCGCTCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107816 GCGCCCTACATGATGTTCCCAGCACCGCCCTTCGGACTGCCGCTCGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 GCTGGCCGCGGATTCGGCTTCCGCCGCCTCGGTAGTGGCGGCCGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 GCTGGCCGCGGATTCGGCTTCCGCCGCCTCGGTAGTGGCGGCCGCAGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 CCGCCAAGACCACCAGCAAGAACTCCAGCATCGCCGATCTCAGACTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 CCGCCAAGACCACCAGCAAGAACTCCAGCATCGCCGATCTCAGACTGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :
    964 GCCAAAAAGCACGCCGCAGCCCTGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 GCCAAAAAGCACGCCGCAGCCCTGGGTCTG