seq1 = pF1KB7904.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KB7904/gi568815592r_44729819.tfa (gi568815592r:44729819_45422916), 693098 bp

>pF1KB7904 984
>gi568815592r:44729819_45422916 (Chr6)

(complement)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-137  (101026-101124)   100% ==
211-306  (402274-402371)   95% ->
307-397  (408026-408116)   100% ->
398-537  (419125-419264)   100% ->
538-613  (461089-461164)   100% ->
614-726  (468310-468422)   100% ->
727-834  (469500-469607)   100% ->
835-950  (490154-490268)   97% ->
951-984  (593064-593098)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGGTCTTTGGAACAACGTTCTTCAACTTTGACAG         CTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGGTGGTCTTTGGAACAACGTTCTTCAACTTTGACAGGTG...TAGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CATAGGGAAAACAGATTCTATAGAAATAATTGGAAAATCAGTTTTTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101029 CATAGGGAAAACAGATTCTATAGAAATAATTGGAAAATCAGTTTTTCCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
     92 ATTGTTATCACAATATCCTTCCACTGCTGAATGATTCTGGCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101079 ATTGTTATCACAATATCCTTCCACTGCTGAATGATTCTGGCAGGTA

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    211 ATTAAT CT GTTACAGCAAGCTGCTGAAGTTTCTCAGCTGCGGGGAGCA
        |||| |- |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402274 ATTATTGTTAGTTACAGCAAGCTGCTGAAGTTTCTCAGCTGCGGGGAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    259 AGGGTAATCACTCCTGAAGATCTTCTGTTTTTGATGCGCAAAGATAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 402324 AGGGTAATCACTCCTGAAGATCTTCTGTTTTTGATGCGCAAAGATAAGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    307        AAAAAACTTAGAAGACTGCTAAAATACATGTTTATCCGAGACT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 402374 A...TAGAAAAAACTTAGAAGACTGCTAAAATACATGTTTATCCGAGACT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 ACAAATCAAAGATTGTCAAAGGCATCGATGAGGATGATCTTCTCGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 408069 ACAAATCAAAGATTGTCAAAGGCATCGATGAGGATGATCTTCTCGAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    398        ACAAATTGAGTGGCAGCAATAATGCGAACAAAAGACAAAAGAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 408119 A...AAGACAAATTGAGTGGCAGCAATAATGCGAACAAAAGACAAAAGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    441 TGCTCAGGACTTCCTCAACTCTATTGACCAGACAGGAGAACTTTTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419168 TGCTCAGGACTTCCTCAACTCTATTGACCAGACAGGAGAACTTTTAGCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    491 TGTTTGAAGATGACGAAATTGATGAAGTTAAACAAGAAAGAATGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 419218 TGTTTGAAGATGACGAAATTGATGAAGTTAAACAAGAAAGAATGGAGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538       AGAGCAGAAAGACAAACTCGAATTATGGATTCAGCTCAATATGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419268 ...TAGAGAGCAGAAAGACAAACTCGAATTATGGATTCAGCTCAATATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    582 AGAATTCTGTGAAAGTCGACAATTAAGTTTCT         CCAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 461133 AGAATTCTGTGAAAGTCGACAATTAAGTTTCTGTA...CAGCCAAAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 CTTCCAAATTTCGAGACTGGTTGGACTGCAGCAGTATGGAGATAAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468319 CTTCCAAATTTCGAGACTGGTTGGACTGCAGCAGTATGGAGATAAAACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    673 AATGTTGTCGCAATGGAAATCTTAGCATATTTAGCGTATGAAACTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468369 AATGTTGTCGCAATGGAAATCTTAGCATATTTAGCGTATGAAACTGTGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 ACAG         TTAGTGGATCTGGCTCTTCTTGTGAGGCAAGACATGG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 468419 ACAGGTA...TAGTTAGTGGATCTGGCTCTTCTTGTGAGGCAAGACATGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 TAACCAAGGCAGGGGACCCCTTCAGCCATGCCATTTCTGCAACCTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 469537 TAACCAAGGCAGGGGACCCCTTCAGCCATGCCATTTCTGCAACCTTCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 CAGTATCACAACTCTGCTGAG         AGCACTGCAGCCTGTGGTGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 469587 CAGTATCACAACTCTGCTGAGGTA...CAGAGCACTGCAGCCTGTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 TGAGGCTCACAGCGATGCCATCCAGCCCTGCCACATCAGAGAGGCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 490174 TGAGGCTCACAGCGATGCCATCCAGCCCTGCCACATCAGAGAGGCCATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 GACGCTACAGCCACAGGATTGGCCCACTTTCCCCATTCACAAATGC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| -| |>>>.
 490224 GACGCTACAGCCACAGGATTGGCCCACTTTCCCCATTCACAG TACGTA.

    800     .    :    .    :    .    :    .    :
    951      C TACCGCAGGAATGGGATGGCTTTTCTAGCCTGC
        ..>>>|-|||||||||||||||||||||||||||||||||
 490273 ..ATGCCTACCGCAGGAATGGGATGGCTTTTCTAGCCTGC