seq1 = pF1KB7895.tfa, 1764 bp
seq2 = pF1KB7895/gi568815596f_9745219.tfa (gi568815596f:9745219_10033981), 288763 bp

>pF1KB7895 1764
>gi568815596f:9745219_10033981 (Chr2)

1-18  (98324-98341)   100% ->
19-117  (100002-100100)   100% ->
118-205  (104155-104242)   100% ->
206-303  (106323-106420)   100% ->
304-399  (109108-109203)   100% ->
400-553  (123058-123211)   100% ->
554-707  (130647-130800)   100% ->
708-807  (137488-137587)   100% ->
808-955  (159641-159788)   98% ->
956-1133  (165518-165695)   98% ->
1134-1180  (166293-166339)   100% ->
1181-1271  (167941-168031)   100% ->
1272-1342  (173823-173893)   100% ->
1343-1565  (174380-174602)   99% ->
1566-1764  (188565-188763)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCTCGAGGAGGCG         GAAGAGTTTAAAGAACGCTGTAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  98324 ATGGACCTCGAGGAGGCGGTA...TAGGAAGAGTTTAAAGAACGCTGTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCAGTGTGCTGCTGTCTCATGGGGTCTTACTGATGAAGGCAAATATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 TCAGTGTGCTGCTGTCTCATGGGGTCTTACTGATGAAGGCAAATATTATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCACTTCTTGCCACAATGTTACAGAG         AGATATCAGGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100075 GCACTTCTTGCCACAATGTTACAGAGGTA...CAGAGATATCAGGAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACAAACACTGATCTTATTCCTAATACCCAAATAAAAGCCCTCAACCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104170 ACAAACACTGATCTTATTCCTAATACCCAAATAAAAGCCCTCAACCGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTTAAAAAAAAAAACAATACTG         AAAAAGGCTGGGATTGGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104220 GCTTAAAAAAAAAAACAATACTGGTA...TAGAAAAAGGCTGGGATTGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGTGTGTGAAGGTTTCCAGTATATTCTTTATCAACAAGCAGAAGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106341 ATGTGTGTGAAGGTTTCCAGTATATTCTTTATCAACAAGCAGAAGCCTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGAACCTTGGAGTAGGCCCAGAGTTAAAG         AACGATGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 106391 AAGAACCTTGGAGTAGGCCCAGAGTTAAAGGTA...TAGAACGATGTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ACATAATTTTTGGAAGCGCTACCTTCAGAAGAGCAAGCAGGCATATTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109119 ACATAATTTTTGGAAGCGCTACCTTCAGAAGAGCAAGCAGGCATATTGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AGAACCCAGTTTATACCACTGGAAGGAAACCTACG         GTATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109169 AGAACCCAGTTTATACCACTGGAAGGAAACCTACGGTA...CAGGTATTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAAGATAATCTAAGTCATTCAGACTGGGCTAGTGAGCCTGAGCTGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123064 GAAGATAATCTAAGTCATTCAGACTGGGCTAGTGAGCCTGAGCTGCTAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TGATGTCAGCTGTCCTCCTTTTCTTGAAAGTGGAGCGGAGTCTCAGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123114 TGATGTCAGCTGTCCTCCTTTTCTTGAAAGTGGAGCGGAGTCTCAGTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACATCCACACTCGAAAACCTTTCCCCGTCAGCAAAGCATCACAATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 123164 ACATCCACACTCGAAAACCTTTCCCCGTCAGCAAAGCATCACAATCAGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    554        AAACGTCTGTCTGCTCTGGATCTCTGGATGGAGTTGAATACTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123214 A...AAGAAACGTCTGTCTGCTCTGGATCTCTGGATGGAGTTGAATACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ACAACGAAAGGAGAAGGGAATCGTGAAGATGACCATGCCACAGACACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130690 ACAACGAAAGGAGAAGGGAATCGTGAAGATGACCATGCCACAGACACTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTTCTGTTATCTGTCCTTACTTTGGCAGAGAGAAGCAATAACACTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130740 CCTTCTGTTATCTGTCCTTACTTTGGCAGAGAGAAGCAATAACACTTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATCTTTTGAG         GTTTGTTGAAGAGGACCATATTCCTTACAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 130790 GATCTTTTGAGGTT...CAGGTTTGTTGAAGAGGACCATATTCCTTACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAATGCTTTTCAGCATTTTCCAGAACAGATGAAATTATATGGACGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137518 AAATGCTTTTCAGCATTTTCCAGAACAGATGAAATTATATGGACGTGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GAGGAATCTTTGGTATAGAG         TCTTGGCCTGACTACGAGGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 137568 GAGGAATCTTTGGTATAGAGGTA...CAGTCTTGGCCTGACTACGAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ATCTATAAAAAAACAATAGAAGTTGGAACATTTTTAGATTTGCCTCGTTT
        ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159662 ATCTACAAAAAAACAGTAGAAGTTGGAACATTTTTAGATTTGCCTCGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCCAGACATAACTGAAGACTGCTATCTTCATCCCAACATACTGTGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159712 TCCAGACATAACTGAAGACTGCTATCTTCATCCCAACATACTGTGTATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AATACTTGATGGAAGTCAACCTCCCTG         ATGAAATGCATAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 159762 AATACTTGATGGAAGTCAACCTCCCTGGTA...CAGATGAAATGCATAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TTAACTTGCCACGTGGTAAAAATGACTGGAATGGGAGAAGTGGATTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165532 TTAACTTGCCACGTGGTAAAAATGACTGGAATGGGAGAAGTGGATTTTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GACATTTGATCCTATAGCCAAAATGGCAAAAGCTGTTAAGTACGATGTAC
        |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||
 165582 GACATTTGATCCTATAGCTAAAATGGCAAAAACTGTTAAGTACGATGTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AAGCTGTAGCTATCATTGTGGTGGTATTGAAACTGCTCTTTCTATTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165632 AAGCTGTAGCTATCATTGTGGTGGTATTGAAACTGCTCTTTCTATTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACAGTTTCGAGTG         GTCTTTGTCTAATCTTGCTGAAAAGCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 165682 GACAGTTTCGAGTGGTA...CAGGTCTTTGTCTAATCTTGCTGAAAAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TAATGAAAAGAACAAAAAAG         ATAAGCCATGGTTTGATTTCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 166320 TAATGAAAAGAACAAAAAAGGTA...CAGATAAGCCATGGTTTGATTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GAAAGTGGTACCAAATTATGAAGAAAGCTTTTGATGAGAAAAAACAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167962 GAAAGTGGTACCAAATTATGAAGAAAGCTTTTGATGAGAAAAAACAAAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGGGAAGAAGCAAGGGCCAA         GTACCTGTGGAAAAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 168012 TGGGAAGAAGCAAGGGCCAAGTA...CAGGTACCTGTGGAAAAGTGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GCCACTCTACTACTCATTTGTCGACAAACCAGTAGCATATAAAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173844 GCCACTCTACTACTCATTTGTCGACAAACCAGTAGCATATAAAAAAAGAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343          AAATGGTGGTGAATCTACAGAAACAATTTAGCACACTGGTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173894 GTA...CAGAAATGGTGGTGAATCTACAGAAACAATTTAGCACACTGGTC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GATTCAACAGCAACTGCTGGAAAAAAAAGCCCTTCAAGTTTTCAGTTCAA
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174421 GAGTCAACAGCAACTGCTGGAAAAAAAAGCCCTTCAAGTTTTCAGTTCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CTGGACTGAAGAGGACACTGATAGAACGTGTTTCCATGGACACAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174471 CTGGACTGAAGAGGACACTGATAGAACGTGTTTCCATGGACACAGCCTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGGGAGTCCTGAAAGAGAAAGGCCAATCACTGCTGACTAAGAATTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174521 AGGGAGTCCTGAAAGAGAAAGGCCAATCACTGCTGACTAAGAATTCATTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 TATTGGCTTAGTACACAGAAATTCTGCAGATG         CTATTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 174571 TATTGGCTTAGTACACAGAAATTCTGCAGATGGTA...TAGCTATTGTAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 ACATGTGACAACCTATGAAGAATCAAATTATTCTCTGAGTTATCAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188574 ACATGTGACAACCTATGAAGAATCAAATTATTCTCTGAGTTATCAGTTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TACTAAATCTCTTCTCCTTCCTGCTCAGAATAAAGACTTCCCTTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188624 TACTAAATCTCTTCTCCTTCCTGCTCAGAATAAAGACTTCCCTTCTCCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAAGAAGTGAGCTTAGTTGAGAAGAAACTTTTTGAGAAAAAATACAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188674 GAAGAAGTGAGCTTAGTTGAGAAGAAACTTTTTGAGAAAAAATACAGTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 AAAAAGAAAGAAATCAAGATCCAAGAAAGTGAGACGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188724 AAAAAGAAAGAAATCAAGATCCAAGAAAGTGAGACGACAT