seq1 = pF1KB7894.tfa, 1968 bp
seq2 = pF1KB7894/gi568815580r_50182596.tfa (gi568815580r:50182596_50386859), 204264 bp

>pF1KB7894 1968
>gi568815580r:50182596_50386859 (Chr18)

(complement)

1-122  (100000-100120)   99% ->
123-223  (100221-100321)   100% ->
224-459  (100603-100838)   100% ->
460-639  (100932-101111)   100% ->
640-666  (101509-101535)   100% ->
667-912  (101613-101858)   100% ->
913-1020  (102021-102128)   100% ->
1021-1205  (102298-102482)   100% ->
1206-1413  (102759-102966)   99% ->
1414-1524  (103045-103155)   100% ->
1525-1574  (103296-103345)   100% ->
1575-1671  (103499-103595)   100% ->
1672-1824  (103854-104006)   100% ->
1825-1968  (104121-104264)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGGAGATGGTTCAGACCCAGAGCCTCCAGATGCCGGGGAGGACAG
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGAGGGAGATGGTTCAGACCCAGAGCCTCCAGATGCCGGGGAGGACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTCCGAGAATGGGGAGAATGCGCCCATCTACTGCATCTGCCGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CAAGTCCGAGAATGGGGAGAATGCGCCCATCTACTGCATCTGCCGCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGACATCAACTGCTTCATGAT         CGGGTGTGACAACTGCAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100099 CGGACATCAACTGCTTCATGATGTG...CAGCGGGTGTGACAACTGCAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGTGGTTCCATGGGGACTGCATCCGGATCACTGAGAAGATGGCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100240 GAGTGGTTCCATGGGGACTGCATCCGGATCACTGAGAAGATGGCCAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATCCGGGAGTGGTACTGTCGGGAGTGCAGAG         AGAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100290 CATCCGGGAGTGGTACTGTCGGGAGTGCAGAGGTG...CAGAGAAAGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAGCTAGAGATTCGCTATCGGCACAAGAAGTCACGGGAGCGGGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100612 CCAAGCTAGAGATTCGCTATCGGCACAAGAAGTCACGGGAGCGGGATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGAGCGGGACAGCAGTGAGCCCCGGGATGAGGGTGGAGGGCGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100662 AATGAGCGGGACAGCAGTGAGCCCCGGGATGAGGGTGGAGGGCGCAAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTGTCCCTGATCCAGACCTGCAGCGCCGGGCAGGGTCAGGGACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100712 GCCTGTCCCTGATCCAGACCTGCAGCGCCGGGCAGGGTCAGGGACAGGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGGGGCCATGCTTGCTCGGGGCTCTGCTTCGCCCCACAAATCCTCTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100762 TTGGGGCCATGCTTGCTCGGGGCTCTGCTTCGCCCCACAAATCCTCTCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCCCTTGGTGGCCACACCCAGCCAG         CATCACCAGCAGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100812 CAGCCCTTGGTGGCCACACCCAGCCAGGTG...CAGCATCACCAGCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGCAGCAGATCAAACGGTCAGCCCGCATGTGTGGTGAGTGTGAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100946 GCAGCAGCAGATCAAACGGTCAGCCCGCATGTGTGGTGAGTGTGAGGCAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTCGGCGCACTGAGGACTGTGGTCACTGTGATTTCTGTCGGGACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100996 GTCGGCGCACTGAGGACTGTGGTCACTGTGATTTCTGTCGGGACATGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAGTTCGGGGGCCCCAACAAGATCCGGCAGAAGTGCCGGCTGCGCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101046 AAGTTCGGGGGCCCCAACAAGATCCGGCAGAAGTGCCGGCTGCGCCAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCAGCTGCGGGCCCGG         GAATCGTACAAGTACTTCCCTTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 101096 CCAGCTGCGGGCCCGGGTG...CAGGAATCGTACAAGTACTTCCCTTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CG         CTCTCACCAGTGACGCCCTCAGAGTCCCTGCCAAGGCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101534 CGGTG...CAGCTCTCACCAGTGACGCCCTCAGAGTCCCTGCCAAGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGCCGGCCACTGCCCACCCAACAGCAGCCACAGCCATCACAGAAGTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101652 CGCCGGCCACTGCCCACCCAACAGCAGCCACAGCCATCACAGAAGTTAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCGCATCCGTGAAGATGAGGGGGCAGTGGCGTCATCAACAGTCAAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101702 GCGCATCCGTGAAGATGAGGGGGCAGTGGCGTCATCAACAGTCAAGGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTCCTGAGGCTACAGCCACACCTGAGCCACTCTCAGATGAGGACCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101752 CTCCTGAGGCTACAGCCACACCTGAGCCACTCTCAGATGAGGACCTACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CTGGATCCTGACCTGTATCAGGACTTCTGTGCAGGGGCCTTTGATGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101802 CTGGATCCTGACCTGTATCAGGACTTCTGTGCAGGGGCCTTTGATGACCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGGCCTG         CCCTGGATGAGCGACACAGAAGAGTCCCCATTCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101852 TGGCCTGGTG...CAGCCCTGGATGAGCGACACAGAAGAGTCCCCATTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGACCCCGCGCTGCGGAAGAGGGCAGTGAAAGTGAAGCATGTGAAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102055 TGGACCCCGCGCTGCGGAAGAGGGCAGTGAAAGTGAAGCATGTGAAGCGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CGGGAGAAGAAGTCTGAGAAGAAG         AAGGAGGAGCGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102105 CGGGAGAAGAAGTCTGAGAAGAAGGTG...CAGAAGGAGGAGCGATACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCGGCATCGGCAGAAGCAGAAGCACAAGGATAAATGGAAACACCCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102315 GCGGCATCGGCAGAAGCAGAAGCACAAGGATAAATGGAAACACCCAGAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGGCTGATGCCAAGGACCCTGCGTCACTGCCCCAGTGCCTGGGGCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102365 GGGCTGATGCCAAGGACCCTGCGTCACTGCCCCAGTGCCTGGGGCCCGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTGTGCGCCCCGCCCAGCCCAGCTCCAAGTATTGCTCAGATGACTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102415 TGTGTGCGCCCCGCCCAGCCCAGCTCCAAGTATTGCTCAGATGACTGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CATGAAGCTGGCAGCCAA         CCGCATCTACGAGATCCTCCCCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102465 CATGAAGCTGGCAGCCAAGTG...CAGCCGCATCTACGAGATCCTCCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGCGCATCCAGCAGTGGCAGCAGAGCCCTTGCATTGCTGAAGAGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102782 AGCGCATCCAGCAGTGGCAGCAGAGCCCTTGCATTGCTGAAGAGCACGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AAGAAGCTGCTCGAACGCATTCGCCGAGAGCAGCAGAGTGCCCGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 102832 AAGAAGCTGCTCGAACGCATTCGCCGAGAGCAGCAGAGTGCCCGCACTCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCTTCAGGAAATGGAACGCCGATTCCATGAGCTTGAGGCCATCATTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102882 CCTTCAGGAAATGGAACGCCGATTCCATGAGCTTGAGGCCATCATTCTAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GTGCCAAGCAGCAGGCTGTGCGCGAGGATGAGGAG         AGCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102932 GTGCCAAGCAGCAGGCTGTGCGCGAGGATGAGGAGGTG...CAGAGCAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GAGGGTGACAGTGATGACACAGACCTGCAGATCTTCTGTGTTTCCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103051 GAGGGTGACAGTGATGACACAGACCTGCAGATCTTCTGTGTTTCCTGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCACCCCATCAACCCACGTGTTGCCTTGCGCCACATGGAGCGCTGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103101 GCACCCCATCAACCCACGTGTTGCCTTGCGCCACATGGAGCGCTGCTACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCAAG         TATGAGAGCCAGACGTCCTTTGGGTCCATGTACCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103151 CCAAGGTT...CAGTATGAGAGCCAGACGTCCTTTGGGTCCATGTACCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ACACGCATTGAAGG         GGCCACACGACTCTTCTGTGATGTGTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103332 ACACGCATTGAAGGGTA...CAGGGCCACACGACTCTTCTGTGATGTGTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TAATCCTCAGAGCAAAACATACTGTAAGCGGCTCCAGGTGCTGTGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 TAATCCTCAGAGCAAAACATACTGTAAGCGGCTCCAGGTGCTGTGCCCCG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 AGCACTCACGGGACCCCAAA         GTGCCAGCTGACGAGGTATGC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103576 AGCACTCACGGGACCCCAAAGTA...CAGGTGCCAGCTGACGAGGTATGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GGGTGCCCCCTTGTACGTGATGTCTTTGAGCTCACGGGTGACTTCTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103875 GGGTGCCCCCTTGTACGTGATGTCTTTGAGCTCACGGGTGACTTCTGCCG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 CCTGCCCAAGCGCCAGTGCAATCGCCATTACTGCTGGGAGAAGCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103925 CCTGCCCAAGCGCCAGTGCAATCGCCATTACTGCTGGGAGAAGCTGCGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 GTGCGGAAGTGGACTTGGAGCGCGTGCGTGTG         TGGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103975 GTGCGGAAGTGGACTTGGAGCGCGTGCGTGTGGTA...CAGTGGTACAAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 CTGGACGAGCTGTTTGAGCAGGAGCGCAATGTGCGCACAGCCATGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104130 CTGGACGAGCTGTTTGAGCAGGAGCGCAATGTGCGCACAGCCATGACAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CCGCGCGGGATTGCTGGCCCTGATGCTGCACCAGACGATCCAGCACGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104180 CCGCGCGGGATTGCTGGCCCTGATGCTGCACCAGACGATCCAGCACGATC

   2050     .    :    .    :    .    :    .
   1934 CCCTCACTACCGACCTGCGCTCCAGTGCCGACCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104230 CCCTCACTACCGACCTGCGCTCCAGTGCCGACCGC