seq1 = pF1KB7888.tfa, 1953 bp
seq2 = pF1KB7888/gi568815587f_93684514.tfa (gi568815587f:93684514_93912061), 227548 bp

>pF1KB7888 1953
>gi568815587f:93684514_93912061 (Chr11)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-417  (103488-103654)   100% ->
418-637  (106061-106280)   100% ->
638-774  (109215-109351)   100% ->
775-859  (109438-109522)   100% ->
860-1012  (110395-110547)   100% ->
1013-1143  (111897-112027)   100% ->
1144-1328  (113022-113206)   100% ->
1329-1466  (117322-117459)   100% ->
1467-1584  (123005-123122)   100% ->
1585-1744  (125204-125363)   100% ->
1745-1953  (127340-127548)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCGGGGTGCGCGCAGTGCGGATCAGCATCGAATCGGCCTGCGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCGGGGTGCGCGCAGTGCGGATCAGCATCGAATCGGCCTGCGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGGTCCATGAGGTGGGCCTGGATGGCACCGAGACGTACCTGCCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGGTCCATGAGGTGGGCCTGGATGGCACCGAGACGTACCTGCCCCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGTCCATGTCGCAGAATCTGGCGCGTCTGGCCCAGCGGATAGACTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGTCCATGTCGCAGAATCTGGCGCGTCTGGCCCAGCGGATAGACTTCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGTTCGGGCTCCGAGGAGGAGGAGGCGGCGGGGACCGAGGGCGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGGTTCGGGCTCCGAGGAGGAGGAGGCGGCGGGGACCGAGGGCGACGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAGGAGTGGCCGGGCGCCGGGTCCAGCGCAGACCAGGACGACGAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGGAGTGGCCGGGCGCCGGGTCCAGCGCAGACCAGGACGACGAGGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GAGTGGTAAAATTTCAGCCTTCCCTTTGGCCTTGGGACTCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTA...TAGGAGTGGTAAAATTTCAGCCTTCCCTTTGGCCTTGGGACTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGAGGAACAATTTGAGAAGTGCCCTGACAGAGATGTGTGTTCTCTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103529 GTGAGGAACAATTTGAGAAGTGCCCTGACAGAGATGTGTGTTCTCTATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGTTCTCAGTATTGTTAGGGATAAAAAATTTATGACTCTTGATCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103579 TGTTCTCAGTATTGTTAGGGATAAAAAATTTATGACTCTTGATCCTGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTCAGGATGCACTTCCTCCAAAACAG         AATCCTCAGACGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103629 CTCAGGATGCACTTCCTCCAAAACAGGTA...CAGAATCCTCAGACGTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAATTGATATCTAAAAAGAAGTCACTTGCTGGAGCAGCACAAATCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106076 CAATTGATATCTAAAAAGAAGTCACTTGCTGGAGCAGCACAAATCTTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAAGGGGGCAGAAAGACTGACTAAATCAGTTACCGAAAACCAAGAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106126 GAAGGGGGCAGAAAGACTGACTAAATCAGTTACCGAAAACCAAGAAAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCTACAAAGAGACTTCAATTCTGAGCTTTTGCGATTACGGCAACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106176 AGCTACAAAGAGACTTCAATTCTGAGCTTTTGCGATTACGGCAACACTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAACTTCGAAAAGTTGGAGATAAAATTCTCGGAGATCTGAGCTACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106226 AAACTTCGAAAAGTTGGAGATAAAATTCTCGGAGATCTGAGCTACAGAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGCAG         GATCTCTCTTTCCTCATCATGGTACATTTGAAGTAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106276 TGCAGGTA...TAGGATCTCTCTTTCCTCATCATGGTACATTTGAAGTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TAAAGAATACAGATCTCGATCTGGATAAAAAGATACCTGAAGATTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109251 TAAAGAATACAGATCTCGATCTGGATAAAAAGATACCTGAAGATTACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCTCTTGATGTCCAAATTCCTAGTGATTTAGAGGGGTCTGCATATATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109301 CCTCTTGATGTCCAAATTCCTAGTGATTTAGAGGGGTCTGCATATATCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 G         GTTTCAATACAAAAACAGGCTCCAGATATAGGTGACCTCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109351 GGTA...TAGGTTTCAATACAAAAACAGGCTCCAGATATAGGTGACCTCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCACAGTTAACCTCTTCAAACGACCTTTGCCCAAATCCAAACCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109478 GCACAGTTAACCTCTTCAAACGACCTTTGCCCAAATCCAAACCAGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    860     GTTCCCCACATTGGCAGACAAAATTAGAAGCGGCACAGAATGTTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109528 .CAGGTTCCCCACATTGGCAGACAAAATTAGAAGCGGCACAGAATGTTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTTATGTAAAGAAATTTTTGCACAGCTCTCTCGGGAAGCTGTTCAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110441 CTTATGTAAAGAAATTTTTGCACAGCTCTCTCGGGAAGCTGTTCAAATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AATCACAAGTCCCTCACATTGTGGTGAAAAACCAGATTATCTCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110491 AATCACAAGTCCCTCACATTGTGGTGAAAAACCAGATTATCTCTCAGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTTCCGA         GCTTGCAGTTATCTATTTCTTTGTGCCATTCCTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110541 TTTCCGAGTA...TAGGCTTGCAGTTATCTATTTCTTTGTGCCATTCCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AAATGATAAGAAATCCCAAAAATTTGCTACTGAGAAGCAATGTCCGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111931 AAATGATAAGAAATCCCAAAAATTTGCTACTGAGAAGCAATGTCCGGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACCACCTTTATGTCCTAGAGCATAATTTGCATCTACTGATTAGAGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 111981 ACCACCTTTATGTCCTAGAGCATAATTTGCATCTACTGATTAGAGAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1144       TTTCATAAACAGACCTTGAGTTCCATCATGATGCCTCATCCAGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112031 ...TAGTTTCATAAACAGACCTTGAGTTCCATCATGATGCCTCATCCAGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 AAGTGCACCTTTTGGCCACAAGAGAATGAGACTTTCGGGTCCTCAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113066 AAGTGCACCTTTTGGCCACAAGAGAATGAGACTTTCGGGTCCTCAAGCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TTGATAAAAATGAAATTAATTCATTACAGTCCAGTGAAGGGCTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113116 TTGATAAAAATGAAATTAATTCATTACAGTCCAGTGAAGGGCTTCTGGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAAATAATTAAACAAGCAAAGCATATTTTTCTAAGGAGTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 113166 AAAATAATTAAACAAGCAAAGCATATTTTTCTAAGGAGTAGGTA...AAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AGCTGCTGCAACCATTGACAGCTTAGCAAGCCGAATTGAGGATCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117322 AGCTGCTGCAACCATTGACAGCTTAGCAAGCCGAATTGAGGATCCTCAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TACAGGCTCATTGGTCAAATATCAATGATGTTTATGAATCTAGTGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117372 TACAGGCTCATTGGTCAAATATCAATGATGTTTATGAATCTAGTGTGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTTTTAATCACATCACAAGGCTATGAACAAATATGCAA         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117422 GTTTTAATCACATCACAAGGCTATGAACAAATATGCAAGTA...AAGGTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CATTCAACTGCAATTGAATATTGGAGTTGAGCAGATTCGAGTTGTACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123008 CATTCAACTGCAATTGAATATTGGAGTTGAGCAGATTCGAGTTGTACATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GAGATGGAAGAGTAATTACACTGTCTTATCAGGAGCAGGAGCTACAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123058 GAGATGGAAGAGTAATTACACTGTCTTATCAGGAGCAGGAGCTACAGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTTCTTCTGTCTCAG         ATGTCACAGCACCAGGTACATGCAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123108 TTTCTTCTGTCTCAGGTA...CAGATGTCACAGCACCAGGTACATGCAGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCAGCAACTCGCCAAGGTTATGGGCTGGCAAGTACTGAGCTTCAGTAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125230 TCAGCAACTCGCCAAGGTTATGGGCTGGCAAGTACTGAGCTTCAGTAATC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ATGTGGGACTTGGACCTATAGAGAGCATTGGTAATGCATCTGCCATCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125280 ATGTGGGACTTGGACCTATAGAGAGCATTGGTAATGCATCTGCCATCACG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GTGGCCTCCCCAAGTGGTGACTATGCTATTTCAG         TTCGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 125330 GTGGCCTCCCCAAGTGGTGACTATGCTATTTCAGGTA...CAGTTCGTAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 TGGACCTGAAAGTGGCAGCAAGATTATGGTTCAGTTTCCTCGTAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127347 TGGACCTGAAAGTGGCAGCAAGATTATGGTTCAGTTTCCTCGTAACCAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GTAAAGACCTTCCAAAAAGTGATGTTTTACAAGATAACAAATGGAGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127397 GTAAAGACCTTCCAAAAAGTGATGTTTTACAAGATAACAAATGGAGTCAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 CTTCGTGGGCCATTCAAAGAAGTTCAGTGGAATAAAATGGAAGGTCGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127447 CTTCGTGGGCCATTCAAAGAAGTTCAGTGGAATAAAATGGAAGGTCGAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TTTTGTTTATAAAATGGAGCTGCTTATGTCTGCACTTAGCCCTTGTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127497 TTTTGTTTATAAAATGGAGCTGCTTATGTCTGCACTTAGCCCTTGTCTAC

   2050 
   1952 TA
        ||
 127547 TA