seq1 = pF1KB7883.tfa, 1737 bp
seq2 = pF1KB7883/gi568815579f_44901580.tfa (gi568815579f:44901580_45137787), 236208 bp

>pF1KB7883 1737
>gi568815579f:44901580_45137787 (Chr19)

1-106  (100001-100106)   100% ->
107-154  (101370-101417)   100% ->
155-504  (110357-110697)   97% ->
505-662  (120474-120631)   100% ->
663-754  (123750-123841)   100% ->
755-886  (124027-124158)   100% ->
887-991  (127309-127413)   100% ->
992-1207  (130955-131170)   100% ->
1208-1276  (132665-132733)   100% ->
1277-1354  (132872-132949)   100% ->
1355-1737  (135826-136208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTTCGGTCTGGGCCAGCCTCTGGGCCGTCCGTCCCCACTGGCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTTCGGTCTGGGCCAGCCTCTGGGCCGTCCGTCCCCACTGGCCGGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATGCCGAGTCGCCGCGTCGCCAGACCGCCGGCTGCGCCGGAGCTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATGCCGAGTCGCCGCGTCGCCAGACCGCCGGCTGCGCCGGAGCTGGGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTTAG         GGTCCCCCGACCTCTCCTCACTCTCGCTCGCCGTT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTTAGGTA...CAGGGTCCCCCGACCTCTCCTCACTCTCGCTCGCCGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCAGGAGCACAG         ATGAATTGGAGATCATCGACGAGTACAT
        |||||||||||||>>>...>>>---------|||||||||||||||||||
 101405 TCCAGGAGCACAGGTG...CAG         AGATCATCGACGAGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGGAGAACGGCTTCGGCCTGGACGGGGGACAGCCGGGCCCGGGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110376 CAAGGAGAACGGCTTCGGCCTGGACGGGGGACAGCCGGGCCCGGGCGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCTGCCACGCCTGGTGTCTCGCGGGGCTGCGTCCCTGAGCACGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110426 GGCTGCCACGCCTGGTGTCTCGCGGGGCTGCGTCCCTGAGCACGGTCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGGCCCTGTGGCGCCCCCAGCCACGCCGCCGCCTTGGGGCTGCCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110476 CTGGGCCCTGTGGCGCCCCCAGCCACGCCGCCGCCTTGGGGCTGCCCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGCCGACTAGTGTCCCCAGCGCCGGGCCCGGGCCCGCAGCCGCACCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110526 GGGCCGACTAGTGTCCCCAGCGCCGGGCCCGGGCCCGCAGCCGCACCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCATCACGGAGCAGCCCAAGCAGCGCGGCATGCGCTTCCGCTACGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110576 TCATCACGGAGCAGCCCAAGCAGCGCGGCATGCGCTTCCGCTACGAGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGGCCGCTCGGCCGGCAGCATCCTTGGGGAGAGCAGCACCGAGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110626 GAGGGCCGCTCGGCCGGCAGCATCCTTGGGGAGAGCAGCACCGAGGCCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAAGACGCTGCCCGCCATCGAG         CTCCGGGATTGTGGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110676 CAAGACGCTGCCCGCCATCGAGGTG...CAGCTCCGGGATTGTGGAGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGCGGGAGGTGGAGGTGACTGCCTGCCTGGTGTGGAAGGACTGGCCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120493 TGCGGGAGGTGGAGGTGACTGCCTGCCTGGTGTGGAAGGACTGGCCTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGAGTCCACCCCCACAGCCTCGTGGGGAAAGACTGCACCGACGGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120543 CGAGTCCACCCCCACAGCCTCGTGGGGAAAGACTGCACCGACGGCATCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGGGTGCGGCTCCGGCCTCACGTCAGCCCCCGGCACAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120593 CAGGGTGCGGCTCCGGCCTCACGTCAGCCCCCGGCACAGGTA...CAGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTAACAACCTGGGCATCCAGTGTGTGAGGAAGAAGGAGATTGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123752 TTAACAACCTGGGCATCCAGTGTGTGAGGAAGAAGGAGATTGAGGCTGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTGAGCGGAAGATTCAACTGGGCATTGACCCCTACAACG         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 123802 ATTGAGCGGAAGATTCAACTGGGCATTGACCCCTACAACGGTG...CAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGGTCCCTGAAGAACCATCAGGAAGTAGACATGAATGTGGTGAGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124028 TGGGTCCCTGAAGAACCATCAGGAAGTAGACATGAATGTGGTGAGGATCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTTCCAGGCCTCATATCGGGACCAGCAGGGACAGATGCGCCGGATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124078 GCTTCCAGGCCTCATATCGGGACCAGCAGGGACAGATGCGCCGGATGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCTGTGCTTTCCGAGCCCGTCTATGACAAGA         AATCCACAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 124128 CCTGTGCTTTCCGAGCCCGTCTATGACAAGAGTG...CAGAATCCACAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CACATCAGAGCTGCGGATTTGCCGAATTAACAAGGAAAGCGGGCCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127319 CACATCAGAGCTGCGGATTTGCCGAATTAACAAGGAAAGCGGGCCGTGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCGGTGGCGAGGAGCTCTACTTGCTCTGCGACAAGGTGCAGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 127369 CCGGTGGCGAGGAGCTCTACTTGCTCTGCGACAAGGTGCAGAAAGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992     AGGACATATCAGTGGTGTTCAGCAGGGCCTCCTGGGAAGGTCGGGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127419 .CAGAGGACATATCAGTGGTGTTCAGCAGGGCCTCCTGGGAAGGTCGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGACTTCTCCCAGGCCGACGTGCACCGCCAGATTGCCATTGTGTTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131001 TGACTTCTCCCAGGCCGACGTGCACCGCCAGATTGCCATTGTGTTCAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CGCCGCCCTACGAGGACCTGGAGATTGTCGAGCCCGTGACAGTCAACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131051 CGCCGCCCTACGAGGACCTGGAGATTGTCGAGCCCGTGACAGTCAACGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TTCCTGCAGCGGCTCACCGATGGGGTCTGCAGCGAGCCATTGCCTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131101 TTCCTGCAGCGGCTCACCGATGGGGTCTGCAGCGAGCCATTGCCTTTCAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GTACCTGCCTCGCGACCATG         ACAGCTACGGCGTGGACAAGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 131151 GTACCTGCCTCGCGACCATGGTA...CAGACAGCTACGGCGTGGACAAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AGCGGAAACGGGGGATGCCCGACGTCCTTGGGGAGCTGAACAGCTCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132686 AGCGGAAACGGGGGATGCCCGACGTCCTTGGGGAGCTGAACAGCTCTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1277        ACCCCCATGGCATCGAGAGCAAACGGCGGAAGAAAAAGCCGGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132736 G...CAGACCCCCATGGCATCGAGAGCAAACGGCGGAAGAAAAAGCCGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CATCCTGGACCACTTCCTGCCCAACCACGGCTCAG         GCCCGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 132915 CATCCTGGACCACTTCCTGCCCAACCACGGCTCAGGTG...TAGGCCCGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCCTCCCGCCGTCAGCCCTGCTGCCAGACCCTGACTTCTTCTCTGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135832 TCCTCCCGCCGTCAGCCCTGCTGCCAGACCCTGACTTCTTCTCTGGCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGTCCCTGCCCGGCCTGGAGCCCCCTGGCGGGCCTGACCTCCTGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135882 GTGTCCCTGCCCGGCCTGGAGCCCCCTGGCGGGCCTGACCTCCTGGACGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGGCTTTGCCTACGACCCTACGGCCCCCACACTCTTCACCATGCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135932 TGGCTTTGCCTACGACCCTACGGCCCCCACACTCTTCACCATGCTGGACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGCTGCCCCCGGCACCGCCACACGCTAGCGCTGTTGTGTGCAGCGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135982 TGCTGCCCCCGGCACCGCCACACGCTAGCGCTGTTGTGTGCAGCGGAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GCCGGGGCCGTGGTTGGGGAGACCCCCGGCCCTGAACCACTGACACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136032 GCCGGGGCCGTGGTTGGGGAGACCCCCGGCCCTGAACCACTGACACTGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CTCGTACCAGGCCCCGGGCCCCGGGGATGGAGGCACCGCCAGCCTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136082 CTCGTACCAGGCCCCGGGCCCCGGGGATGGAGGCACCGCCAGCCTTGTGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GCAGCAACATGTTCCCCAATCATTACCGCGAGGCGGCCTTTGGGGGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136132 GCAGCAACATGTTCCCCAATCATTACCGCGAGGCGGCCTTTGGGGGCGGC

   1800     .    :    .    :    .
   1711 CTCCTATCCCCGGGGCCTGAAGCCACG
        |||||||||||||||||||||||||||
 136182 CTCCTATCCCCGGGGCCTGAAGCCACG