seq1 = pF1KB7881.tfa, 1734 bp
seq2 = pF1KB7881/gi568815592f_28048408.tfa (gi568815592f:28048408_28254014), 205607 bp

>pF1KB7881 1734
>gi568815592f:28048408_28254014 (Chr6)

1-417  (100001-100417)   100% ->
418-559  (101076-101217)   100% ->
560-651  (103438-103529)   100% ->
652-775  (103854-103977)   100% ->
776-1734  (104649-105607)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAAGAATCAAGAAAGCCTTCAGCCCCATCCCCACCAGACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGAAGAATCAAGAAAGCCTTCAGCCCCATCCCCACCAGACCAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCCTGAAGAGGATCTTGTAATCGTCAAGGTAGAGGAGGATCATGGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCCTGAAGAGGATCTTGTAATCGTCAAGGTAGAGGAGGATCATGGTTGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACCAGGAATCTAGTCTGCATGAAAGTAACCCTCTTGGCCAAGAAGTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACCAGGAATCTAGTCTGCATGAAAGTAACCCTCTTGGCCAAGAAGTGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGCCTGCGCTTCAGGCAGTTACGCTACCAGGAGACACTAGGACCCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGCCTGCGCTTCAGGCAGTTACGCTACCAGGAGACACTAGGACCCCGAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCTCTGATCCAACTACGGGCCCTTTGCCATCAGTGGCTGAGGCCAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCTCTGATCCAACTACGGGCCCTTTGCCATCAGTGGCTGAGGCCAGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGAACACCAAGGAACAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGAACACCAAGGAACAGATCCTGGAGCTGCTGGTGCTGGAGCAGTTCTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCATCCTACCTGAGGAGCTCCAGACACTGGTTAAGGAACATCAGCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCATCCTACCTGAGGAGCTCCAGACACTGGTTAAGGAACATCAGCTAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAACGGAGAGGAGGTGGTGACCCTATTAGAGGATTTGGAAAGGCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAACGGAGAGGAGGTGGTGACCCTATTAGAGGATTTGGAAAGGCAGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ATATACTAGGACGACCA         GTCTCAGCTCGCGTACATGGACAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100401 ATATACTAGGACGACCAGTA...CAGGTCTCAGCTCGCGTACATGGACAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGGGTACTCTGGGAGGAGGTAGTACATTCAGCATCTGCACCAGAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101100 AGGGTACTCTGGGAGGAGGTAGTACATTCAGCATCTGCACCAGAGCCTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AAATACTCAGCTCCAATCTGAGGCAACCCAACATAAATCTCCAGTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101150 AAATACTCAGCTCCAATCTGAGGCAACCCAACATAAATCTCCAGTGCCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AAGAGTCACAAGAGAGAG         CCATGTCTACTTCCCAGAGTCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101200 AAGAGTCACAAGAGAGAGGTG...CAGCCATGTCTACTTCCCAGAGTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACTCGTTCCCAGAAAGGAAGTTCTGGAGACCAGGAAATGACAGCTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103461 ACTCGTTCCCAGAAAGGAAGTTCTGGAGACCAGGAAATGACAGCTACACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCTCACAGCAGGGTTCCAG         ACTTTGGAGAAGATTGAAGACA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103511 TCTCACAGCAGGGTTCCAGGTG...CAGACTTTGGAGAAGATTGAAGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGCTGTGTCCCTTATTCGAGAGGAGTGGCTTCTTGATCCATCACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103876 TGGCTGTGTCCCTTATTCGAGAGGAGTGGCTTCTTGATCCATCACAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GATCTGTGTAGAGATAACAGGCCAGAAAATTTCAGAAACATGTTCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103926 GATCTGTGTAGAGATAACAGGCCAGAAAATTTCAGAAACATGTTCTCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GG         GTGGTGAGACCAGGAGTGAGAACAGGGAATTAGCTTCAA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103976 GGGTA...CAGGTGGTGAGACCAGGAGTGAGAACAGGGAATTAGCTTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AACAGGTAATATCTACTGGAATCCAGCCACATGGAGAGACAGCTGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104688 AACAGGTAATATCTACTGGAATCCAGCCACATGGAGAGACAGCTGCCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGCAACGGGGATGTTATCAGGGGTCTTGAGCATGAAGAAGCCCGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104738 TGCAACGGGGATGTTATCAGGGGTCTTGAGCATGAAGAAGCCCGAGACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 TCTGGGCAGATTAGAGAGGCAGCGGGGAAATCCCACACAAGAGAGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104788 TCTGGGCAGATTAGAGAGGCAGCGGGGAAATCCCACACAAGAGAGACGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATAAATGTGATGAATGTGGGAAAAGCTTTGCTCAGAGCTCAGGCCTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104838 ATAAATGTGATGAATGTGGGAAAAGCTTTGCTCAGAGCTCAGGCCTTGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 CGCCACTGGAGAATCCACACTGGGGAGAAACCCTATCAGTGTAATGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104888 CGCCACTGGAGAATCCACACTGGGGAGAAACCCTATCAGTGTAATGTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGGTAAAGCCTTCAGTTACAGGTCAGCCCTTCTTTCACATCAGGATATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104938 TGGTAAAGCCTTCAGTTACAGGTCAGCCCTTCTTTCACATCAGGATATCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ACAACAAAGTAAAACGCTATCACTGTAAGGAGTGTGGCAAAGCCTTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104988 ACAACAAAGTAAAACGCTATCACTGTAAGGAGTGTGGCAAAGCCTTCAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 CAGAACACAGGCCTGATTCTGCACCAGAGAATCCACACTGGGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105038 CAGAACACAGGCCTGATTCTGCACCAGAGAATCCACACTGGGGAGAAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ATATCAGTGCAATCAGTGTGGGAAGGCTTTCAGTCAGAGTGCGGGCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105088 ATATCAGTGCAATCAGTGTGGGAAGGCTTTCAGTCAGAGTGCGGGCCTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TTCTGCACCAGAGAATCCACAGTGGAGAGAGACCCTATGAATGTAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105138 TTCTGCACCAGAGAATCCACAGTGGAGAGAGACCCTATGAATGTAATGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TGTGGGAAAGCTTTCAGTCATAGCTCACACCTCATTGGACATCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105188 TGTGGGAAAGCTTTCAGTCATAGCTCACACCTCATTGGACATCAGAGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAGTGTGATGAGTGTGGGAAAACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105238 CCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAGTGTGATGAGTGTGGGAAAACCTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GGCGGAGCTCACATCTTATTGGTCATCAGAGGAGCCACACTGGGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 GGCGGAGCTCACATCTTATTGGTCATCAGAGGAGCCACACTGGGGAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCCTACAAATGCAATGAGTGTGGGAGGGCCTTCAGTCAGAAGTCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 CCCTACAAATGCAATGAGTGTGGGAGGGCCTTCAGTCAGAAGTCAGGCCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 TATTGAACATCAGAGAATCCACACTGGAGAAAGACCCTATAAATGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 TATTGAACATCAGAGAATCCACACTGGAGAAAGACCCTATAAATGTAAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AATGTGGGAAAGCTTTCAATGGGAACACTGGTCTCATTCAACACCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105438 AATGTGGGAAAGCTTTCAATGGGAACACTGGTCTCATTCAACACCTGAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 ATTCACACAGGGGAGAAGCCCTACCAATGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 ATTCACACAGGGGAGAAGCCCTACCAATGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 TATTCAGAGGTCAAGTCTCATTCGACATCAGAGAATCCACAGTGGTGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105538 TATTCAGAGGTCAAGTCTCATTCGACATCAGAGAATCCACAGTGGTGAAA

   1750     .    :    .    :
   1715 AATCTGAATCCATAAGCGTT
        ||||||||||||||||||||
 105588 AATCTGAATCCATAAGCGTT