seq1 = pF1KB7874.tfa, 1911 bp
seq2 = pF1KB7874/gi568815587f_9371309.tfa (gi568815587f:9371309_9627610), 256302 bp

>pF1KB7874 1911
>gi568815587f:9371309_9627610 (Chr11)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-205  (101369-101461)   100% ->
206-289  (102633-102716)   100% ->
290-370  (103245-103325)   100% ->
371-567  (107082-107278)   100% ->
568-642  (108164-108238)   100% ->
643-762  (123338-123457)   100% ->
763-838  (124995-125070)   100% ->
839-964  (126367-126492)   100% ->
965-1144  (129783-129962)   100% ->
1145-1372  (137311-137538)   100% ->
1373-1521  (141140-141288)   100% ->
1522-1683  (144893-145054)   99% ->
1684-1830  (153932-154078)   100% ->
1831-1911  (156222-156302)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGTTAGCCCAAATAAATCGAGATTCTCAGGGAATGACAGAGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGTTAGCCCAAATAAATCGAGATTCTCAGGGAATGACAGAGTTTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGGAGGGATGGAGGCGCAACATGTTACGCTGTGCTTGACAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGGAGGGATGGAGGCGCAACATGTTACGCTGTGCTTGACAGAGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACCGTGGCAG         ATGGTGACAACTTAGAAAATATGGAAGGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACCGTGGCAGGTG...TAGATGGTGACAACTTAGAAAATATGGAAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAAGCTTGCAAGCAGTAACACTTGCAGATGGTTCTACTGCTTACATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101398 GTAAGCTTGCAAGCAGTAACACTTGCAGATGGTTCTACTGCTTACATACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACACAATTCTAAAG         ATGCAAAACTCATAGATGGCCAGGTCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101448 ACACAATTCTAAAGGTA...TAGATGCAAAACTCATAGATGGCCAGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTCAGTTGGAAGATGGTTCTGCGGCCTATGTTCAACATGTACCCATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102660 TTCAGTTGGAAGATGGTTCTGCGGCCTATGTTCAACATGTACCCATACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAAGTA         GGGACAGTTTGCGTCTAGAGGATGGTCAAGCAGT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102710 AAAAGTAGTA...CAGGGGACAGTTTGCGTCTAGAGGATGGTCAAGCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAGTTAGAAGATGGTACCACAGCATTTATTCACCACACCTCCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103279 ACAGTTAGAAGATGGTACCACAGCATTTATTCACCACACCTCCAAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371       ATAGTTATGACCAGAGTGCATTACAGGCGGTTCAGCTGGAAGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103329 ...CAGATAGTTATGACCAGAGTGCATTACAGGCGGTTCAGCTGGAAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GGTACCACAGCTTATATCCACCATGCAGTGCAAGTCCCGCAGTCTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107126 GGTACCACAGCTTATATCCACCATGCAGTGCAAGTCCCGCAGTCTGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATCTTGGCAATTCAGGCTGATGGGACAGTGGCAGGTCTGCACACTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107176 CATCTTGGCAATTCAGGCTGATGGGACAGTGGCAGGTCTGCACACTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGCTACAATTGACCCTGACACCATCAGTGCTTTGGAACAGTATGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107226 ATGCTACAATTGACCCTGACACCATCAGTGCTTTGGAACAGTATGCAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAG         GTGTCCATTGATGGAAGTGAAAGTGTAGCAGGTACTGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107276 AAGGTA...TAGGTGTCCATTGATGGAAGTGAAAGTGTAGCAGGTACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATGATTGGAGAAAATGAGCAAGAGAAAAAAATGCAG         ATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108202 AATGATTGGAGAAAATGAGCAAGAGAAAAAAATGCAGGTA...TAGATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTTTACAAGGACATGCTACAAGAGTAACTGCTAAATCTCAACAGAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123342 TTTTACAAGGACATGCTACAAGAGTAACTGCTAAATCTCAACAGAGTGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAGAAGGCATTTCGATGTGAATATGATGGATGTGGAAAATTATATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123392 GAGAAGGCATTTCGATGTGAATATGATGGATGTGGAAAATTATATACAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGCTCATCATCTCAAG         GTCCATGAGAGGTCACACACAGGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 123442 AGCTCATCATCTCAAGGTA...CAGGTCCATGAGAGGTCACACACAGGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCGGCCTTATCAGTGTGAGCATGCAGGCTGTGGGAAGGCATTTGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125020 ATCGGCCTTATCAGTGTGAGCATGCAGGCTGTGGGAAGGCATTTGCAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 G         GTTATGGATTAAAAAGTCACGTCAGAACTCATACAGGAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125070 GGTA...AAGGTTATGGATTAAAAAGTCACGTCAGAACTCATACAGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AAAGCCATATCGGTGTTCGGAAGATAATTGTACTAAATCTTTCAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126407 AAAGCCATATCGGTGTTCGGAAGATAATTGTACTAAATCTTTCAAAACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGGAGATCTACAGAAACACATCAGAACTCATACAG         GAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 126457 CAGGAGATCTACAGAAACACATCAGAACTCATACAGGTA...CAGGAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGGCCCTTTAAGTGTCCCTTCGAAGGCTGCGGTCGGTCCTTTACAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129788 AGGCCCTTTAAGTGTCCCTTCGAAGGCTGCGGTCGGTCCTTTACAACATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AAATATCAGAAAAGTGCACGTTAGGACACACACAGGAGAAAGACCTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129838 AAATATCAGAAAAGTGCACGTTAGGACACACACAGGAGAAAGACCTTATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACTGCACAGAGCCAGGATGTGGGAGGGCATTTGCCAGTGCAACAAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129888 ACTGCACAGAGCCAGGATGTGGGAGGGCATTTGCCAGTGCAACAAATTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAAACCATGTGAGGATACACACAG         GAGAAAAGCCATATGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 129938 AAAAACCATGTGAGGATACACACAGGTA...TAGGAGAAAAGCCATATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TTGTACAGTTCCTGGGTGTGACAAAAGGTTTACAGAATATTCCAGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137327 TTGTACAGTTCCTGGGTGTGACAAAAGGTTTACAGAATATTCCAGTTTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ACAAACATCATGTTGTCCACACTCATTCCAAACCTTACAACTGTAACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137377 ACAAACATCATGTTGTCCACACTCATTCCAAACCTTACAACTGTAACCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGTGGGAAGACATACAAGCAGATCTCCACGCTGGCCATGCACAAACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137427 TGTGGGAAGACATACAAGCAGATCTCCACGCTGGCCATGCACAAACGGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGCCCACAACGACACTGAGCCCATCGAGGAGGAGCAGGAAGCCTTCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137477 AGCCCACAACGACACTGAGCCCATCGAGGAGGAGCAGGAAGCCTTCTTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGCCGCCCCCAG         GTCAAGGTGAAGATGTTCTTAAAGGGTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 137527 AGCCGCCCCCAGGTG...CAGGTCAAGGTGAAGATGTTCTTAAAGGGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CAGATTACGTATGTTACAGGTGTAGAAGGGGACGACGTTGTTTCTACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141169 CAGATTACGTATGTTACAGGTGTAGAAGGGGACGACGTTGTTTCTACACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 AGTAGCCACAGTAACCCAATCTGGACTGAGTCAACAAGTTACACTCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141219 AGTAGCCACAGTAACCCAATCTGGACTGAGTCAACAAGTTACACTCATAT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CCCAGGATGGGACTCAGCAT         GTCAACATATCTCAAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 141269 CCCAGGATGGGACTCAGCATGTA...CAGGTCAACATATCTCAAGCTGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ATGCAGGCCATTGGCAACACCATCACAATGGTAACGCAGGATGGCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144914 ATGCAGGCCATTGGCAACACCATCACAATGGTAACGCAGGATGGCACGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CATCACAGTCCCCGCCCATGATGCAGTCATCTCCTCAGCAGGAACGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144964 CATCACAGTCCCCGCCCATGATGCAGTCATCTCCTCAGCAGGAACGCACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CTGTTGCTATGGTTACTGCTGAGGGTACAGAAGGGCAACAG         
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||>>>...>>>
 145014 CTGTTGCTATGGTTACTGCTGAGGGTACAGAAGGGGAACAGGTA...AAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GTTGCAATTGTAGCTCAAGACTTGGCAGCATTCCATACTGCCTCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153932 GTTGCAATTGTAGCTCAAGACTTGGCAGCATTCCATACTGCCTCATCAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 AATGGGGCACCAGCAGCATAGCCATCACTTAGTAACCACAGAAACCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153982 AATGGGGCACCAGCAGCATAGCCATCACTTAGTAACCACAGAAACCAGAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 CTCTGACCTTAGTAGCAACATCCAATGGCACCCAGATTGCAGTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 154032 CTCTGACCTTAGTAGCAACATCCAATGGCACCCAGATTGCAGTTCAGGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1831       CTTGGAGAACAGCCATCTCTGGAAGAAGCCATCAGAATAGCGTC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154082 ...CAGCTTGGAGAACAGCCATCTCTGGAAGAAGCCATCAGAATAGCGTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1875 TAGAATCCAACAAGGAGAAACGCCAGGGTTGGATGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156266 TAGAATCCAACAAGGAGAAACGCCAGGGTTGGATGAT