seq1 = pF1KB7873.tfa, 1710 bp
seq2 = pF1KB7873/gi568815592f_35181152.tfa (gi568815592f:35181152_35395245), 214094 bp

>pF1KB7873 1710
>gi568815592f:35181152_35395245 (Chr6)

1-73  (100001-100073)   100% ->
74-154  (104977-105057)   100% ->
155-232  (105171-105248)   100% ->
233-432  (106495-106694)   100% ->
433-549  (109115-109231)   100% ->
550-625  (109490-109565)   100% ->
626-751  (110127-110252)   100% ->
752-931  (110407-110586)   100% ->
932-1165  (111403-111636)   99% ->
1166-1329  (111730-111893)   100% ->
1330-1494  (112600-112764)   100% ->
1495-1608  (113305-113418)   100% ->
1609-1710  (113993-114094)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGAGCTTGGGGCTGCACACGGTGACCCTTAGTGATGGGACAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGAGCTTGGGGCTGCACACGGTGACCCTTAGTGATGGGACAACAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACGTCCAGCAAGCTGTCAAAG         GAGAGAAGCTTCTTGAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100051 CTACGTCCAGCAAGCTGTCAAAGGTA...CAGGAGAGAAGCTTCTTGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGCAGGTGATCCAGCTCGAGGATGGGACCACCGCATACATTCACCAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104995 GGCAGGTGATCCAGCTCGAGGATGGGACCACCGCATACATTCACCAGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGGTACAGAAAG         AAGCTCTCTCCTTTGAGGATGGTCAGCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105045 ACGGTACAGAAAGGTG...CAGAAGCTCTCTCCTTTGAGGATGGTCAGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTGCAGCTGGAAGATGGCAGCATGGCTTACATACACCGCACACCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105199 TGTGCAGCTGGAAGATGGCAGCATGGCTTACATACACCGCACACCCAGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233          AAGGCTATGACCCCAGCACCCTGGAAGCCGTCCAACTGGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105249 GTA...CAGAAGGCTATGACCCCAGCACCCTGGAAGCCGTCCAACTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGGCTCCACTGCCTACATTCACCACCCTGTGGCTGTGCCATCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106536 GATGGCTCCACTGCCTACATTCACCACCCTGTGGCTGTGCCATCGGAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CACCATCCTGGCCGTACAGACAGAGGTGGGCTTGGAGGACCTGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106586 CACCATCCTGGCCGTACAGACAGAGGTGGGCTTGGAGGACCTGGCAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGATGATGAGGGCTTCAGTGCAGACGCAGTGGTGGCCCTGGAGCAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106636 AGGATGATGAGGGCTTCAGTGCAGACGCAGTGGTGGCCCTGGAGCAGTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAGCAAG         GTTCTTCATGACAGCCAGATTCCCCGTAATGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106686 GCCAGCAAGGTG...CAGGTTCTTCATGACAGCCAGATTCCCCGTAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAAGGGCAGCAAGTTGGAGACAGAGCATTCCGCTGTGGCTACAAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109147 AAAAGGGCAGCAAGTTGGAGACAGAGCATTCCGCTGTGGCTACAAGGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGGGCGTCTCTACACCACCGCTCATCACTTAAAG         GTGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 109197 GTGGGCGTCTCTACACCACCGCTCATCACTTAAAGGTA...CAGGTGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAACGAGCTCATACAGGTGACCGTCCATACAGATGTGACTTCCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109496 GAACGAGCTCATACAGGTGACCGTCCATACAGATGTGACTTCCCCAGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAAAGGCCTTTGCCACAG         GCTATGGACTGAAGAGCCACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 109546 TGGAAAGGCCTTTGCCACAGGTA...CAGGCTATGGACTGAAGAGCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTCGTACCCACACTGGTGAGAAACCATACAAGTGCCCAGAGGAGCTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110148 TTCGTACCCACACTGGTGAGAAACCATACAAGTGCCCAGAGGAGCTGTGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AGCAAGGCCTTCAAGACCTCAGGAGACCTGCAGAAGCATGTCCGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110198 AGCAAGGCCTTCAAGACCTCAGGAGACCTGCAGAAGCATGTCCGTACCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CACTG         GTGAACGCCCGTTCCAGTGCCCTTTTGAGGGCTGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110248 CACTGGTA...TAGGTGAACGCCCGTTCCAGTGCCCTTTTGAGGGCTGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCCGCTCCTTCACCACATCTAACATCCGCAAGGTACATGTGCGCACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110443 GCCGCTCCTTCACCACATCTAACATCCGCAAGGTACATGTGCGCACCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACAGGCGAGAGGCCCTACACCTGCCCGGAGCCCCACTGTGGCCGCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110493 ACAGGCGAGAGGCCCTACACCTGCCCGGAGCCCCACTGTGGCCGCGGCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CACCAGCGCCACCAACTATAAGAATCACGTGCGCATCCACACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 110543 CACCAGCGCCACCAACTATAAGAATCACGTGCGCATCCACACAGGTG...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932    GGGAGAAGCCATACGTTTGCACGGTGCCAGGCTGCGGGAAACGCTTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111400 CAGGGGAGAAGCCATACGTTTGCACGGTGCCAGGCTGCGGGAAACGCTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCGAGTACTCGAGCTTGTATAAGCACCACGTGGTGCACACACACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111450 ACCGAGTACTCGAGCTTGTATAAGCACCACGTGGTGCACACACACTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCCTACACCTGCAGCACCTGCGGCAAGACCTACCGGCAGACCTCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111500 GCCCTACACCTGCAGCACCTGCGGCAAGACCTACCGGCAGACCTCCACCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGCCATGCACAAGCGCAGTGCCCATGGCGAGCTGGAGGCCACGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 111550 TGGCCATGCACAAGCGCAGTGCCCACGGCGAGCTGGAGGCCACGGAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGTGAGCAGGCCCTCTATGAGCAGCAGCAACTTGAGG         CCGC
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111600 AGCGAGCAGGCCCTCTATGAGCAGCAGCAACTTGAGGGTA...CAGCCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCTGCAGCCGAGGAGAGTCCGCCACCCAAACGACCCCGGATAGCTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111734 CTCTGCAGCCGAGGAGAGTCCGCCACCCAAACGACCCCGGATAGCTTACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTTCGGAGGTGAAGGAAGAGAGAGATGACATCCCAGCCCAGGTGGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111784 TTTCGGAGGTGAAGGAAGAGAGAGATGACATCCCAGCCCAGGTGGCGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTGACTGAAGAAGATGGGGCCCCCCAGGTGGCTCTGATCACTCAGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111834 GTGACTGAAGAAGATGGGGCCCCCCAGGTGGCTCTGATCACTCAGGATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGCCCAGCAG         GTCAGCCTGTCCCCGGAAGACCTGCAGGCCC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111884 TGCCCAGCAGGTA...CAGGTCAGCCTGTCCCCGGAAGACCTGCAGGCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGGGAGTGCCATCAGTATGGTCACCCAGCACGGCAGCACCACCCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112631 TGGGGAGTGCCATCAGTATGGTCACCCAGCACGGCAGCACCACCCTCACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATCCCCAGTCCTGATGCCGACCTGGCCACATCTGGCACACATACAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112681 ATCCCCAGTCCTGATGCCGACCTGGCCACATCTGGCACACATACAGTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CATGGTCAGCGCCGATGGCACCCAGACGCAGCCC         GTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112731 CATGGTCAGCGCCGATGGCACCCAGACGCAGCCCGTA...CAGGTCACAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCATTACCTCTGGGGCTGTGGTGGCTGAGGACTCAAGTGTAGCATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113312 TCATTACCTCTGGGGCTGTGGTGGCTGAGGACTCAAGTGTAGCATCTCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 CGTCATCAACAGGTGGCACTGTTGGCCACAGCCAACGGAACGCACATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113362 CGTCATCAACAGGTGGCACTGTTGGCCACAGCCAACGGAACGCACATTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 AGTGCAG         CTGGAGGAACAGCAGACCTTAGAGGAGGCCATCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113412 AGTGCAGGTG...CAGCTGGAGGAACAGCAGACCTTAGAGGAGGCCATCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ATGTGGCCACTGCGGCCATGCAGCAAGGGGCTGTGACCCTGGAGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114027 ATGTGGCCACTGCGGCCATGCAGCAAGGGGCTGTGACCCTGGAGACAACA

   1800     .    :    .
   1693 GTGTCGGAGAGTGGCTGC
        ||||||||||||||||||
 114077 GTGTCGGAGAGTGGCTGC