seq1 = pF1KB7855.tfa, 1653 bp
seq2 = pF1KB7855/gi568815587r_65554381.tfa (gi568815587r:65554381_65762093), 207713 bp

>pF1KB7855 1653
>gi568815587r:65554381_65762093 (Chr11)

(complement)

1-34  (99883-99915)   88% ->
35-186  (100006-100157)   100% ->
187-335  (100259-100407)   100% ->
336-427  (101879-101970)   100% ->
428-559  (102297-102428)   100% ->
560-664  (103272-103376)   100% ->
665-877  (103595-103807)   100% ->
878-958  (106159-106239)   100% ->
959-1033  (106332-106406)   100% ->
1034-1653  (107094-107713)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGAACTGTTCCCCCTCATCTTCCCGGCAG         AGCCAGC
         |  |-||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99883 TTTCA GAACTGTTCCCCCTCATCTTCCCGGCAGGTA...CAGAGCCAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGGCCTCTGGCCCCTATGTGGAGATCATTGAGCAGCCCAAGCAGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 CCAGGCCTCTGGCCCCTATGTGGAGATCATTGAGCAGCCCAAGCAGCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATGCGCTTCCGCTACAAGTGCGAGGGGCGCTCCGCGGGCAGCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 GCATGCGCTTCCGCTACAAGTGCGAGGGGCGCTCCGCGGGCAGCATCCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCGAGAGGAGCACAGATACCACCAAGACCCACCCCACCATCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100113 GGCGAGAGGAGCACAGATACCACCAAGACCCACCCCACCATCAAGGTC..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     ATCAATGGCTACACAGGACCAGGGACAGTGCGCATCTCCCTGGTCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 .CAGATCAATGGCTACACAGGACCAGGGACAGTGCGCATCTCCCTGGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCAAGGACCCTCCTCACCGGCCTCACCCCCACGAGCTTGTAGGAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100305 CCAAGGACCCTCCTCACCGGCCTCACCCCCACGAGCTTGTAGGAAAGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TGCCGGGATGGCTTCTATGAGGCTGAGCTCTGCCCGGACCGCTGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100355 TGCCGGGATGGCTTCTATGAGGCTGAGCTCTGCCCGGACCGCTGCATCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAG         TTTCCAGAACCTGGGAATCCAGTGTGTGAAGAAGCGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100405 CAGGTG...CAGTTTCCAGAACCTGGGAATCCAGTGTGTGAAGAAGCGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCTGGAGCAGGCTATCAGTCAGCGCATCCAGACCAACAACAACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101917 ACCTGGAGCAGGCTATCAGTCAGCGCATCCAGACCAACAACAACCCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAG         TTCCTATAGAAGAGCAGCGTGGGGACTACGACCTGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101967 CAAGGTG...CAGTTCCTATAGAAGAGCAGCGTGGGGACTACGACCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCTGTGCGGCTCTGCTTCCAGGTGACAGTGCGGGACCCATCAGGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102334 TGCTGTGCGGCTCTGCTTCCAGGTGACAGTGCGGGACCCATCAGGCAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCTCCGCCTGCCGCCTGTCCTTTCTCATCCCATCTTTGACAATC     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102384 CCCTCCGCCTGCCGCCTGTCCTTTCTCATCCCATCTTTGACAATCGTG..

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560     GTGCCCCCAACACTGCCGAGCTCAAGATCTGCCGAGTGAACCGAAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 .CAGGTGCCCCCAACACTGCCGAGCTCAAGATCTGCCGAGTGAACCGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCTGGCAGCTGCCTCGGTGGGGATGAGATCTTCCTACTGTGTGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103318 CTCTGGCAGCTGCCTCGGTGGGGATGAGATCTTCCTACTGTGTGACAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAGAAAG         AGGACATTGAGGTGTATTTCACGGGACCAGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 103368 TGCAGAAAGGTA...CAGAGGACATTGAGGTGTATTTCACGGGACCAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGGGAGGCCCGAGGCTCCTTTTCGCAAGCTGATGTGCACCGACAAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103627 TGGGAGGCCCGAGGCTCCTTTTCGCAAGCTGATGTGCACCGACAAGTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CATTGTGTTCCGGACCCCTCCCTACGCAGACCCCAGCCTGCAGGCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103677 CATTGTGTTCCGGACCCCTCCCTACGCAGACCCCAGCCTGCAGGCTCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCGTGTCTCCATGCAGCTGCGGCGGCCTTCCGACCGGGAGCTCAGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103727 TGCGTGTCTCCATGCAGCTGCGGCGGCCTTCCGACCGGGAGCTCAGTGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCATGGAATTCCAGTACCTGCCAGATACAG         ACGATCGTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103777 CCCATGGAATTCCAGTACCTGCCAGATACAGGTA...CAGACGATCGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCGGATTGAGGAGAAACGTAAAAGGACATATGAGACCTTCAAGAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106169 CCGGATTGAGGAGAAACGTAAAAGGACATATGAGACCTTCAAGAGCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGAAGAAGAGTCCTTTCAGCG         GACCCACCGACCCCCGGCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106219 TGAAGAAGAGTCCTTTCAGCGGTG...CAGGACCCACCGACCCCCGGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CCACCTCGACGCATTGCTGTGCCTTCCCGCAGCTCAGCTTCTGTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106352 CCACCTCGACGCATTGCTGTGCCTTCCCGCAGCTCAGCTTCTGTCCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GCCAG         CACCCCAGCCCTATCCCTTTACGTCATCCCTGAGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106402 GCCAGGTA...CAGCACCCCAGCCCTATCCCTTTACGTCATCCCTGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CCATCAACTATGATGAGTTTCCCACCATGGTGTTTCCTTCTGGGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107130 CCATCAACTATGATGAGTTTCCCACCATGGTGTTTCCTTCTGGGCAGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AGCCAGGCCTCGGCCTTGGCCCCGGCCCCTCCCCAAGTCCTGCCCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107180 AGCCAGGCCTCGGCCTTGGCCCCGGCCCCTCCCCAAGTCCTGCCCCAGGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TCCAGCCCCTGCCCCTGCTCCAGCCATGGTATCAGCTCTGGCCCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107230 TCCAGCCCCTGCCCCTGCTCCAGCCATGGTATCAGCTCTGGCCCAGGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CAGCCCCTGTCCCAGTCCTAGCCCCAGGCCCTCCTCAGGCTGTGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107280 CAGCCCCTGTCCCAGTCCTAGCCCCAGGCCCTCCTCAGGCTGTGGCCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTGCCCCCAAGCCCACCCAGGCTGGGGAAGGAACGCTGTCAGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107330 CCTGCCCCCAAGCCCACCCAGGCTGGGGAAGGAACGCTGTCAGAGGCCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCTGCAGCTGCAGTTTGATGATGAAGACCTGGGGGCCTTGCTTGGCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107380 GCTGCAGCTGCAGTTTGATGATGAAGACCTGGGGGCCTTGCTTGGCAACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCACAGACCCAGCTGTGTTCACAGACCTGGCATCCGTCGACAACTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107430 GCACAGACCCAGCTGTGTTCACAGACCTGGCATCCGTCGACAACTCCGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 TTTCAGCAGCTGCTGAACCAGGGCATACCTGTGGCCCCCCACACAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107480 TTTCAGCAGCTGCTGAACCAGGGCATACCTGTGGCCCCCCACACAACTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GCCCATGCTGATGGAGTACCCTGAGGCTATAACTCGCCTAGTGACAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107530 GCCCATGCTGATGGAGTACCCTGAGGCTATAACTCGCCTAGTGACAGGGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCTCCTGCTCCACTGGGGGCCCCGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107580 CCCAGAGGCCCCCCGACCCAGCTCCTGCTCCACTGGGGGCCCCGGGGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 CCCAATGGCCTCCTTTCAGGAGATGAAGACTTCTCCTCCATTGCGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107630 CCCAATGGCCTCCTTTCAGGAGATGAAGACTTCTCCTCCATTGCGGACAT

   1700     .    :    .    :    .    :
   1620 GGACTTCTCAGCCCTGCTGAGTCAGATCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107680 GGACTTCTCAGCCCTGCTGAGTCAGATCAGCTCC