seq1 = pF1KB7854.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KB7854/gi568815590f_101443241.tfa (gi568815590f:101443241_101766700), 323460 bp

>pF1KB7854 1875
>gi568815590f:101443241_101766700 (Chr8)

1-20  (49530-49549)   100% ->
21-216  (100001-100196)   100% ->
217-284  (109475-109542)   100% ->
285-678  (115179-115572)   100% ->
679-734  (127099-127154)   100% ->
735-891  (130428-130584)   100% ->
892-1003  (134168-134279)   100% ->
1004-1098  (155817-155911)   100% ->
1099-1257  (176299-176457)   100% ->
1258-1345  (188397-188484)   98% ->
1346-1485  (188986-189125)   100% ->
1486-1517  (193657-193688)   100% ->
1518-1612  (200891-200985)   100% ->
1613-1698  (206174-206259)   100% ->
1699-1763  (221214-221278)   100% ->
1764-1875  (223349-223460)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACAAGAGTCGGACAA         TAATAAAAGACTAGTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  49530 ATGTCACAAGAGTCGGACAAGTA...CAGTAATAAAAGACTAGTGGCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGTGCCCATGCCCAGTGACCCTCCATTCAATACCCGAAGAGCCTACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 AGTGCCCATGCCCAGTGACCCTCCATTCAATACCCGAAGAGCCTACACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGAGGATGAAGCCTGGAAGTCATACTTGGAGAATCCCCTGACAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 GTGAGGATGAAGCCTGGAAGTCATACTTGGAGAATCCCCTGACAGCAGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCAAGGCCATGATGAGCATTAATGGTGATGAGGACAGTGCTGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 ACCAAGGCCATGATGAGCATTAATGGTGATGAGGACAGTGCTGCTGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGGCCTGCTCTATGACTACTACAAG         GTTCCTCGAGACAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100172 CGGCCTGCTCTATGACTACTACAAGGTA...CAGGTTCCTCGAGACAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCTGCTGTCTGTAAGCAAAGCAAGTGACAGCCAAGAAGACCAGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109491 GGCTGCTGTCTGTAAGCAAAGCAAGTGACAGCCAAGAAGACCAGGAGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AG         AAACTGCCTTGGCACCAGTGAAGCCCAGAGTAATTTGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109541 AGGTA...CAGAAACTGCCTTGGCACCAGTGAAGCCCAGAGTAATTTGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGAGGAGAAAACCGAGTGCAAGTCCTAAAGACTGTTCCAGTGAACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115218 TGGAGGAGAAAACCGAGTGCAAGTCCTAAAGACTGTTCCAGTGAACCTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCTAAATCAAGATCACCTGGAGAATTCCAAGCGGGAACAGTACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115268 CCCTAAATCAAGATCACCTGGAGAATTCCAAGCGGGAACAGTACAGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCTTCCCCGAGAGCTCTGCCATCATCCCGGTGTCGGGAATCACGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115318 AGCTTCCCCGAGAGCTCTGCCATCATCCCGGTGTCGGGAATCACGGTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAGCTGAAGATTTCACACCAGTTTTCATGGCCCCACCTGTGCACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115368 GAAAGCTGAAGATTTCACACCAGTTTTCATGGCCCCACCTGTGCACTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCGGGGAGATGGGGAAGAGCAACGAGTGGTTATCTTTGAACAGACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115418 CCCGGGGAGATGGGGAAGAGCAACGAGTGGTTATCTTTGAACAGACTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TATGACGTGCCCTCGCTGGCCACCCACAGCGCCTATCTCAAAGACGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115468 TATGACGTGCCCTCGCTGGCCACCCACAGCGCCTATCTCAAAGACGACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GCGCAGCACTCCGGACAGCACATACAGCGAGAGCTTCAAGGACGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115518 GCGCAGCACTCCGGACAGCACATACAGCGAGAGCTTCAAGGACGCAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CAGAG         AAATTTCGGAGTGCTTCAGTTGGGGCTGAGGAGTAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115568 CAGAGGTG...CAGAAATTTCGGAGTGCTTCAGTTGGGGCTGAGGAGTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGTATGATCAGACATCAAG         TGGCACATTTCAGTACACCCT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127135 ATGTATGATCAGACATCAAGGTG...CAGTGGCACATTTCAGTACACCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGAAGCCACCAAATCTCTCCGTCAGAAGCAGGGGGAGGGCCCCATGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130449 GGAAGCCACCAAATCTCTCCGTCAGAAGCAGGGGGAGGGCCCCATGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACCTCAACAAAGGACAGTTCTATGCCATAACACTCAGCGAGACCGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130499 ACCTCAACAAAGGACAGTTCTATGCCATAACACTCAGCGAGACCGGAGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACAAATGCTTCCGACACCCCATCAGCAAAGTCAGG         AGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 130549 AACAAATGCTTCCGACACCCCATCAGCAAAGTCAGGGTA...CAGAGTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGTGATGGTGGTCTTCAGTGAAGACAAAAACAGAGATGAACAGCTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134173 GGTGATGGTGGTCTTCAGTGAAGACAAAAACAGAGATGAACAGCTCAAAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTGGAAATACTGGCACTCTCGGCAGCATACGGCGAAGCAGAGGGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134223 ACTGGAAATACTGGCACTCTCGGCAGCATACGGCGAAGCAGAGGGTCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GACATTG         CCGATTACAAGGAGAGCTTTAATACGATTGGAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134273 GACATTGGTA...CAGCCGATTACAAGGAGAGCTTTAATACGATTGGAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATTGAAGAGATTGCATATAATGCTGTTTCCTTTACCTGGGACGTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155851 CATTGAAGAGATTGCATATAATGCTGTTTCCTTTACCTGGGACGTGAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AAGAGGCGAAG         ATTTTCATCACCGTGAATTGCTTGAGCACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 155901 AAGAGGCGAAGGTG...CAGATTTTCATCACCGTGAATTGCTTGAGCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATTTCTCCTCCCAAAAAGGGGTGAAAGGACTTCCTTTGATGATTCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176329 GATTTCTCCTCCCAAAAAGGGGTGAAAGGACTTCCTTTGATGATTCAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGACACATACAGTTATAACAATCGTAGCAATAAACCCATTCATAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176379 TGACACATACAGTTATAACAATCGTAGCAATAAACCCATTCATAGAGCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ATTGCCAGATCAAGGTCTTCTGTGACAAA         GGAGCAGAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 176429 ATTGCCAGATCAAGGTCTTCTGTGACAAAGTG...CAGGGAGCAGAAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAATCCGAGATGAAGAGCGGAAGCAGAACAGAAAGAAAGGGAAAGGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 188409 AAAATCCGAGATGAAGAGCGGAAGCAGAACAGGAAGAAAGGGAAAGGCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGCCTCCCAAACTCAATGCAACAGCT         CCTCTGATGGGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 188459 GGCCTCCCAAACTCAATGCAACAGCTGTG...CAGCCTCTGATGGGAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGCTGCCATACCTTTACAGAAGAAGAGTGACATCACCTACTTCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189001 TGGCTGCCATACCTTTACAGAAGAAGAGTGACATCACCTACTTCAAAACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATGCCTGATCTCCACTCACAGCCAGTTCTCTTCATACCTGATGTTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189051 ATGCCTGATCTCCACTCACAGCCAGTTCTCTTCATACCTGATGTTCACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TGCAAACCTGCAGAGGACCGGACAG         GTGTATTACAACACGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 189101 TGCAAACCTGCAGAGGACCGGACAGGTA...CAGGTGTATTACAACACGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 ATGATGAACGAGAAGG         TGGCAGTGTCCTTGTTAAACGGATG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 193673 ATGATGAACGAGAAGGGTA...TAGTGGCAGTGTCCTTGTTAAACGGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TTCCGGCCCATGGAAGAGGAGTTTGGTCCAGTGCCTTCAAAGCAGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200916 TTCCGGCCCATGGAAGAGGAGTTTGGTCCAGTGCCTTCAAAGCAGATGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGAAGAAGGGACAAAGCGAG         TGCTCTTGTACGTGAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 200966 AGAAGAAGGGACAAAGCGAGGTA...CAGTGCTCTTGTACGTGAGGAAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 AGACTGACGATGTGTTCGATGCATTGATGTTGAAGTCTCCCACAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206195 AGACTGACGATGTGTTCGATGCATTGATGTTGAAGTCTCCCACAGTGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GGCCTGATGGAAGCG         ATATCTGAGAAATATGGGCTGCCCGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 206245 GGCCTGATGGAAGCGGTA...CAGATATCTGAGAAATATGGGCTGCCCGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 GGAGAAGATAGCAAAGCTTTACAAGAAAAGCAAAAAAGG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 221240 GGAGAAGATAGCAAAGCTTTACAAGAAAAGCAAAAAAGGGTA...CAGCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TCTTGGTGAACATGGATGACAACATCATCGAGCACTACTCGAACGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223351 TCTTGGTGAACATGGATGACAACATCATCGAGCACTACTCGAACGAGGAC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ACCTTCATCCTCAACATGGAGAGCATGGTGGAGGGCTTCAAGGTCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223401 ACCTTCATCCTCAACATGGAGAGCATGGTGGAGGGCTTCAAGGTCACGCT

   2000     .    :
   1866 CATGGAAATC
        ||||||||||
 223451 CATGGAAATC