seq1 = pF1KB7850.tfa, 1869 bp
seq2 = pF1KB7850/gi568815593f_43022054.tfa (gi568815593f:43022054_43275130), 253077 bp

>pF1KB7850 1869
>gi568815593f:43022054_43275130 (Chr5)

1-124  (100001-100124)   100% ->
125-226  (101156-101257)   100% ->
227-371  (117112-117256)   100% ->
372-1054  (139196-139878)   99% ->
1055-1185  (151265-151395)   100% ->
1186-1869  (152394-153077)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCTGAAGAGACGATGGAATGCCTTCAGGAGTTCCCTGAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCTGAAGAGACGATGGAATGCCTTCAGGAGTTCCCTGAACATCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAAATGATCCTCGACCGATTGAATGAACAGCGAGAGCAGGACCGGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAAATGATCCTCGACCGATTGAATGAACAGCGAGAGCAGGACCGGTTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGACATCACCCTAATTGTCGACG         GACACCATTTTAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100101 CTGACATCACCCTAATTGTCGACGGTG...TAGGACACCATTTTAAGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACAAGGCTGTTTTGGCTGCTTGTAGTAAGTTCTTCTACAAATTCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101173 CACAAGGCTGTTTTGGCTGCTTGTAGTAAGTTCTTCTACAAATTCTTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGTTTACCCAAGAACCATTGGTGGAGATAGAAG         GTGTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101223 GGAGTTTACCCAAGAACCATTGGTGGAGATAGAAGGTA...CAGGTGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTAAAATGGCCTTTCGCCATTTAATTGAGTTCACATATACAGCAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117118 GTAAAATGGCCTTTCGCCATTTAATTGAGTTCACATATACAGCAAAATTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGATACAAGGAGAAGAAGAAGCCAATGATGTATGGAAAGCAGCAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117168 ATGATACAAGGAGAAGAAGAAGCCAATGATGTATGGAAAGCAGCAGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTACAAATGCTAGAAGCTATCAAAGCCCTTGAAGTCAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>> |
 117218 TCTACAAATGCTAGAAGCTATCAAAGCCCTTGAAGTCAGGTA...CAGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAAAGAAAACTCAGCTCCCTTAGAGGAAAATACCACAGGAAAAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139198 ACAAAGAAAACTCAGCTCCCTTAGAGGAAAATACCACAGGAAAAAATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAAAAAAAGGAAGATTGCAGAAACTTCAAATGTTATCACTGAGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139248 GCCAAAAAAAGGAAGATTGCAGAAACTTCAAATGTTATCACTGAGTCATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCATCTGCAGAATCAGAACCTGTTGAAATTGAGGTAGAGATTGCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139298 GCCATCTGCAGAATCAGAACCTGTTGAAATTGAGGTAGAGATTGCCGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCACCATTGAAGTGGAAGATGAAGGCATCGAAACATTAGAGGAAGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139348 GCACCATTGAAGTGGAAGATGAAGGCATCGAAACATTAGAGGAAGTGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGCCAAGCAGTCCGTAAAGTACATACAGAGCACAGGTTCCTCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139398 TCTGCCAAGCAGTCCGTAAAGTACATACAGAGCACAGGTTCCTCTGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCTGCTCTAGCACTGTTGGCAGATATTACCAGCAAGTACCGTCAAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139448 TTCTGCTCTAGCACTGTTGGCAGATATTACCAGCAAGTACCGTCAAGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACAGAAAAGGGCAGATTAAAGAAGATGGCTGTCCATCTGACCCCACGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139498 ACAGAAAAGGGCAGATTAAAGAAGATGGCTGTCCATCTGACCCCACGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAACAGGTAGAAGGTATTGAAATTGTGGAACTTCAGCTGTCACATGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139548 AAACAGGTAGAAGGTATTGAAATTGTGGAACTTCAGCTGTCACATGTGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GGACTTGTTCCATTGTGAGAAATGTAACCGTTCATTTAAATTGTTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139598 GGACTTGTTCCATTGTGAGAAATGTAACCGTTCATTTAAATTGTTTTACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 ATTTTAAGGAGCACATGAAATCACACTCCACTGAGAGTTTCAAGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139648 ATTTTAAGGAGCACATGAAATCACACTCCACTGAGAGTTTCAAGTGTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 ATATGCAATAAACGATATCTTCGAGAGAGCGCATGGAAACAGCACCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139698 ATATGCAATAAACGATATCTTCGAGAGAGCGCATGGAAACAGCACCTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TTGTTACCACCTTGAAGAAGGTGGAGTCAGTAAGAAGCAAAGAACTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139748 TTGTTACCACCTTGAAGAAGGTGGAGTCAGTAAGAAGCAAAGAACTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AAAAAATTCATGTATGTCAGTACTGTGAGAAACAGTTTGACCATTTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139798 AAAAAATTCATGTATGTCAGTACTGTGAGAAACAGTTTGACCATTTTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CATTTTAAAGAACATCTTCGAAAACATACAG         GTGAAAAACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 139848 CATTTTAAAGAACATCTTCGAAAACATACAGGTA...TAGGTGAAAAACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TTTTGAATGTCCAAATTGTCATGAACGATTTGCTAGAAATAGCACTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151275 TTTTGAATGTCCAAATTGTCATGAACGATTTGCTAGAAATAGCACTCTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AATGTCACCTCACTGCATGCCAAACTGGAGTAGGGGCAAAAAAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151325 AATGTCACCTCACTGCATGCCAAACTGGAGTAGGGGCAAAAAAAGGAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 AAGAAGCTCTACGAATGCCAG         GTCTGCAACAGTGTGTTTAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 151375 AAGAAGCTCTACGAATGCCAGGTA...CAGGTCTGCAACAGTGTGTTTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CAGCTGGGACCAGTTCAAAGATCACTTGGTAATACACACTGGAGATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152414 CAGCTGGGACCAGTTCAAAGATCACTTGGTAATACACACTGGAGATAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 CCAACCATTGTACTTTATGTGATTTGTGGTTTATGCAAGGAAATGAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152464 CCAACCATTGTACTTTATGTGATTTGTGGTTTATGCAAGGAAATGAATTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 AGGAGGCATCTCAGTGATGCTCACAATATTTCAGAGCGTCTAGTAACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152514 AGGAGGCATCTCAGTGATGCTCACAATATTTCAGAGCGTCTAGTAACGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 AGAAGTTCTTTCAGTAGAAACACGTGTGCAAACTGAACCTGTAACATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152564 AGAAGTTCTTTCAGTAGAAACACGTGTGCAAACTGAACCTGTAACATCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGACTATTATAGAACAAGTTGGGAAGGTGCATGTGCTACCATTGCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152614 TGACTATTATAGAACAAGTTGGGAAGGTGCATGTGCTACCATTGCTTCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 GTTCAGGTGGATTCAGCACAAGTGACTGTGGAACAAGTCCATCCAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152664 GTTCAGGTGGATTCAGCACAAGTGACTGTGGAACAAGTCCATCCAGATCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 GCTCCAGGACAGCCAGGTGCACGATTCACACATGAGTGAGCTTCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152714 GCTCCAGGACAGCCAGGTGCACGATTCACACATGAGTGAGCTTCCAGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 AGGTCCAAGTGAGTTATCTAGAAGTGGGCCGAATTCAGACTGAAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152764 AGGTCCAAGTGAGTTATCTAGAAGTGGGCCGAATTCAGACTGAAGAAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 ACTGAAGTACATGTAGAGGAGCTGCATGTTGAACGGGTCAATCAAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152814 ACTGAAGTACATGTAGAGGAGCTGCATGTTGAACGGGTCAATCAAATGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 AGTGGAAGTACAAACTGAACTTCTAGAAGCAGATTTGGACCACGTGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152864 AGTGGAAGTACAAACTGAACTTCTAGAAGCAGATTTGGACCACGTGACCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 CAGAAATCATGAACCAAGAGGAGAGAGAGTCTAGCCAAGCAGATGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152914 CAGAAATCATGAACCAAGAGGAGAGAGAGTCTAGCCAAGCAGATGCTGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GAGGCTGCCAGGGAAGATCACGAAGATGCTGAGGATTTAGAGACCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152964 GAGGCTGCCAGGGAAGATCACGAAGATGCTGAGGATTTAGAGACCAAGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AACAGTGGATTCTGAAGCAGAAAAGGCAGAGAATGAGGACAGAACAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153014 AACAGTGGATTCTGAAGCAGAAAAGGCAGAGAATGAGGACAGAACAGCTC

   1900     .    :
   1856 TGCCAGTTTTAGAA
        ||||||||||||||
 153064 TGCCAGTTTTAGAA