seq1 = pF1KB7846.tfa, 1860 bp
seq2 = pF1KB7846/gi568815597r_53406622.tfa (gi568815597r:53406622_53694902), 288281 bp

>pF1KB7846 1860
>gi568815597r:53406622_53694902 (Chr1)

(complement)

1-795  (100001-100795)   100% ->
796-957  (164951-165112)   100% ->
958-1068  (170016-170126)   100% ->
1069-1201  (174137-174269)   100% ->
1202-1358  (180122-180278)   100% ->
1359-1537  (184876-185054)   100% ->
1538-1705  (185616-185783)   100% ->
1706-1860  (188127-188281)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAGGCCCGCACATCCCTGTCTGCCCACTGTCGGGGCCCGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGAGGCCCGCACATCCCTGTCTGCCCACTGTCGGGGCCCGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACTGGCCTGCACCCAGACCTGGACCTCCCGGGCCGAAGCCTCGCCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACTGGCCTGCACCCAGACCTGGACCTCCCGGGCCGAAGCCTCGCCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCGCCTTCCTGCTACCTTCTGGGCAGCGAACCCAGCTCTGGCCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCGCCTTCCTGCTACCTTCTGGGCAGCGAACCCAGCTCTGGCCTGGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTCCAGCCCGAGACCCACCTCCCCGAGGGCAGCCTGAAGCGGTGCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTCCAGCCCGAGACCCACCTCCCCGAGGGCAGCCTGAAGCGGTGCTGCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGGGCCTACCCCCCACCTCCCCAGCCTCCTCCTCACCCTGTGCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CTTGGGCCTACCCCCCACCTCCCCAGCCTCCTCCTCACCCTGTGCCTCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCGACGTCACCTCCATCATCCGCTCCTCCCAGACGTCTCTGGTCACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCGACGTCACCTCCATCATCCGCTCCTCCCAGACGTCTCTGGTCACCTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAAATGGACTCCGGAGCCCCCCTCTGACGGGAGATCTGGGGGGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAAATGGACTCCGGAGCCCCCCTCTGACGGGAGATCTGGGGGGCCCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGCGGGCCCGGCCTGGCCCTGCATCGACGGACAGCCATGAGGGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGCGGGCCCGGCCTGGCCCTGCATCGACGGACAGCCATGAGGGCAGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGCAACTTGAAGCCTGCCGGAAGGCGAGCTTCCTGAAGCAGGAACCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGCAACTTGAAGCCTGCCGGAAGGCGAGCTTCCTGAAGCAGGAACCCGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GATGAGTTTTCAGAGCTCTTTGGGCCTCACCAGCAGGGCCTGCCGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GATGAGTTTTCAGAGCTCTTTGGGCCTCACCAGCAGGGCCTGCCGCCCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTATCCCCTGTCTCAGTTGCCGCCTGGCCCAAGCCTTGGAGGCCTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTATCCCCTGTCTCAGTTGCCGCCTGGCCCAAGCCTTGGAGGCCTGGGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TGGGCCTGGCAGGCAGGGTGGTGGCCGGGCGGCAGGCGTGCCGCTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TGGGCCTGGCAGGCAGGGTGGTGGCCGGGCGGCAGGCGTGCCGCTGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GACTGCTGTGCAGCCTATGAGCAGCAGGAGGAGCTGGTGCGGCACATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GACTGCTGTGCAGCCTATGAGCAGCAGGAGGAGCTGGTGCGGCACATCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GAAGAGCCACATCGACCAGCGCAAGGGCGAGGACTTCACCTGCTTCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GAAGAGCCACATCGACCAGCGCAAGGGCGAGGACTTCACCTGCTTCTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTGGCTGCGTGCGCCGCTACAAGCCCTTCAACGCCCGCTACAAGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTGGCTGCGTGCGCCGCTACAAGCCCTTCAACGCCCGCTACAAGCTGCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ATCCACATGCGAGTGCACTCGGGCGAGAAGCCCAACAAGTGCATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100751 ATCCACATGCGAGTGCACTCGGGCGAGAAGCCCAACAAGTGCATGGTG..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796     TTTGAAGGCTGCAGCAAGGCCTTCTCACGGCTGGAGAACCTCAAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 .CAGTTTGAAGGCTGCAGCAAGGCCTTCTCACGGCTGGAGAACCTCAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCCACCTGAGGAGCCACACGGGCGAGAAGCCGTACCTGTGCCAGCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164997 TCCACCTGAGGAGCCACACGGGCGAGAAGCCGTACCTGTGCCAGCACCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GGTTGCCAGAAGGCCTTCAGCAACTCCAGCGACCGCGCCAAGCACCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165047 GGTTGCCAGAAGGCCTTCAGCAACTCCAGCGACCGCGCCAAGCACCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CACCCACCTAGACACG         AAGCCGTACGCCTGTCAGATCCCTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 165097 CACCCACCTAGACACGGTA...CAGAAGCCGTACGCCTGTCAGATCCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GCTGCTCCAAGCGCTACACAGACCCCAGCTCCCTCCGCAAGCACGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170041 GCTGCTCCAAGCGCTACACAGACCCCAGCTCCCTCCGCAAGCACGTCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCCCATTCAGCCAAAGAGCAGCAGGTGCGTAAGAAG         CTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 170091 GCCCATTCAGCCAAAGAGCAGCAGGTGCGTAAGAAGGTA...CAGCTGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGCGGGCCCTGACACCGAGGCCGACGTCCTGACCGAGTGTCTGGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174142 TGCGGGCCCTGACACCGAGGCCGACGTCCTGACCGAGTGTCTGGTCCTGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGCAGCTCCACACGTCCACACAGCTGGCTGCCAGCGACGGCAAGGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174192 AGCAGCTCCACACGTCCACACAGCTGGCTGCCAGCGACGGCAAGGGTGGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 TGTGGCCTGGGCCAGGAGCTGCTCCCAG         GTGTGTATCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 174242 TGTGGCCTGGGCCAGGAGCTGCTCCCAGGTA...CAGGTGTGTATCCTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CTCCATCACCCCCCATAACGGACTTGCATCGGGCCTCCTGCCCCCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180135 CTCCATCACCCCCCATAACGGACTTGCATCGGGCCTCCTGCCCCCAGCGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 ACGACGTACCTTCCAGGCACCACCCGCTGGATGCCACCACCAGTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180185 ACGACGTACCTTCCAGGCACCACCCGCTGGATGCCACCACCAGTTCCCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CACCATCTGTCCCCTCTGCCCATGGCTGAGAGCACCCGGGATGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 180235 CACCATCTGTCCCCTCTGCCCATGGCTGAGAGCACCCGGGATGGGTA...

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1359    GTTGGGGCCCGGCCTCCTCTCACCAATAGTCAGCCCCCTGAAGGGGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184873 CAGGTTGGGGCCCGGCCTCCTCTCACCAATAGTCAGCCCCCTGAAGGGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TGGGGCCACCGCCGCTGCCCCCATCCTCTCAGAGCCATTCTCCGGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184923 TGGGGCCACCGCCGCTGCCCCCATCCTCTCAGAGCCATTCTCCGGGGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 CAGCCCTTCCCCACACTCCCCAGCAAGCCGTCCTACCCACCCTTCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184973 CAGCCCTTCCCCACACTCCCCAGCAAGCCGTCCTACCCACCCTTCCAGAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CCCTCCACCCCCGCCTCTGCCCAGCCCACAAG         GTTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 185023 CCCTCCACCCCCGCCTCTGCCCAGCCCACAAGGTA...CAGGTTACCAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 GCAGTTTCCACTCCATCCAGAGTTGCTTCCCCTATGGCGACTGCTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185625 GCAGTTTCCACTCCATCCAGAGTTGCTTCCCCTATGGCGACTGCTACCGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 ATGGCTGAACCAGCAGCCGGTGGGGACGGACTGGTCGGGGAGACCCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185675 ATGGCTGAACCAGCAGCCGGTGGGGACGGACTGGTCGGGGAGACCCACGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 TTTCAACCCCCTGCGGCCCAATGGCTACCACAGCCTCAGCACGCCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185725 TTTCAACCCCCTGCGGCCCAATGGCTACCACAGCCTCAGCACGCCCTTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 CTGCCACAG         GCTATGAGGCCCTGGCTGAGGCCTCATGCCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 185775 CTGCCACAGGTG...CAGGCTATGAGGCCCTGGCTGAGGCCTCATGCCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 ACAGCGCTGCCACAGCAGCCATCTGAAGATGTGGTGTCCAGCGGCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188159 ACAGCGCTGCCACAGCAGCCATCTGAAGATGTGGTGTCCAGCGGCCCCGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GGACTGTGGCTTCTTCCCCAATGGAGCCTTTGACCACTGCCTGGGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 188209 GGACTGTGGCTTCTTCCCCAATGGAGCCTTTGACCACTGCCTGGGCCACA

   1900     .    :    .    :
   1838 TCCCCTCCATCTACACAGACACC
        |||||||||||||||||||||||
 188259 TCCCCTCCATCTACACAGACACC