seq1 = pF1KB7844.tfa, 1761 bp
seq2 = pF1KB7844/gi568815596f_60791682.tfa (gi568815596f:60791682_61022532), 230851 bp

>pF1KB7844 1761
>gi568815596f:60791682_61022532 (Chr2)

7-153  (99998-100144)   99% ->
154-302  (102716-102864)   100% ->
303-394  (109311-109402)   100% ->
395-535  (125196-125336)   100% ->
536-640  (126510-126614)   100% ->
641-853  (126713-126925)   100% ->
854-922  (128360-128428)   100% ->
923-991  (128893-128961)   100% ->
992-1761  (130082-130851)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 TCCGGTGCGTATAACCCGTATATAGAGATAATTGAACAACCCAGGCAGAG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TCAGGTGCGTATAACCCGTATATAGAGATAATTGAACAACCCAGGCAGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GGGAATGCGTTTTAGATACAAATGTGAAGGGCGATCAGCAGGCAGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GGGAATGCGTTTTAGATACAAATGTGAAGGGCGATCAGCAGGCAGCATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 CAGGGGAGCACAGCACAGACAACAACCGAACATACCCTTCTATCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100098 CAGGGGAGCACAGCACAGACAACAACCGAACATACCCTTCTATCCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    154       ATTATGAACTATTATGGAAAAGGAAAAGTGAGAATTACATTAGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100148 ...CAGATTATGAACTATTATGGAAAAGGAAAAGTGAGAATTACATTAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    198 AACAAAGAATGACCCATATAAACCTCATCCTCATGATTTAGTTGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102760 AACAAAGAATGACCCATATAAACCTCATCCTCATGATTTAGTTGGAAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    248 ACTGCAGAGACGGCTACTATGAAGCAGAATTTGGACAAGAACGCAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102810 ACTGCAGAGACGGCTACTATGAAGCAGAATTTGGACAAGAACGCAGACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    298 TTGTT         TTTCCAAAATTTGGGTATTCGATGTGTGAAGAAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102860 TTGTTGTA...TAGTTTCCAAAATTTGGGTATTCGATGTGTGAAGAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339 AGAAGTAAAAGAAGCTATTATTACAAGAATAAAGGCAGGAATCAATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109347 AGAAGTAAAAGAAGCTATTATTACAAGAATAAAGGCAGGAATCAATCCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    389 TCAATG         TCCCTGAAAAACAGCTGAATGATATTGAAGATTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109397 TCAATGGTA...CAGTCCCTGAAAAACAGCTGAATGATATTGAAGATTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 GACCTCAATGTGGTGAGACTGTGTTTTCAAGTTTTTCTCCCTGATGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125231 GACCTCAATGTGGTGAGACTGTGTTTTCAAGTTTTTCTCCCTGATGAACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 TGGTAATTTGACGACTGCTCTTCCTCCTGTTGTCTCGAACCCAATTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125281 TGGTAATTTGACGACTGCTCTTCCTCCTGTTGTCTCGAACCCAATTTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 ACAACC         GTGCTCCAAATACTGCAGAATTAAGGATTTGTCGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125331 ACAACCGTA...TAGGTGCTCCAAATACTGCAGAATTAAGGATTTGTCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 GTAAACAAGAATTGTGGAAGTGTCAGAGGAGGAGATGAAATATTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126545 GTAAACAAGAATTGTGGAAGTGTCAGAGGAGGAGATGAAATATTTCTACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    621 TTGTGACAAAGTTCAGAAAG         ATGACATAGAAGTTCGTTTTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126595 TTGTGACAAAGTTCAGAAAGGTA...TAGATGACATAGAAGTTCGTTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 TGTTGAACGATTGGGAAGCAAAAGGCATCTTTTCACAAGCTGATGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126734 TGTTGAACGATTGGGAAGCAAAAGGCATCTTTTCACAAGCTGATGTACAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 CGTCAAGTAGCCATTGTTTTCAAAACTCCACCATATTGCAAAGCTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126784 CGTCAAGTAGCCATTGTTTTCAAAACTCCACCATATTGCAAAGCTATCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 AGAACCCGTAACAGTAAAAATGCAGTTGCGGAGACCTTCTGACCAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126834 AGAACCCGTAACAGTAAAAATGCAGTTGCGGAGACCTTCTGACCAGGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 TTAGTGAATCTATGGATTTTAGATATCTGCCAGATGAAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 126884 TTAGTGAATCTATGGATTTTAGATATCTGCCAGATGAAAAAGGTA...CA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    854  ATACTTACGGCAATAAAGCAAAGAAACAAAAGACAACTCTGCTTTTCCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128359 GATACTTACGGCAATAAAGCAAAGAAACAAAAGACAACTCTGCTTTTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 GAAACTGTGCCAGGATCACG         TTAATTTTCCTGAGAGACCAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128409 GAAACTGTGCCAGGATCACGGTA...CAGTTAATTTTCCTGAGAGACCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944 GACCTGGTCTCCTCGGTTCAATTGGAGAAGGAAGATACTTCAAAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 128914 GACCTGGTCTCCTCGGTTCAATTGGAGAAGGAAGATACTTCAAAAAAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992        AACCAAACTTGTTTTCTCATGATGCAGTTGTGAGAGAAATGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128964 A...CAGAACCAAACTTGTTTTCTCATGATGCAGTTGTGAGAGAAATGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035 TACAGGGGTTTCAAGTCAAGCAGAATCCTACTATCCCTCACCTGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130125 TACAGGGGTTTCAAGTCAAGCAGAATCCTACTATCCCTCACCTGGGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085 TCTCAAGTGGATTGTCACATCATGCCTCAATGGCACCTCTGCCTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130175 TCTCAAGTGGATTGTCACATCATGCCTCAATGGCACCTCTGCCTTCTTCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135 AGCTGGTCATCAGTGGCCCACCCCACCCCACGCTCAGGCAATACAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130225 AGCTGGTCATCAGTGGCCCACCCCACCCCACGCTCAGGCAATACAAACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1185 ACTGAGTAGTTTTTCAACAAGGACACTTCCTTCTAATTCGCAAGGTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130275 ACTGAGTAGTTTTTCAACAAGGACACTTCCTTCTAATTCGCAAGGTATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1235 CACCATTCCTGAGAATACCTGTTGGGAATGATTTAAATGCTTCTAATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130325 CACCATTCCTGAGAATACCTGTTGGGAATGATTTAAATGCTTCTAATGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1285 TGCATTTACAACAATGCCGATGACATAGTCGGAATGGAAGCGTCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130375 TGCATTTACAACAATGCCGATGACATAGTCGGAATGGAAGCGTCATCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335 GCCATCAGCAGATTTATATGGTATTTCTGATCCCAACATGCTGTCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130425 GCCATCAGCAGATTTATATGGTATTTCTGATCCCAACATGCTGTCTAATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1385 GTTCTGTGAATATGATGACAACCAGCAGTGACAGCATGGGAGAGACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130475 GTTCTGTGAATATGATGACAACCAGCAGTGACAGCATGGGAGAGACTGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1435 AATCCAAGACTTCTGAGCATGAATCTTGAAAACCCCTCATGTAATTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130525 AATCCAAGACTTCTGAGCATGAATCTTGAAAACCCCTCATGTAATTCAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1485 GTTAGACCCAAGAGACTTGAGACAGCTCCATCAGATGTCCTCTTCCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130575 GTTAGACCCAAGAGACTTGAGACAGCTCCATCAGATGTCCTCTTCCAGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1535 TGTCAGCAGGCGCCAATTCCAATACTACTGTTTTTGTTTCACAATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130625 TGTCAGCAGGCGCCAATTCCAATACTACTGTTTTTGTTTCACAATCAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1585 GCATTTGAGGGATCTGACTTCAGTTGTGCAGATAACAGCATGATAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130675 GCATTTGAGGGATCTGACTTCAGTTGTGCAGATAACAGCATGATAAATGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1635 GTCGGGACCATCAAACAGTACTAATCCAAACAGTCATGGTTTTGTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130725 GTCGGGACCATCAAACAGTACTAATCCAAACAGTCATGGTTTTGTTCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1685 ATAGTCAGTATTCAGGTATTGGCAGTATGCAAAATGAGCAATTGAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130775 ATAGTCAGTATTCAGGTATTGGCAGTATGCAAAATGAGCAATTGAGTGAC

   1800     .    :    .    :    .
   1735 TCCTTTCCATATGAATTTTTTCAAGTA
        |||||||||||||||||||||||||||
 130825 TCCTTTCCATATGAATTTTTTCAAGTA