seq1 = pF1KB7841.tfa, 1512 bp
seq2 = pF1KB7841/gi568815595r_33292563.tfa (gi568815595r:33292563_33539848), 247286 bp

>pF1KB7841 1512
>gi568815595r:33292563_33539848 (Chr3)

(complement)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-265  (114108-114259)   100% ->
266-342  (123015-123091)   100% ->
343-448  (127022-127127)   100% ->
449-555  (128162-128268)   100% ->
556-708  (130248-130400)   100% ->
709-819  (130503-130613)   100% ->
820-923  (136945-137048)   100% ->
924-978  (138833-138887)   100% ->
979-1072  (139567-139660)   100% ->
1073-1163  (142714-142804)   100% ->
1164-1282  (143569-143687)   100% ->
1283-1425  (146395-146537)   100% ->
1426-1477  (147235-147286)   100% ->
1478-1512  (149481-149515)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGGGTGCTCAAGATGGACGAGGTGATCGAGTCCGGGCTGGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGGGTGCTCAAGATGGACGAGGTGATCGAGTCCGGGCTGGTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGACTTCGACGCCAGCCTCTCGGGCATCGGGCAGGAACTGGGCGCCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGACTTCGACGCCAGCCTCTCGGGCATCGGGCAGGAACTGGGCGCCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTACAGCATGAG         TGATGTCTTGGCATTGCCCATTTTCAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTACAGCATGAGGTA...CAGTGATGTCTTGGCATTGCCCATTTTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAAGATTCCAGCCTTCCATTGGATGGTGAAACAGAGCACCCACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114136 CAGGAAGATTCCAGCCTTCCATTGGATGGTGAAACAGAGCACCCACCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCAGTATGTGATGTGTGCTGCAACGTCACCAGCAGTAAAACTGCATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114186 TCAGTATGTGATGTGTGCTGCAACGTCACCAGCAGTAAAACTGCATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAACGCTTACTTATTTGAACCAAG         GTCAGTCATATGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 114236 AAACGCTTACTTATTTGAACCAAGGTT...TAGGTCAGTCATATGAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CGGATGCTGGATAATCGGAAAATGGGTGATATGCCTGAGATCAATGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123032 CGGATGCTGGATAATCGGAAAATGGGTGATATGCCTGAGATCAATGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTAGTAAAG         AGCATCATAAGGGTTGTATTCCATGACAGAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 123082 ATTAGTAAAGGTA...CAGAGCATCATAAGGGTTGTATTCCATGACAGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGCTACAATACACAGAGCATCAGCAACTTGAAGGATGGAAGTGGAATCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127053 GGCTACAATACACAGAGCATCAGCAACTTGAAGGATGGAAGTGGAATCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGGAGACAGACTTCTTGATTTAG         ATATTCCAATGTCTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 127103 CCAGGAGACAGACTTCTTGATTTAGGTA...TAGATATTCCAATGTCTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGGAATAATTGACACAAGGACGAATCCAAGCCAGTTAAATGCGGTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128178 GGGAATAATTGACACAAGGACGAATCCAAGCCAGTTAAATGCGGTTGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTCTGTGGGACCCAGCAAAACGCACCTCTGCTTTCATTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 128228 TTCTGTGGGACCCAGCAAAACGCACCTCTGCTTTCATTCAGGTT...TAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTACACTGCATCAGCACAGAATTTACTCCACGGAAGCACGGAGGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130248 GTACACTGCATCAGCACAGAATTTACTCCACGGAAGCACGGAGGTGAAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGAGTGCCCTTTAGGATCCAGGTTGACACCTTTAAGCAGAATGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130298 GGGAGTGCCCTTTAGGATCCAGGTTGACACCTTTAAGCAGAATGAAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGAATACACAGATCATCTACACTCAGCTAGCTGCCAAATCAAAGTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130348 GAGAATACACAGATCATCTACACTCAGCTAGCTGCCAAATCAAAGTTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAG         CCTAAAGGTGCAGACAGGAAACAAAAAACTGACCGAGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130398 AAGGTA...AAGCCTAAAGGTGCAGACAGGAAACAAAAAACTGACCGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAAGATGGAGAAGAGAACAGCTCATGAAAAAGAAAAGTATCAGCCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130541 GAAGATGGAGAAGAGAACAGCTCATGAAAAAGAAAAGTATCAGCCGTCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGATACCACAATCCTCACAGAG         TGTTCTCCGTGGCCCGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 130591 ATGATACCACAATCCTCACAGAGGTA...TAGTGTTCTCCGTGGCCCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCCCCACAGCCTATGTGAATAACAGCCCTTCCCCAGCGCCCACTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136963 GCCCCCACAGCCTATGTGAATAACAGCCCTTCCCCAGCGCCCACTTTCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCCCCACAGCAGAGCACTTGCAGTGTCCCAGACAG         CAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 137013 CTCCCCACAGCAGAGCACTTGCAGTGTCCCAGACAGGTA...CAGCAATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTTCTTCCCCAAATCATCAGGGAGATGGAGCTTCACAGACCTCTGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138838 CTTCTTCCCCAAATCATCAGGGAGATGGAGCTTCACAGACCTCTGGTGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          CAAATTCAGCCTTCAGCTACGATCCAGGAAACACAGCAATG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138888 GTA...TAGCAAATTCAGCCTTCAGCTACGATCCAGGAAACACAGCAATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGCTCAAAAACAGATTCTCTTCCTACACAAGACTGTTCTCTAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139608 GCTGCTCAAAAACAGATTCTCTTCCTACACAAGACTGTTCTCTAATTTTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAG         GTGCCGACTTATTAAAACTGACAAAGGAGGATTTAGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139658 CAGGTA...TAGGTGCCGACTTATTAAAACTGACAAAGGAGGATTTAGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAAATTTGTGGTGCAGCCGATGGAATTCGGCTCTATAATTCACTGAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142752 CAAATTTGTGGTGCAGCCGATGGAATTCGGCTCTATAATTCACTGAAGTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 AAG         GTCGGTTAGACCCCGTTTAACCATCTATGTCTGCCGGG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142802 AAGGTA...CAGGTCGGTTAGACCCCGTTTAACCATCTATGTCTGCCGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGCAGCCAAGCAGCACAGTGCTGCAAGGGCAGCAGCAAGCTGCAAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143607 AGCAGCCAAGCAGCACAGTGCTGCAAGGGCAGCAGCAAGCTGCAAGCAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GCAAGCGAGAATGGCAGTGGGGCACCCTATG         TTTATCATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 143657 GCAAGCGAGAATGGCAGTGGGGCACCCTATGGTA...CAGTTTATCATGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AATCTACTTGGAAGAAATGATTGCCTCAGAAGTTGCTCGAAAACTTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146405 AATCTACTTGGAAGAAATGATTGCCTCAGAAGTTGCTCGAAAACTTGCGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TGGTGTTTAATATCCCTCTCCACCAAATTAATCAGGTTTACAGACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146455 TGGTGTTTAATATCCCTCTCCACCAAATTAATCAGGTTTACAGACAGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CCCACCGGTATTCACATTCTTGTTAGTGATCAG         ATGGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 146505 CCCACCGGTATTCACATTCTTGTTAGTGATCAGGTA...CAGATGGTTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GAATTTTCAAGATGAGAGTTGTTTTTTATTCTCCACAGTAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 147243 GAATTTTCAAGATGAGAGTTGTTTTTTATTCTCCACAGTAAAAGGTA...

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1478    CTGAAAGTAGTGATGGCATCCACATAATTTTGAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149478 CAGCTGAAAGTAGTGATGGCATCCACATAATTTTGAAG