seq1 = pF1KB7837.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KB7837/gi568815579f_12085784.tfa (gi568815579f:12085784_12287998), 202215 bp

>pF1KB7837 1620
>gi568815579f:12085784_12287998 (Chr19)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-191  (100331-100391)   100% ->
192-1620  (100787-102215)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCGGTGGCTTTTGAGGATGTAGATGTGAACTTCACCCAGGAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGACTCGGTGGCTTTTGAGGATGTAGATGTGAACTTCACCCAGGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGCTTTGCTAGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGAGATGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGGCTTTGCTAGATCCTTCCCAGAAGAATCTCTACAGAGATGTGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAAACCATGAGGAATCTGGCCTCTATAG         GGAAAAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 GGGAAACCATGAGGAATCTGGCCTCTATAGGTA...TAGGGAAAAAATGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGACCAGAACATTAAAGATCACTACAAACACCGAGGGAGAAATCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100342 AAGGACCAGAACATTAAAGATCACTACAAACACCGAGGGAGAAATCTAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          AAGTCATATGTTAGAAAGACTCTATCAAACTAAGGATGGTA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100392 GTA...CAGAAGTCATATGTTAGAAAGACTCTATCAAACTAAGGATGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCAGCGTGGAGGAATTTTTAGCCAGTTTGCAAATCAGAATCTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100828 GTCAGCGTGGAGGAATTTTTAGCCAGTTTGCAAATCAGAATCTGAGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAAATCCCTGGAGTGAAACTCTGTGAAAGCATTGTATATGGAGAAGTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100878 AAAATCCCTGGAGTGAAACTCTGTGAAAGCATTGTATATGGAGAAGTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGGGTCAGTCATCCCTTAATAGACACATCAAAGATCACAGTGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100928 CATGGGTCAGTCATCCCTTAATAGACACATCAAAGATCACAGTGGACATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AACCAAAGGAATATCAGGAATATGGAGAGAAGCCAGATACACGTAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100978 AACCAAAGGAATATCAGGAATATGGAGAGAAGCCAGATACACGTAACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TGTTGGAAACCCTTCAGTTCTCACCACTCCTTTCGAACACATGAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101028 TGTTGGAAACCCTTCAGTTCTCACCACTCCTTTCGAACACATGAGATAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCACACTGGAGAGAAACTCTATGATTGTAAGGAATGTGGAAAAACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101078 TCACACTGGAGAGAAACTCTATGATTGTAAGGAATGTGGAAAAACCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TTTCTCTCAAAAGAATTAGAAGACACATCATCACACACAGTGGATATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 TTTCTCTCAAAAGAATTAGAAGACACATCATCACACACAGTGGATATACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCATATAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCTTTTGATTATCCCAGTAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 CCATATAAATGTAAGGTGTGTGGGAAAGCTTTTGATTATCCCAGTAGATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCGAACACATGAAAGAAGTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 TCGAACACATGAAAGAAGTCACACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AATGTGGAAAAGCCTTCACTTGTATCACAAGTGTTCGAAGACACATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 AATGTGGAAAAGCCTTCACTTGTATCACAAGTGTTCGAAGACACATGATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGCACACTGGAGATGGACCTTATAAATGTAAGGTATGTGGGAAACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 AAGCACACTGGAGATGGACCTTATAAATGTAAGGTATGTGGGAAACCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TCATTCTCTGAGTTCATTTCAAGTGCATGAAAGAATTCACACTGGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 TCATTCTCTGAGTTCATTTCAAGTGCATGAAAGAATTCACACTGGAGAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AACCCTTTAAATGTAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCAGTTGTTCCCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101428 AACCCTTTAAATGTAAGCAATGTGGTAAAGCCTTCAGTTGTTCCCCAACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTACGAATACATGAAAGAACCCATACTGGAGAGAAACCTTATGAATGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101478 TTACGAATACATGAAAGAACCCATACTGGAGAGAAACCTTATGAATGCAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCAGTGTGGGAAGGCCTTCAGTTATCTCCCCTCCCTTCGACTACATGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101528 GCAGTGTGGGAAGGCCTTCAGTTATCTCCCCTCCCTTCGACTACATGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GAATTCACACTGGTGAGAAACCCTTCGTATGTAAACAATGTGGTAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101578 GAATTCACACTGGTGAGAAACCCTTCGTATGTAAACAATGTGGTAAAGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TTTAGATCTGCCAGTACCTTTCAAATACATGAAAGGACTCACACTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101628 TTTAGATCTGCCAGTACCTTTCAAATACATGAAAGGACTCACACTGGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTGGGGAAGCATTCAGTTGTATCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101678 AAAACCTTATGAATGTAAGGAATGTGGGGAAGCATTCAGTTGTATCCCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTATGCGAAGACACATGATAAAACATACTGGAGAAGGACCTTATAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101728 GTATGCGAAGACACATGATAAAACATACTGGAGAAGGACCTTATAAATGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AAGGTATGTGGGAAACCCTTTCATTCTCTGAGTCCATTTCGAATACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101778 AAGGTATGTGGGAAACCCTTTCATTCTCTGAGTCCATTTCGAATACATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AAGAACTCACACTGGAGAGAAACCTTATGTATGTAAACATTGTGGTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101828 AAGAACTCACACTGGAGAGAAACCTTATGTATGTAAACATTGTGGTAAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CTTTCGTTTCTTCAACATCAATTCGAATACATGAAAGAACTCATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101878 CTTTCGTTTCTTCAACATCAATTCGAATACATGAAAGAACTCATACTGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTATCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101928 GAGAAACCCTATGAGTGTAAGCAATGTGGGAAAGCCTTCAGTTATCTCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CTCCTTTCGAACACATGAAATGATTCACACTGGTGAGAAACCCTTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101978 CTCCTTTCGAACACATGAAATGATTCACACTGGTGAGAAACCCTTTGAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 GTAAGCGATGTGGTAAAGCCTTTAGATCTTCTAGTTCCTTTCGACTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102028 GTAAGCGATGTGGTAAAGCCTTTAGATCTTCTAGTTCCTTTCGACTACAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GAAAGGACTCACACTGGACAGAAACCCTATCATTGCAAGGAATGTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102078 GAAAGGACTCACACTGGACAGAAACCCTATCATTGCAAGGAATGTGGGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 AGCCTATTCTTGCCGTGCCAGCTTTCAGAGACACATGTTAACACATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 AGCCTATTCTTGCCGTGCCAGCTTTCAGAGACACATGTTAACACATGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .
   1583 AAGATGGACCACCTTATAAATGCATGTGGGAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102178 AAGATGGACCACCTTATAAATGCATGTGGGAAAGCCTT