seq1 = pF1KB7836.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KB7836/gi568815593f_178766241.tfa (gi568815593f:178766241_178984288), 218048 bp

>pF1KB7836 1836
>gi568815593f:178766241_178984288 (Chr5)

1-33  (94808-94840)   100% ->
34-160  (100004-100130)   100% ->
161-256  (100736-100831)   98% ->
257-1836  (116469-118048)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTGGGCAGCGGGAAGCGAGGCCCCAG         GTGTCACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  94808 ATGGCTGCTGGGCAGCGGGAAGCGAGGCCCCAGGTG...CAGGTGTCACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GACATTCGAGGACGTGGCTGTGCTCTTTACCTGGGATGAGTGGAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 GACATTCGAGGACGTGGCTGTGCTCTTTACCTGGGATGAGTGGAGAAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCTCCTTCTCAGAGAAACTTGTACCGGGATGTGATGCTGGAGAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 TGGCTCCTTCTCAGAGAAACTTGTACCGGGATGTGATGCTGGAGAACTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAACCTGGTCTCACTGG         GACTCTCATTTACCAAACCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100112 AGGAACCTGGTCTCACTGGGTA...CAGGACTCTCATTTACCAAACCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGTCATCTCCCTGTTGCAGCAAGGAGAAGATCCCTGGGAGGTGGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100758 AGTCATCTCCCTGTTGCAGCAAGGAGAAGATCCCTGGGAGGTGGAGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACAGTTCTGGCGTCTCCTCTCTAG         GATGTAAGAGCACACCT
        |||||||||| |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100808 ACAGTTCTGGTGTCTCCTCTCTAGGTA...CAGGATGTAAGAGCACACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAATGACAAAGTCAACTCAAACTCAGGATTCATTTCAGGAGCAGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116486 AAAATGACAAAGTCAACTCAAACTCAGGATTCATTTCAGGAGCAGATAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAAAGATTGAAAAGGGATGAACCCTGGAACTTCATATCAGAAAGATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116536 GAAAAGATTGAAAAGGGATGAACCCTGGAACTTCATATCAGAAAGATCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCATATATGAAGAGAAATTAAAGAAACAGCAGGACAAAAATGAAAATTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116586 GCATATATGAAGAGAAATTAAAGAAACAGCAGGACAAAAATGAAAATTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAAATAATTTCAGTTGCCCATACAAAAATCCTTACTGTAGATAGAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116636 CAAATAATTTCAGTTGCCCATACAAAAATCCTTACTGTAGATAGAAGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAAAAATGTTGAATTTGGCCAAAACTTCTACCTGAAATCAGTCTTCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116686 TAAAAATGTTGAATTTGGCCAAAACTTCTACCTGAAATCAGTCTTCATTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCAACAGAGATTTGCTAAAGAAAAAACTCCATCAAAATGTGAAATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116736 AGCAACAGAGATTTGCTAAAGAAAAAACTCCATCAAAATGTGAAATACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGAAATAGTTTCAAGCAGAATTCAAATTTACTTAACCAATCAAAAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116786 AGAAATAGTTTCAAGCAGAATTCAAATTTACTTAACCAATCAAAAATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACAGCAGAGAAACGCTATAAATGCAGTACATGTGAAAAAGCCTTCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116836 AACAGCAGAGAAACGCTATAAATGCAGTACATGTGAAAAAGCCTTCATTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACAATTCATCCCTTCGTAAACATCAGAAAAACCACACTGGAGAAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116886 ACAATTCATCCCTTCGTAAACATCAGAAAAACCACACTGGAGAAAAATTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TTTAAATGTAAAGAATGTTTAAAAGCTTTCAGCCAAAGTTCTGCTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116936 TTTAAATGTAAAGAATGTTTAAAAGCTTTCAGCCAAAGTTCTGCTCTTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCAACATCAAAGAACTCATACAGGAGAGAAACCCTATATATGTAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116986 TCAACATCAAAGAACTCATACAGGAGAGAAACCCTATATATGTAAAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GTGGGAAAGCCTTCAGCCATAGTGCATCCCTTTGTAAGCATTTAAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117036 GTGGGAAAGCCTTCAGCCATAGTGCATCCCTTTGTAAGCATTTAAGGACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CATACTGTGGAGAAATGCTATAGATGTAAAGAATGTGGTAAATCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117086 CATACTGTGGAGAAATGCTATAGATGTAAAGAATGTGGTAAATCCTTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCGAAGGTCTGGGCTTTTTATACATCAAAAAATCCATGCTCAAGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117136 TCGAAGGTCTGGGCTTTTTATACATCAAAAAATCCATGCTCAAGAAAATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCCATAAATACAATCCAGGTAGGAAGGCATCCAGTTACAGCACTTCCCTT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 117186 CCCATAAATACAATCCAGGCAGGAAGGCATCCAGTTACAGCACTTCCCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TCTGGAAGTCAGAAAATTCATCTCAGAAAGAAGTCCTACTTATGTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117236 TCTGGAAGTCAGAAAATTCATCTCAGAAAGAAGTCCTACTTATGTAATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATGTGGCAACACCTTTAAGTCTAGCTCATCCCTTCGTTATCATCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117286 ATGTGGCAACACCTTTAAGTCTAGCTCATCCCTTCGTTATCATCAGAGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TTCACACTGGAGAGAAGCCTTTTAAATGTAGTGAATGTGGGAGAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117336 TTCACACTGGAGAGAAGCCTTTTAAATGTAGTGAATGTGGGAGAGCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCCAGAGTGCCTCTCTTATTCAACATGAAAGAATTCACACCGGAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117386 AGCCAGAGTGCCTCTCTTATTCAACATGAAAGAATTCACACCGGAGAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCCCTATAGATGCAATGAATGTGGGAAAGGCTTTACTTCTATTTCACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117436 GCCCTATAGATGCAATGAATGTGGGAAAGGCTTTACTTCTATTTCACGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 TTAATAGACACCGAATAATTCATACTGGAGAGAAATTGTATAATTGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117486 TTAATAGACACCGAATAATTCATACTGGAGAGAAATTGTATAATTGTAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GAATGTGGTAAAGCCTTAAGCTCCCACTCAACACTTATTATTCATGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117536 GAATGTGGTAAAGCCTTAAGCTCCCACTCAACACTTATTATTCATGAGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 AATTCATACTGGAGAAAAACCATGTAAATGTAAAGTATGTGGAAAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117586 AATTCATACTGGAGAAAAACCATGTAAATGTAAAGTATGTGGAAAAGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCAGACAGAGTTCCGCTCTCATTCAACATCAGAGAATGCATACTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117636 TCAGACAGAGTTCCGCTCTCATTCAACATCAGAGAATGCATACTGGAGAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGACCCTATAAGTGTAACGAATGTGACAAAACATTCAGGTGTAACTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117686 AGACCCTATAAGTGTAACGAATGTGACAAAACATTCAGGTGTAACTCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GCTTAGTAATCACCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCATATCGATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117736 GCTTAGTAATCACCAGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCATATCGATGTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TAGAATGTGGGATGTCTTTTGGCCAAAGTGCAGCTCTTATACAACATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117786 TAGAATGTGGGATGTCTTTTGGCCAAAGTGCAGCTCTTATACAACATCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 AGGATTCATACAGGAGAAAAACCCTTTAAATGTAATACATGTGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117836 AGGATTCATACAGGAGAAAAACCCTTTAAATGTAATACATGTGGAAAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 TTTTAGACAAAGCTCATCACTTATTGCACATCAAAGAATTCATACTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117886 TTTTAGACAAAGCTCATCACTTATTGCACATCAAAGAATTCATACTGGAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGAAACCCTATGAATGTAATGCATGTGGGAAACTCTTTAGCCAGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117936 AGAAACCCTATGAATGTAATGCATGTGGGAAACTCTTTAGCCAGAGGTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 TCCCTTACTAATCATTATAAAATTCACATTGAAGAGGACTCCTTAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117986 TCCCTTACTAATCATTATAAAATTCACATTGAAGAGGACTCCTTAAAAGC

   1850     .    :
   1824 CGATTTGCATGTG
        |||||||||||||
 118036 CGATTTGCATGTG