seq1 = pF1KB7835.tfa, 1620 bp
seq2 = pF1KB7835/gi568815586f_70178227.tfa (gi568815586f:70178227_70453912), 275686 bp

>pF1KB7835 1620
>gi568815586f:70178227_70453912 (Chr12)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-171  (132669-132791)   100% ->
172-238  (141072-141138)   100% ->
239-386  (151197-151344)   100% ->
387-569  (152061-152243)   100% ->
570-649  (154541-154620)   100% ->
650-775  (157212-157337)   100% ->
776-900  (159163-159287)   100% ->
901-1021  (160217-160337)   100% ->
1022-1178  (160440-160596)   100% ->
1179-1240  (163881-163942)   100% ->
1241-1290  (164032-164081)   100% ->
1291-1391  (165902-166002)   100% ->
1392-1536  (167954-168098)   100% ->
1537-1620  (175603-175686)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAGGACTGATGGACATACATTATCTGAGAAAAGAAACTACCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGTGAGGACTGATGGACATACATTATCTGAGAAAAGAAACTACCAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        GTGACAAACAGCATGTTTGGTGCTTCAAGAAAGAAGTTTGTAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...TAGGTGACAAACAGCATGTTTGGTGCTTCAAGAAAGAAGTTTGTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGGGGTCGACAGTGACTACCATGACGAAAACATGTACTACAGCCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132712 AGGGGGTCGACAGTGACTACCATGACGAAAACATGTACTACAGCCAGTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTATGTTTCCACATCGGTCAGAAAAAGAT         ATGCTGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 132762 TCTATGTTTCCACATCGGTCAGAAAAAGATGTA...TAGATGCTGGCATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACCATCTACATCAGGTCAGCTGTCTCAGTTTGGGGCAAGTTTATACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141083 ACCATCTACATCAGGTCAGCTGTCTCAGTTTGGGGCAAGTTTATACGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACAAA         GTGCACTAGGCCTTCCAATGAGGGGGATGAGCAAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141133 AACAAAGTA...TAGGTGCACTAGGCCTTCCAATGAGGGGGATGAGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AATACCCCTCAGTTAAATCGCAGCTTATCACAAGGCACTCAGTTACCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151232 AATACCCCTCAGTTAAATCGCAGCTTATCACAAGGCACTCAGTTACCGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCACGTCACGCCAACAACAGGGGTACCAACAATGTCACTTCACACGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151282 CCACGTCACGCCAACAACAGGGGTACCAACAATGTCACTTCACACGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CATCTCCAAGCAG         GGGTATTTTGCCTATGAATCCTAGGAAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 151332 CATCTCCAAGCAGGTA...CAGGGGTATTTTGCCTATGAATCCTAGGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGATGAACCACTCCCAGGTTGGTCAGGGCATTGGAATTCCTAGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152089 ATGATGAACCACTCCCAGGTTGGTCAGGGCATTGGAATTCCTAGCAGGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAATAGCATGAGCAGTTCAGGGTTAGGTAGCCCCAACAGAAGCTCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152139 AAATAGCATGAGCAGTTCAGGGTTAGGTAGCCCCAACAGAAGCTCGCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCATAATATGTATGCCAAAGCAGCAGCCTTCTCGACAGCCTTTTACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152189 GCATAATATGTATGCCAAAGCAGCAGCCTTCTCGACAGCCTTTTACTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACAG         TATGTCTGGATTTGGAATGAACAGGAATCAGGCATT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152239 AACAGGTA...CAGTATGTCTGGATTTGGAATGAACAGGAATCAGGCATT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGAATGAATAACTCCTTATCAAGTAACATTTTTAATGGAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 154577 TGGAATGAATAACTCCTTATCAAGTAACATTTTTAATGGAACAGGTA...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650    ACGGAAGTGAAAATGTGACAGGATTGGACCTTTCAGATTTCCCAGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157209 TAGACGGAAGTGAAAATGTGACAGGATTGGACCTTTCAGATTTCCCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTAGCAGACCGAAACAGGAGGGAAGGAAGTGGTAACCCAACTCCATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157259 TTAGCAGACCGAAACAGGAGGGAAGGAAGTGGTAACCCAACTCCATTAAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAACCCCTTGGCTGGAAGAGCTCCTTATG         TTGGAATGGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 157309 AAACCCCTTGGCTGGAAGAGCTCCTTATGGTA...TAGTTGGAATGGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAAACCAGCAAATGAACAATCCCAGGACTTCTCAATACACAATGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159175 CAAAACCAGCAAATGAACAATCCCAGGACTTCTCAATACACAATGAAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTCCAGCATTACCAGGCTCCAGCTATAAAGATCCAACATCAAGTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159225 TTTCCAGCATTACCAGGCTCCAGCTATAAAGATCCAACATCAAGTAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGACAGTAAATCT         AATTTGAATACATCTGGCAAGACAACTT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 159275 TGACAGTAAATCTGTA...TAGAATTTGAATACATCTGGCAAGACAACTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAAGTACAGATGGACCCAAATTCCCTGGAGATAAAAGTTCAACAACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160245 CAAGTACAGATGGACCCAAATTCCCTGGAGATAAAAGTTCAACAACACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATAATAACCAGCAGAAAAAAGGGATCCAGGTGTTACCTGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 160295 AATAATAACCAGCAGAAAAAAGGGATCCAGGTGTTACCTGATGGTG...C

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1022   GTCGGGTTACTAACATTCCTCAAGGGATGGTGACGGACCAATTTGGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160438 AGGTCGGGTTACTAACATTCCTCAAGGGATGGTGACGGACCAATTTGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGATTGGCCTGTTAACATTTATCAGGGCAGCAGAGACAGACCCAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160488 TGATTGGCCTGTTAACATTTATCAGGGCAGCAGAGACAGACCCAGGAATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTACATCTTGCATTAGGAAGTGACTTAACAACATTAGGCCTCAATCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160538 GTACATCTTGCATTAGGAAGTGACTTAACAACATTAGGCCTCAATCTGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CTCTCCTGA         AAATCTCTACCCCAAATTTGCGTCACCCTGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 160588 CTCTCCTGAGTA...CAGAAATCTCTACCCCAAATTTGCGTCACCCTGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CATCTTCACCTTGTCGACCTCAAGACATAG         ACTTCCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 163913 CATCTTCACCTTGTCGACCTCAAGACATAGGTA...CAGACTTCCATGTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CCATCTGAGTACTTAACGAACATTCACATTAGGGATAAG         CT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 164043 CCATCTGAGTACTTAACGAACATTCACATTAGGGATAAGGTG...CAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GGCTGCAATAAAACTTGGCCGATATGGTGAAGACCTTCTCTTCTATCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165904 GGCTGCAATAAAACTTGGCCGATATGGTGAAGACCTTCTCTTCTATCTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ATTACATGAATGGAGGAGACGTATTACAACTTTTAGCTGCAGTGGAGCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 165954 ATTACATGAATGGAGGAGACGTATTACAACTTTTAGCTGCAGTGGAGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392         TTTTAACCGTGATTGGAGATACCACAAAGAAGAACGAGTATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166004 TA...AAGTTTTAACCGTGATTGGAGATACCACAAAGAAGAACGAGTATG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GATTACCAGGGCACCAGGCATGGAGCCAACAATGAAAACCAATACCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167996 GATTACCAGGGCACCAGGCATGGAGCCAACAATGAAAACCAATACCTATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 AGAGGGGAACATATTACTTCTTTGACTGTCTTAACTGGAGGAAAGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168046 AGAGGGGAACATATTACTTCTTTGACTGTCTTAACTGGAGGAAAGTAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AAG         GAGTTCCATCTGGAATATGACAAATTAGAAGAACGGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168096 AAGGTA...TAGGAGTTCCATCTGGAATATGACAAATTAGAAGAACGGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1575 TCACCTGCCATCCACCTTCAACTACAACCCTGCTCAGCAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175641 TCACCTGCCATCCACCTTCAACTACAACCCTGCTCAGCAAGCCTTC