seq1 = pF1KB7834.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KB7834/gi568815581f_49691884.tfa (gi568815581f:49691884_49927499), 235616 bp

>pF1KB7834 1743
>gi568815581f:49691884_49927499 (Chr17)

14-163  (100001-100150)   100% ->
164-340  (104867-105043)   100% ->
341-580  (106436-106675)   100% ->
581-663  (113480-113562)   100% ->
664-762  (119593-119691)   98% ->
763-873  (123920-124030)   100% ->
874-1065  (125937-126128)   100% ->
1066-1155  (129454-129543)   100% ->
1156-1296  (129767-129907)   100% ->
1297-1390  (131319-131412)   100% ->
1391-1537  (134117-134263)   100% ->
1538-1644  (134810-134916)   100% ->
1645-1743  (135518-135616)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     14 AGAGGAATGCAGGCAGTAGTTCAGATGGAACCGAAGATTCCGATTTTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGAGGAATGCAGGCAGTAGTTCAGATGGAACCGAAGATTCCGATTTTTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     64 ACAGATCTCGAGCACACAGACAGTTCAGAAAGTGATGGCACATCCCGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACAGATCTCGAGCACACAGACAGTTCAGAAAGTGATGGCACATCCCGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    114 ATCTGCTCGAGTCACCCGCTCCTCAGCCAGGCTAAGCCAGAGTTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTGCTCGAGTCACCCGCTCCTCAGCCAGGCTAAGCCAGAGTTCTCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    164          ATTCCAGTCCTGTTCGAAATCTGCAGTCTTTTGGCACTGAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTA...CAGATTCCAGTCCTGTTCGAAATCTGCAGTCTTTTGGCACTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    205 GAGCCTGCTTACTCTACCAGAAGAGTGACCCGTAGTCAGCAGCAGCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104908 GAGCCTGCTTACTCTACCAGAAGAGTGACCCGTAGTCAGCAGCAGCCTAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    255 CCCAGTGACACCGAAAAAATACCCTCTTCGGCAGACTCGTTCATCTGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104958 CCCAGTGACACCGAAAAAATACCCTCTTCGGCAGACTCGTTCATCTGGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    305 CAGAAACTGAGCAAGTGGTTGATTTTTCAGATAGAG         AAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105008 CAGAAACTGAGCAAGTGGTTGATTTTTCAGATAGAGGTG...TAGAAACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346 AAAAATACAGCTGATCATGATGAGTCACCGCCTCGAACTCCAACTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106441 AAAAATACAGCTGATCATGATGAGTCACCGCCTCGAACTCCAACTGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    396 TGCGCCTTCTTCTGAGTCTGACATAGACATCTCCAGCCCCAATGTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106491 TGCGCCTTCTTCTGAGTCTGACATAGACATCTCCAGCCCCAATGTATCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    446 ACGATGAGAGCATTGCCAAGGACATGTCCCTGAAGGACTCAGGCAGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106541 ACGATGAGAGCATTGCCAAGGACATGTCCCTGAAGGACTCAGGCAGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    496 CTCTCTCATCGCCCCAAGCGCCGTCGCTTCCATGAAAGCTACAACTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106591 CTCTCTCATCGCCCCAAGCGCCGTCGCTTCCATGAAAGCTACAACTTCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    546 TATGAAGTGTCCTACACCAGGCTGTAACTCTCTAG         GACACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106641 TATGAAGTGTCCTACACCAGGCTGTAACTCTCTAGGTC...CAGGACACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    587 TTACAGGAAAACATGAGAGACATTTCTCCATCTCAGGATGCCCACTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113486 TTACAGGAAAACATGAGAGACATTTCTCCATCTCAGGATGCCCACTGTAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    637 CATAACCTCTCAGCTGACGAATGCAAG         GCACCAACGGAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113536 CATAACCTCTCAGCTGACGAATGCAAGGTA...TAGGCACCAACGGAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    678 GCAGCTTCGATATAAGGAAAAAGTGGCTGAACTCAGGAAGAAAAGAAATT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119607 ACAGCTTCGATATAAGGAAAAAGTGGCTGAACTCAGGAAGAAAAGAAATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    728 CTGGACTGAGCAAAGAACAGAAAGAGAAATATATG         GAACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 119657 CTGGACTGAGCAAAGAACAGAAAGAGAAATATATGGTG...TAGGAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    769 AGACAGACCTATGGGAACACACGGGAACCTCTTTTAGAAAACCTGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123926 AGACAGACCTATGGGAACACACGGGAACCTCTTTTAGAAAACCTGACAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    819 CGAGTATGACTTGGATCTTTTCCGAAGAGCACAAGCCCGGGCTTCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123976 CGAGTATGACTTGGATCTTTTCCGAAGAGCACAAGCCCGGGCTTCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    869 ATTTG         GAGAAGTTAAGGCTGCAAGGCCAAATCACAGAGGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124026 ATTTGGTG...TAGGAGAAGTTAAGGCTGCAAGGCCAAATCACAGAGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    910 AGCAACATGATTAAAACAATTGCTTTTGGCCGCTATGAGCTTGATACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125973 AGCAACATGATTAAAACAATTGCTTTTGGCCGCTATGAGCTTGATACCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    960 GTATCATTCTCCATATCCTGAAGAATATGCACGGCTGGGACGTCTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126023 GTATCATTCTCCATATCCTGAAGAATATGCACGGCTGGGACGTCTCTATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1010 TGTGTGAATTCTGTTTAAAATATATGAAGAGCCAAACGATACTCCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126073 TGTGTGAATTCTGTTTAAAATATATGAAGAGCCAAACGATACTCCGCCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1060 CACATG         GCCAAATGTGTGTGGAAACACCCACCTGGTGATGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126123 CACATGGTG...CAGGCCAAATGTGTGTGGAAACACCCACCTGGTGATGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GATATATCGCAAAGGTTCAATCTCTGTGTTTGAAGTGGATGGCAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129489 GATATATCGCAAAGGTTCAATCTCTGTGTTTGAAGTGGATGGCAAGAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACAAG         ATCTACTGCCAAAACCTGTGCCTGTTGGCCAAACTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129539 ACAAGGTA...CAGATCTACTGCCAAAACCTGTGCCTGTTGGCCAAACTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TTTCTGGACCACAAGACATTATATTATGATGTGGAGCCCTTCCTGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129803 TTTCTGGACCACAAGACATTATATTATGATGTGGAGCCCTTCCTGTTCTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGTTATGACAGAGGCGGACAACACTGGCTGTCACCTGATTGGATATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129853 TGTTATGACAGAGGCGGACAACACTGGCTGTCACCTGATTGGATATTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CTAAG         GAAAAGAATTCATTCCTCAACTACAACGTCTCCTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129903 CTAAGGTA...TAGGAAAAGAATTCATTCCTCAACTACAACGTCTCCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ATCCTTACTATGCCTCAGTACATGAGACAGGGCTATGGCAAGATGCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131355 ATCCTTACTATGCCTCAGTACATGAGACAGGGCTATGGCAAGATGCTTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TGATTTCA         GTTATTTGCTTTCCAAAGTCGAAGAAAAAGTTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 131405 TGATTTCAGTA...CAGGTTATTTGCTTTCCAAAGTCGAAGAAAAAGTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GCTCCCCAGAACGTCCACTCTCAGATCTGGGGCTTATAAGCTATCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134150 GCTCCCCAGAACGTCCACTCTCAGATCTGGGGCTTATAAGCTATCGCAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TACTGGAAAGAAGTACTTCTCCGCTACCTGCATAATTTTCAAGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134200 TACTGGAAAGAAGTACTTCTCCGCTACCTGCATAATTTTCAAGGCAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 GATTTCTATCAAAG         AAATCAGTCAGGAGACGGCTGTGAATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 134250 GATTTCTATCAAAGGTT...CAGAAATCAGTCAGGAGACGGCTGTGAATC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CTGTGGACATTGTCAGCACTCTGCAAGCCCTTCAGATGCTCAAATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134837 CTGTGGACATTGTCAGCACTCTGCAAGCCCTTCAGATGCTCAAATACTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 AAGGGAAAACACCTAGTTTTAAAGAGACAG         GACCTGATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 134887 AAGGGAAAACACCTAGTTTTAAAGAGACAGGTA...CAGGACCTGATTGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGAGTGGATAGCCAAAGAGGCCAAAAGGTCCAACTCCAATAAAACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135529 TGAGTGGATAGCCAAAGAGGCCAAAAGGTCCAACTCCAATAAAACCATGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1706 ATCCCAGCTGCTTAAAATGGACCCCTCCCAAGGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135579 ATCCCAGCTGCTTAAAATGGACCCCTCCCAAGGGCACT