seq1 = pF1KB7832.tfa, 1830 bp
seq2 = pF1KB7832/gi568815595f_169674296.tfa (gi568815595f:169674296_169886655), 212360 bp

>pF1KB7832 1830
>gi568815595f:169674296_169886655 (Chr3)

1-266  (100001-100266)   100% ->
267-1060  (104473-105266)   100% ->
1061-1220  (106295-106454)   100% ->
1221-1399  (108170-108348)   100% ->
1400-1483  (109182-109265)   100% ->
1484-1570  (110327-110413)   100% ->
1571-1830  (112121-112380)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTATTCGCACCACTGTGAGCACCTTTTAGAGAGACTGAACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGTATTCGCACCACTGTGAGCACCTTTTAGAGAGACTGAACAAACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGGAAGCAGGTTTTCTCTGTGACTGTACCATAGTGATTGGGGAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGGAAGCAGGTTTTCTCTGTGACTGTACCATAGTGATTGGGGAATTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTTTAAAGCTCATAGGAATGTGCTGGCCTCCTTTAGTGAGTATTTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTTTAAAGCTCATAGGAATGTGCTGGCCTCCTTTAGTGAGTATTTTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGATCTACAGAAGCACTTCTGAGAACAATGTCTTTCTTGATCAGAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGATCTACAGAAGCACTTCTGAGAACAATGTCTTTCTTGATCAGAGTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGAAGGCTGATGGATTTCAGAAACTGTTGGAGTTTATATACACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGAAGGCTGATGGATTTCAGAAACTGTTGGAGTTTATATACACAGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTTTAAATCTTGACAG         TTGGAATGTTAAAGAAATTCATCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100251 CTTTAAATCTTGACAGGTA...CAGTTGGAATGTTAAAGAAATTCATCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGCTGACTATCTCAAAGTGGAAGAGGTGGTCACTAAATGCAAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104498 GCTGCTGACTATCTCAAAGTGGAAGAGGTGGTCACTAAATGCAAAATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATGGAAGATTTTGCTTTTATTGCTAATCCTTCTTCTACAGAGATATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104548 GATGGAAGATTTTGCTTTTATTGCTAATCCTTCTTCTACAGAGATATCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTATTACTGGAAACATTGAATTGAATCAACAGACTTGTCTTCTTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104598 GTATTACTGGAAACATTGAATTGAATCAACAGACTTGTCTTCTTACTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CGAGATTATAATAATCGAGAGAAATCAGAAGTATCTACAGATTTGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104648 CGAGATTATAATAATCGAGAGAAATCAGAAGTATCTACAGATTTGATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCAAATCCTAAACAAGGCGCGTTAGCGAAAAAGTCATCTCAAACGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104698 GGCAAATCCTAAACAAGGCGCGTTAGCGAAAAAGTCATCTCAAACGAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAGAAGAAGGCTTTCAACTCCCCGAAAACAGGGCAGAATAAAACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104748 AGAAGAAGAAGGCTTTCAACTCCCCGAAAACAGGGCAGAATAAAACAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CAATATCCCAGTGACATCTTAGAGAATGCATCTGTTGAATTATTCCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104798 CAATATCCCAGTGACATCTTAGAGAATGCATCTGTTGAATTATTCCTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCAAATAAACTGCCCACACCTGTAGTAGAACAAGTTGCACAAATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104848 TGCAAATAAACTGCCCACACCTGTAGTAGAACAAGTTGCACAAATAAATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATAATTCAGAACTCGAGTTGACATCAGTTGTGGAAAATACTTTTCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104898 ATAATTCAGAACTCGAGTTGACATCAGTTGTGGAAAATACTTTTCCAGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CAAGATATTGTGCACACTGTTACAGTGAAACGGAAACGTGGAAAATCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104948 CAAGATATTGTGCACACTGTTACAGTGAAACGGAAACGTGGAAAATCACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GCCAAACTGTGCTCTGAAAGAACACTCTATGTCTAATATAGCCAGCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104998 GCCAAACTGTGCTCTGAAAGAACACTCTATGTCTAATATAGCCAGCGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AGAGTCCTTATGAGGCGGAGAACTCCGGGGAAGAGCTGGATCAGAGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105048 AGAGTCCTTATGAGGCGGAGAACTCCGGGGAAGAGCTGGATCAGAGGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 TCCAAGGCCAAGCCAATGTGTAACACATGTGGGAAAGTGTTTTCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105098 TCCAAGGCCAAGCCAATGTGTAACACATGTGGGAAAGTGTTTTCAGAAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAGCAGTTTGAGAAGGCACATGAGAATACATAAAGGAGTCAAACCTTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105148 CAGCAGTTTGAGAAGGCACATGAGAATACATAAAGGAGTCAAACCTTACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TCTGCCACTTATGTGGAAAGGCATTTACCCAATGTAACCAGCTGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105198 TCTGCCACTTATGTGGAAAGGCATTTACCCAATGTAACCAGCTGAAAACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CATGTAAGAACTCATACAG         GTGAGAAGCCATACAAATGTGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105248 CATGTAAGAACTCATACAGGTG...TAGGTGAGAAGCCATACAAATGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ATTGTGTGATAAAGGATTTGCTCAGAAATGTCAGCTAGTCTTCCATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106317 ATTGTGTGATAAAGGATTTGCTCAGAAATGTCAGCTAGTCTTCCATAGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCATGCATCATGGTGAAGAAAAACCCTATAAATGTGATGTATGCAACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106367 GCATGCATCATGGTGAAGAAAAACCCTATAAATGTGATGTATGCAACTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CAGTTTGCAACTTCTAGCAATCTCAAGATTCATGCAAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106417 CAGTTTGCAACTTCTAGCAATCTCAAGATTCATGCAAGGTA...CAGGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCATAGTGGAGAGAAGCCATATGTCTGTGATAGGTGTGGACAGAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108173 GCATAGTGGAGAGAAGCCATATGTCTGTGATAGGTGTGGACAGAGATTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 CTCAAGCCAGCACACTGACCTATCATGTCCGTAGGCATACTGGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108223 CTCAAGCCAGCACACTGACCTATCATGTCCGTAGGCATACTGGAGAAAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CCTTATGTATGTGATACCTGTGGGAAGGCATTTGCTGTCTCTAGTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108273 CCTTATGTATGTGATACCTGTGGGAAGGCATTTGCTGTCTCTAGTTCTCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 TATCACTCATTCTCGAAAACATACAG         GTGAAAAACCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108323 TATCACTCATTCTCGAAAACATACAGGTA...TAGGTGAAAAACCATACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TATGTGGTATTTGTGGGAAAAGTTTTATTTCCTCAGGAGAGCTCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109197 TATGTGGTATTTGTGGGAAAAGTTTTATTTCCTCAGGAGAGCTCAACAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CACTTTCGGTCCCATACAG         GAGAAAGACCATTTATCTGCGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109247 CACTTTCGGTCCCATACAGGTC...CAGGAGAAAGACCATTTATCTGCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 ATTATGTGGAAATTCTTACACAGATATTAAAAATTTAAAGAAGCACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110349 ATTATGTGGAAATTCTTACACAGATATTAAAAATTTAAAGAAGCACAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 CAAAAGTCCATTCTG         GTGCAGATAAAACTCTAGACTCCAGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 110399 CAAAAGTCCATTCTGGTA...TAGGTGCAGATAAAACTCTAGACTCCAGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 GCAGAGGATCATACTTTGAGTGAACAGGATTCCATACAAAAAAGTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112147 GCAGAGGATCATACTTTGAGTGAACAGGATTCCATACAAAAAAGTCCTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 ATCAGAAACTATGGATGTGAAGCCTTCTGATATGACTTTACCATTAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112197 ATCAGAAACTATGGATGTGAAGCCTTCTGATATGACTTTACCATTAGCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TTCCACTTGGGACTGAGGACCATCACATGCTTCTGCCTGTCACGGATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112247 TTCCACTTGGGACTGAGGACCATCACATGCTTCTGCCTGTCACGGATACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CAGTCTCCTACATCAGATACATTGTTGAGGTCAACTGTGAATGGGTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112297 CAGTCTCCTACATCAGATACATTGTTGAGGTCAACTGTGAATGGGTATTC

   1850     .    :    .    :    .    :
   1797 AGAACCACAGTTGATTTTTTTACAACAATTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112347 AGAACCACAGTTGATTTTTTTACAACAATTATAC