seq1 = pF1KB7824.tfa, 1812 bp
seq2 = pF1KB7824/gi568815589f_94192339.tfa (gi568815589f:94192339_94401367), 209029 bp

>pF1KB7824 1812
>gi568815589f:94192339_94401367 (Chr9)

1-33  (86475-86507)   100% ->
34-160  (100003-100129)   100% ->
161-256  (100636-100731)   100% ->
257-1812  (107474-109029)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCACCAGGACTCCTGACAACCAGGAAGGAG         GCATTGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
  86475 ATGTCACCAGGACTCCTGACAACCAGGAAGGAGGTA...CAGGCATTGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGCCTTCCGGGATGTGGCTGTGGCCTTCACCCAGAAGGAGTGGAAGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100011 GGCCTTCCGGGATGTGGCTGTGGCCTTCACCCAGAAGGAGTGGAAGCTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGTTCTGCTCAGAGGACCCTGTACAGGGAGGTGATGCTGGAGAACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100061 TGAGTTCTGCTCAGAGGACCCTGTACAGGGAGGTGATGCTGGAGAACTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCCATCTGGTCTCCCTGG         GAATTGCATTTTCCAAACCAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100111 AGCCATCTGGTCTCCCTGGGTA...TAGGAATTGCATTTTCCAAACCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ACTCATCGAACAGCTGGAGCAAGGCGACGAACCTTGGAGAGAGGAGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100658 ACTCATCGAACAGCTGGAGCAAGGCGACGAACCTTGGAGAGAGGAGAACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACATCTTCTGGACCTTTGTCCAG         CAGAGCCTAGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100708 AACATCTTCTGGACCTTTGTCCAGGTG...TAGCAGAGCCTAGAACAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTCCAGCCAAGTTTTCCCCACCTGGTGGCCTTTTCTAGCTCGCAGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107491 TTCCAGCCAAGTTTTCCCCACCTGGTGGCCTTTTCTAGCTCGCAGCTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAGACAATATGCGCTAAGTGGCCATCCCACACAGATCTTCCCAAGCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107541 CAGACAATATGCGCTAAGTGGCCATCCCACACAGATCTTCCCAAGCTCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGCAGGAGGTGACTTCCAACTAGAAGCTCCAAGATGCTCTAGTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107591 CTGCAGGAGGTGACTTCCAACTAGAAGCTCCAAGATGCTCTAGTGAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGAGAAAGTGGAGAGACAGAAGGCCCCGACAGCTCATTAAGAAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107641 GGAGAAAGTGGAGAGACAGAAGGCCCCGACAGCTCATTAAGAAAGAGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAGCAGAATTTCTAGGACATTCTTCAGCCCACATCAAGGTGACCCAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107691 AAGCAGAATTTCTAGGACATTCTTCAGCCCACATCAAGGTGACCCAGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATGGGTAGAAGGGAACAGAGAAGGAGGAACAGACCTTCGCCTGGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107741 AATGGGTAGAAGGGAACAGAGAAGGAGGAACAGACCTTCGCCTGGCCCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGATGAGTCTTGGGGGGTCAGACACAATGTTGAAGGGAGCAGACACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107791 AGGATGAGTCTTGGGGGGTCAGACACAATGTTGAAGGGAGCAGACACTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAATCTGGAGCAGTCATACGTGGAAACTATAGACTGGGACTTAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107841 AGAATCTGGAGCAGTCATACGTGGAAACTATAGACTGGGACTTAGCAAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGTCAAGCCTGTTCAGCCACCAGAAGCATCATGTGTGCCCTGAATGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107891 AGTCAAGCCTGTTCAGCCACCAGAAGCATCATGTGTGCCCTGAATGCGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGAGGCTTTTGCCAGAGATCAGACCTTATCAAGCACCAGAGGACACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107941 AGAGGCTTTTGCCAGAGATCAGACCTTATCAAGCACCAGAGGACACACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CGGGGAGAAGCCATACCTGTGTCCTGAGTGTGGGCGTCGGTTTAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107991 CGGGGAGAAGCCATACCTGTGTCCTGAGTGTGGGCGTCGGTTTAGCCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AGGCCTCCCTCTCCATACACCAGAGGAAGCACTCGGGGGAGAAGCCGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108041 AGGCCTCCCTCTCCATACACCAGAGGAAGCACTCGGGGGAGAAGCCGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GTGTGCAGGGAATGTGGGCGACACTTCAGGTATACATCCTCTCTCACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108091 GTGTGCAGGGAATGTGGGCGACACTTCAGGTATACATCCTCTCTCACTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TCACAAGAGGATTCACTCCGGGGAGAGGCCCTTTGTATGTCAGGAGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108141 TCACAAGAGGATTCACTCCGGGGAGAGGCCCTTTGTATGTCAGGAGTGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 GGCGAGGCTTTCGCCAGAAGATAGCCCTCCTTCTACACCAGAGGACGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108191 GGCGAGGCTTTCGCCAGAAGATAGCCCTCCTTCTACACCAGAGGACGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTGGAGGAGAAGCCCTTCGTGTGTCCTGAGTGTGGGAGAGGCTTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 TTGGAGGAGAAGCCCTTCGTGTGTCCTGAGTGTGGGAGAGGCTTTTGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GAAGGCATCACTCCTCCAGCACCAGAGCTCACACACAGGGGAGAGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 GAAGGCATCACTCCTCCAGCACCAGAGCTCACACACAGGGGAGAGGCCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCCTGTGCCTTGAGTGTGGGCGTAGCTTCAGGCAGCAGTCACTCCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 TCCTGTGCCTTGAGTGTGGGCGTAGCTTCAGGCAGCAGTCACTCCTCCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGTCACCAGGTCACACACTCAGGAGAGAAGCCTTATGTCTGTGCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 AGTCACCAGGTCACACACTCAGGAGAGAAGCCTTATGTCTGTGCTGAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TGGGCACAGCTTTCGCCAAAAGGTCACTCTCATCAGGCACCAGAGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108441 TGGGCACAGCTTTCGCCAAAAGGTCACTCTCATCAGGCACCAGAGGACAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACACAGGGGAGAAGCCTTACCTGTGCCCCCAGTGTGGGCGGGGTTTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 ACACAGGGGAGAAGCCTTACCTGTGCCCCCAGTGTGGGCGGGGTTTTAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CAGAAGGTCACCCTCATTGGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108541 CAGAAGGTCACCCTCATTGGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CTACCTGTGCCCTGATTGTGGGCGTGGCTTTGGTCAGAAGGTCACCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108591 CTACCTGTGCCCTGATTGTGGGCGTGGCTTTGGTCAGAAGGTCACCCTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 TCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCTTATCTGTGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108641 TCAGACACCAGAGGACACACACAGGGGAGAAGCCTTATCTGTGCCCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 TGTGGGCGTGCATTTGGCTTTAAGTCGCTCCTCACCCGACACCAGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108691 TGTGGGCGTGCATTTGGCTTTAAGTCGCTCCTCACCCGACACCAGAGGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 ACACTCAGAGGAGGAGCTTTACGTAGACAGGGTGTGTGGACAAGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108741 ACACTCAGAGGAGGAGCTTTACGTAGACAGGGTGTGTGGACAAGGACTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 GCCAGAAGTCACACCTTATCTCTGACCAAAGGACACACTCAGGAGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108791 GCCAGAAGTCACACCTTATCTCTGACCAAAGGACACACTCAGGAGAGAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1624 CCCTGCATTTGCGATGAATGTGGGCGCGGCTTTGGCTTTAAGTCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108841 CCCTGCATTTGCGATGAATGTGGGCGCGGCTTTGGCTTTAAGTCTGCCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 CATCCGACATCAGCGGACCCATTCTGGGGAGAAGCCGTATGTCTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108891 CATCCGACATCAGCGGACCCATTCTGGGGAGAAGCCGTATGTCTGCAGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGTGTGGGCGTGGCTTTAGCCAGAAGTCTCACTTGCATAGACACAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108941 AGTGTGGGCGTGGCTTTAGCCAGAAGTCTCACTTGCATAGACACAGGAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .
   1774 ACCAAGTCTGGTCATCAGCTCCTACCCCAAGAGGTCTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108991 ACCAAGTCTGGTCATCAGCTCCTACCCCAAGAGGTCTTC