seq1 = pF1KB7821.tfa, 1608 bp
seq2 = pF1KB7821/gi568815592f_122299738.tfa (gi568815592f:122299738_122532217), 232480 bp

>pF1KB7821 1608
>gi568815592f:122299738_122532217 (Chr6)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-202  (112636-112744)   100% ->
203-330  (112900-113027)   100% ->
331-455  (113788-113912)   99% ->
456-531  (116484-116559)   100% ->
532-593  (119431-119492)   100% ->
594-681  (120398-120485)   100% ->
682-830  (122413-122561)   100% ->
831-1070  (122981-123220)   100% ->
1071-1176  (123844-123949)   100% ->
1177-1230  (128166-128219)   100% ->
1231-1315  (131693-131777)   100% ->
1316-1608  (132188-132480)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCAGAGTTCGAACGTGCCGGCTTTCCTCAGCAAGCTGTGGACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGCAGAGTTCGAACGTGCCGGCTTTCCTCAGCAAGCTGTGGACGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGGAGGAAACCCACACTAACGAGTTCATCACCTGGAGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 TGTGGAGGAAACCCACACTAACGAGTTCATCACCTGGAGCCAGGTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   AATGGCCAAAGTTTTCTGGTCTTGGATGAGCAACGATTTGCAAAAGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112634 AGAATGGCCAAAGTTTTCTGGTCTTGGATGAGCAACGATTTGCAAAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATTCTTCCCAAATATTTCAAGCACAATAATATGGCAAGCTTTGTGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112684 ATTCTTCCCAAATATTTCAAGCACAATAATATGGCAAGCTTTGTGAGGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGAATATGT         ATGGTTTCCGTAAAGTAGTACATATCGACT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112734 ACTGAATATGTGTG...CAGATGGTTTCCGTAAAGTAGTACATATCGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTGGAATTGTAAAGCAAGAAAGAGATGGTCCTGTAGAATTTCAGCATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112930 CTGGAATTGTAAAGCAAGAAAGAGATGGTCCTGTAGAATTTCAGCATCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACTTCAAACAAGGACAGGATGACTTGTTGGAGAACATTAAAAGGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 112980 TACTTCAAACAAGGACAGGATGACTTGTTGGAGAACATTAAAAGGAAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    331        GTTTCATCTTCAAAACCAGAAGAAAATAAAATTCGTCAGGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113030 G...AAGGTTTCATCTTCAAAACCAGAAGAAAATAAAATTCGTCAGGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTAACAAAAATTATAAGTAGTGCTCAGAAGGTTCAGATAAAACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113831 ATTTAACAAAAATTATAAGTAGTGCTCAGAAGGTTCAGATAAAACAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ACTATTGAATCCAGGCTTTCTGAATTAAAAAG         TGAGAATGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113881 ACTATTGAGTCCAGGCTTTCTGAATTAAAAAGGTA...TAGTGAGAATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTCCCTTTGGAAGGAGGTGTCAGAATTACGAGCAAAGCATGCACAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116493 GTCCCTTTGGAAGGAGGTGTCAGAATTACGAGCAAAGCATGCACAACAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AACAAGTTATTCGAAAG         ATTGTCCAGTTTATTGTTACATTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 116543 AACAAGTTATTCGAAAGGTA...CAGATTGTCCAGTTTATTGTTACATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTCAAAATAACCAACTTGTGAGTTTAAAACGTAAAAG         GCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 119455 GTTCAAAATAACCAACTTGTGAGTTTAAAACGTAAAAGGTA...CAGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCTACTTCTAAACACTAATGGAGCCCAAAAGAAGAACCTGTTTCAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120401 TCTACTTCTAAACACTAATGGAGCCCAAAAGAAGAACCTGTTTCAGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TAGTCAAAGAACCAACTGATAATCATCATCATAAA         GTTCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 120451 TAGTCAAAGAACCAACTGATAATCATCATCATAAAGTA...TAGGTTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CACAGTAGGACTGAAGGTTTAAAGCCAAGGGAGAGGATTTCAGATGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122419 CACAGTAGGACTGAAGGTTTAAAGCCAAGGGAGAGGATTTCAGATGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATTATTTATGATGTTACTGATGATAATGCAGATGAAGAAAATATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122469 CATTATTTATGATGTTACTGATGATAATGCAGATGAAGAAAATATCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTATTCCAGAAACTAATGAGGATGTTATATCTGATCCCTCCAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 122519 TTATTCCAGAAACTAATGAGGATGTTATATCTGATCCCTCCAAGTA...T

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    831   CTGTAGCCAGTACCCTGATATTGTCATCGTTGAAGATGACAATGAAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122979 AGCTGTAGCCAGTACCCTGATATTGTCATCGTTGAAGATGACAATGAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAGTATGCACCTGTCATTCAGAGTGGAGAGCAGAATGAACCAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123029 TGAGTATGCACCTGTCATTCAGAGTGGAGAGCAGAATGAACCAGCCAGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AATCCCTAAGTTCAGGCAGTGATGGCAGCAGCCCTCTCATGTCTAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123079 AATCCCTAAGTTCAGGCAGTGATGGCAGCAGCCCTCTCATGTCTAGTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTCCAGCTAAATGGCTCATCCAGTCTGACCTCAGAAGATCCAGTGACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123129 GTCCAGCTAAATGGCTCATCCAGTCTGACCTCAGAAGATCCAGTGACCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GATGGATTCCATTTTGAATGATAACATCAATCTTTTGGGAAA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 123179 GATGGATTCCATTTTGAATGATAACATCAATCTTTTGGGAAAGTG...TA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1071  GGTTGAGCTGTTGGATTATCTTGACAGTATTGACTGCAGTTTAGAGGAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123843 GGGTTGAGCTGTTGGATTATCTTGACAGTATTGACTGCAGTTTAGAGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TTCCAGGCCATGCTATCAGGAAGACAATTTAGCATAGACCCAGATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123893 TTCCAGGCCATGCTATCAGGAAGACAATTTAGCATAGACCCAGATCTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGTTGAT         CTTTTCACTAGTTCTGTGCAGATGAATCCCACAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123943 GGTTGATGTA...CAGCTTTTCACTAGTTCTGTGCAGATGAATCCCACAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATTACATCAATAATACAAAA         TCTGAGAATAAAGGATTAGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 128200 ATTACATCAATAATACAAAAGTA...TAGTCTGAGAATAAAGGATTAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ACTACCAAGAACAATGTAGTTCAGCCAGTTTCGGAAGAGGGAAGAAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131714 ACTACCAAGAACAATGTAGTTCAGCCAGTTTCGGAAGAGGGAAGAAAATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TAAATCCAAACCAG         ATAAGCAGCTTATCCAGTATACCGCCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 131764 TAAATCCAAACCAGGTA...TAGATAAGCAGCTTATCCAGTATACCGCCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTCCACTTCTTGCATTCCTCGATGGGAACCCTGCTTCTTCTGTTGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132215 TTCCACTTCTTGCATTCCTCGATGGGAACCCTGCTTCTTCTGTTGAACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GCGAGTACAACAGCATCATCAGAAGTTTTGTCCTCTGTAGATAAACCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132265 GCGAGTACAACAGCATCATCAGAAGTTTTGTCCTCTGTAGATAAACCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGAAGTTGATGAGCTTCTGGATAGCAGCCTAGACCCAGAACCAACCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132315 AGAAGTTGATGAGCTTCTGGATAGCAGCCTAGACCCAGAACCAACCCAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTAAGCTTGTTCGCCTGGAGCCATTGACTGAAGCTGAAGCTAGTGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132365 GTAAGCTTGTTCGCCTGGAGCCATTGACTGAAGCTGAAGCTAGTGAAGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 ACACTGTTTTATTTATGTGAACTTGCTCCTGCACCTCTGGATAGTGATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132415 ACACTGTTTTATTTATGTGAACTTGCTCCTGCACCTCTGGATAGTGATAT

   1700     .    :    .
   1593 GCCACTTTTAGATAGC
        ||||||||||||||||
 132465 GCCACTTTTAGATAGC