seq1 = pF1KB7820.tfa, 1797 bp
seq2 = pF1KB7820/gi568815575f_86048621.tfa (gi568815575f:86048621_86932152), 883532 bp

>pF1KB7820 1797
>gi568815575f:86048621_86932152 (ChrX)

1-488  (100001-100488)   100% ==
523-640  (465654-465771)   100% ->
641-772  (602416-602547)   100% ->
773-931  (646401-646559)   100% ->
932-1104  (665928-666100)   100% ->
1105-1240  (691127-691262)   100% ->
1241-1389  (764236-764384)   100% ->
1390-1537  (764510-764657)   100% ->
1538-1684  (766068-766214)   100% ->
1685-1750  (767414-767479)   100% ->
1751-1797  (783486-783532)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGTCTCCGCATCTCCAGTGATCTCTGCAACTTCCAGCGGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGTCTCCGCATCTCCAGTGATCTCTGCAACTTCCAGCGGCGCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGTCCCGGGGGGCTTATTCCGGGCCGAACCCCTGTACTCGACTCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGTCCCGGGGGGCTTATTCCGGGCCGAACCCCTGTACTCGACTCCCAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCCCTCGTCTTACTCCTAATATGATCAATAGTTTCGTGGTTAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCCCCTCGTCTTACTCCTAATATGATCAATAGTTTCGTGGTTAATAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACAGCAACAGTGCCGGAGGCGGCGGCAGGGGCAACACCAACACCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACAGCAACAGTGCCGGAGGCGGCGGCAGGGGCAACACCAACACCAACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GTGCCGCATGGTCGACATGCACGGGATGAAGGTGGCTTCGTTCCTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GTGCCGCATGGTCGACATGCACGGGATGAAGGTGGCTTCGTTCCTGATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGGCCAGGAACTGATCTGCCTGCCGCAAGTCTTTGATCTTTTTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGGCCAGGAACTGATCTGCCTGCCGCAAGTCTTTGATCTTTTTCTCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CACCTGGTGGGAGGCTTGCACACTGTGTACACCAAGCTGAAGAGACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CACCTGGTGGGAGGCTTGCACACTGTGTACACCAAGCTGAAGAGACTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TATATCCCCCGTGGTGTGTACTGTTGAGCAGGTCCGGATCCTCCGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TATATCCCCCGTGGTGTGTACTGTTGAGCAGGTCCGGATCCTCCGCGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGGGGCCATCCAGCCCGGGGTAAACCGCTGCAAACTCATCACCAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TGGGGGCCATCCAGCCCGGGGTAAACCGCTGCAAACTCATCACCAGGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .
    451 GACTTCGAAACTTTGTTCACCGATTGCACCAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACTTCGAAACTTTGTTCACCGATTGCACCAATGCCAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    523 AACAGTTCAAGACCCGGCAGGCCCCCTAAGCGTTCTTTGGGAGTGTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 465654 AACAGTTCAAGACCCGGCAGGCCCCCTAAGCGTTCTTTGGGAGTGTTGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    573 GGAAAATGCCCGCCTTCTGACCCATGCAGTCCCAGGCCTCTTATCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 465704 GGAAAATGCCCGCCTTCTGACCCATGCAGTCCCAGGCCTCTTATCGCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623 GACTTATCACTCCGACAG         GTATAACAGCTGCAGCGATGGCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 465754 GACTTATCACTCCGACAGGTA...TAGGTATAACAGCTGCAGCGATGGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    664 GAGGCGATGAAACTTCAGAAGATGAAGCTTATGGCTATGAACACTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 602439 GAGGCGATGAAACTTCAGAAGATGAAGCTTATGGCTATGAACACTCTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    714 GGGAAATGGAAGCCAAAATGGGACCGAATCAGAGCCTGATGATCTTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 602489 GGGAAATGGAAGCCAAAATGGGACCGAATCAGAGCCTGATGATCTTAATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 CTAACACAG         GTGGAAGTGAATCCTCCTGGGATAAAGATAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 602539 CTAACACAGGTG...CAGGTGGAAGTGAATCCTCCTGGGATAAAGATAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    805 ATGCAGTCTCCATTTGCTGCACCTGGACCCCAACATGGAATTGCTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646433 ATGCAGTCTCCATTTGCTGCACCTGGACCCCAACATGGAATTGCTCATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855 AGCCCTAGCTGGCCAGCCAGGCATTGGGGGTGCTCCAACCCTCAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 646483 AGCCCTAGCTGGCCAGCCAGGCATTGGGGGTGCTCCAACCCTCAATCCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    905 TGCAGCAGAACCACCTGCTAACCAATA         GACTGGATCTGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 646533 TGCAGCAGAACCACCTGCTAACCAATAGTA...TAGGACTGGATCTGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    946 TTTATGATGATGCCTCATCCCCTACTTCCAGTCAGCTTACCTCCTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 665942 TTTATGATGATGCCTCATCCCCTACTTCCAGTCAGCTTACCTCCTGCATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996 AGTTGCCATGGCAATGAATCAGATGAACCATCTCAATACTATTGCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 665992 AGTTGCCATGGCAATGAATCAGATGAACCATCTCAATACTATTGCCAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1046 TGGCTGCTGCAGCACAGATTCACAGTCCACTCTCCAGAGCTGGTACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 666042 TGGCTGCTGCAGCACAGATTCACAGTCCACTCTCCAGAGCTGGTACCTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096 GTTATAAAG         GAGCGGATCCCAGAGAGTCCTTCTCCTGCTCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 666092 GTTATAAAGGTA...CAGGAGCGGATCCCAGAGAGTCCTTCTCCTGCTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1137 TTCTCTAGAAGAGAATCATCGTCCTGGGAGCCAGACCTCTTCCCACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 691159 TTCTCTAGAAGAGAATCATCGTCCTGGGAGCCAGACCTCTTCCCACACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187 GCAGCAGTGTGTCCAGCTCTCCCTCTCAGATGGATCATCATTTGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 691209 GCAGCAGTGTGTCCAGCTCTCCCTCTCAGATGGATCATCATTTGGAAAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1237 ATGG         AAGAGGTACCAGTTCAAATTCCAATAATGAAGTCACC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 691259 ATGGGTG...CAGAAGAGGTACCAGTTCAAATTCCAATAATGAAGTCACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1278 CTTGGACAAGATACAGCTGACTCCTGGGCAGGCATTGCCCGCTGGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 764273 CTTGGACAAGATACAGCTGACTCCTGGGCAGGCATTGCCCGCTGGATTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1328 CTGGACCATTCATTTTTGCTGATAGTCTGTCCTCCGTGGAGACTCTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 764323 CTGGACCATTCATTTTTGCTGATAGTCTGTCCTCCGTGGAGACTCTGTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1378 ACCAACATTCAG         GGTCTGCTGAAAGTTGCTTTGGATAATGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 764373 ACCAACATTCAGGTC...CAGGGTCTGCTGAAAGTTGCTTTGGATAATGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1419 TCGCATCCAGGAGAAGCAGATTCAACAAGAAAAGAAGGAGCTGCGACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 764539 TCGCATCCAGGAGAAGCAGATTCAACAAGAAAAGAAGGAGCTGCGACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1469 AGCTCTATAGAGAGAGAGAAATTAGAGAAAACCTTGAAAGACAACTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 764589 AGCTCTATAGAGAGAGAGAAATTAGAGAAAACCTTGAAAGACAACTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1519 GTTGAGCTTCAAAGCAGAA         CTACTATGCAAAAGCGCCTGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 764639 GTTGAGCTTCAAAGCAGAAGTA...CAGCTACTATGCAAAAGCGCCTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1560 GAAGGAGAAAAAAACCAAGAGAAAATTGCAGGAAGCCTTGGAATTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 766090 GAAGGAGAAAAAAACCAAGAGAAAATTGCAGGAAGCCTTGGAATTTGAAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1610 CAAAGCGCCGGGAGCAAGTGGAGCAGGCACTTAAGCAAGCCACCACTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 766140 CAAAGCGCCGGGAGCAAGTGGAGCAGGCACTTAAGCAAGCCACCACTAGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1660 GACAGTGGCCTGAGGATGTTAAAAG         ATACTGGAATTCCAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 766190 GACAGTGGCCTGAGGATGTTAAAAGGTA...CAGATACTGGAATTCCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 TATTGAAATAGAAAACAATGGGACTCCTCATGATAGTGCTGCTATGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 767430 TATTGAAATAGAAAACAATGGGACTCCTCATGATAGTGCTGCTATGCAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751          GAGGTAACTATTACTGTTTAGAAATGGCACAACAGTTGTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 767480 GTA...AAGGAGGTAACTATTACTGTTTAGAAATGGCACAACAGTTGTAT

   1350     .
   1792 TCAGCC
        ||||||
 783527 TCAGCC