seq1 = pF1KB7812.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KB7812/gi568815579f_20834023.tfa (gi568815579f:20834023_21050299), 216277 bp

>pF1KB7812 1785
>gi568815579f:20834023_21050299 (Chr19)

1-130  (100000-100128)   99% ->
131-229  (100927-101025)   100% ->
230-1785  (114722-116277)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGACCATTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGAAGGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGGACCATTGACATTTAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCTGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGCAATGCCTGGACACTGCACAGCGGAATTTATATAGAAATGTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GTGGCAATGCCTGGACACTGCACAGCGGAATTTATATAGAAATGTGATGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGG         GTATTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100099 TAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTTCCTGGGTG...CAGGTATTACTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTAAGCCAGACCTGATCACTTGTCTGGAGCAAGGGAAAGAGGCCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100938 TCTAAGCCAGACCTGATCACTTGTCTGGAGCAAGGGAAAGAGGCCTGGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGAAGAGACATGAGATCATGGTGGCCAAACCCACAG         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100988 TATGAAGAGACATGAGATCATGGTGGCCAAACCCACAGGTA...CAGTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGTTCTCATTTTGCCCGAGACCTTTGGCCGGAGCAGAATATAAAAGAT
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 114725 TGTGTTCTCATTTTGCCCAAGACCTTTGGCCGGAGCAGAATATAAAAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTTTCCAAAAAGTGACACTGAAAAGATATGGAAAATGTAGACATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114775 TCTTTCCAAAAAGTGACACTGAAAAGATATGGAAAATGTAGACATGAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTTACCATTAATAAAAGGCTGTGAAAGTATGGATGAGTGTAAGATGCACA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114825 TTTACCATTAAGAAAAGGCTGTGAAAGTATGGATGAGTGTAAGATGCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGGAGGTTGTAATGGACTTAACCAATGTCTCACAGCTACCCAGAGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114875 AAGGAGGTTGTAATGGACTTAACCAATGTCTCACAGCTACCCAGAGCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATATTTCAATGTGATAAATATGTAAAAGTCGCTCATAAATTTTCAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114925 ATATTTCAATGTGATAAATATGTAAAAGTCGCTCATAAATTTTCAAATTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAACAGACATGAGATAAGACATACTAAAAAGAAACCTTTCAAATGTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 114975 AAACAGACATGAGATAAGACATACTAAAAAGAAACCTTTCAAATGTACAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AATGTGGCAAATCATTTCGCATGATTTCATGCCTAACTGAACATAGCAGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 115025 AATGTGGCAAATCATTTGGCATGATTTCATGCCTAACTGAACATAGCAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATTCATACTAGAGTAAATTTCTACAAATGTGAAGAATGTGGAAAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115075 ATTCATACTAGAGTAAATTTCTACAAATGTGAAGAATGTGGAAAAGCCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TAACTGGTCCTCAACCCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACGGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115125 TAACTGGTCCTCAACCCTTACTAAACATAAGAGAATTCATACGGGAGAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAACCAGTCCTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115175 AACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGTAAAGCCTTTAACCAGTCCTCAAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTTATTAAACATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115225 CTTATTAAACATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGAATGTGGCAAAACTTTTAACCGATCCTCAACTCTTACTACCCATAAGA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 115275 AGAATGTGGCAAAACTTTTAACCGATTCTCAACTCTTACTACCCATAAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAAAGAATGTGGTAAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115325 TAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTAAAGAATGTGGTAAAGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 TTTAACCGTTCTTCAACCCTTACTACCCATAGAAAAATTCATACTGGAGA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115375 TTTAACCGATCTTCAACCCTTACTACCCATAGAAAAATTCATACTGGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAAGCAGTCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115425 GAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGCCTTTAAGCAGTCCTCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACCTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115475 ACCTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AAAAAATGTGGAAAAGCCTTTAACCAGTCTGCACACCTTACTACACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 115525 AAAAAATGTGGAAAAGCCTTTAACCAGTCTGCACACCTTACCACACATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 GGTAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAAAATGTGGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115575 GGTAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAAAATGTGGAAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 CCTTTAATCATTTCTCACACCTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115625 CCTTTAATCATTTCTCACACCTTACTACACATAAGATAATTCATACTGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 GAGAAACCTTACAAATGTAAAGAATGTGGTAAAGCTTTTAAACACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115675 GAGAAACCTTACAAATGTAAAGAATGTGGTAAAGCTTTTAAACACTCTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 AACCCTTACTAAACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115725 AACCCTTACTAAACATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAGCCTTACAAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GTAAAGAATGTGAAAAAGCTTTTAACCAATCCTCAAAACTTACTGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115775 GTAAAGAATGTGAAAAAGCTTTTAACCAATCCTCAAAACTTACTGAACAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 AAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTGAAAAATGTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115825 AAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTATGAATGTGAAAAATGTGGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 AGCTTTTAACCAGTCCTCAAATCTTACTAGACATAAGAAAAGTCATACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 115875 AGCTTTTAACCAGTCCTCAAATCTTACTAGACATAAGAAAAGTCATACAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGGTTTTAAATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115925 AAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGGCAAAGGTTTTAAATGGCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TCAACCCTTACTATCCATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115975 TCAACCCTTACTATCCATAAGATAATTCATACTGGAGAGAAACCATACAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 ATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCAATCCTCAAAACTTACCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116025 ATGTGAAGAATGTGGCAAAGCTTTTAACCAATCCTCAAAACTTACCAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACACATGTGAAGAATGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116075 ATAAGAAAATTCATACTGGAGAGAAACCCTACACATGTGAAGAATGTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 AAAGCCTTTAACCAGTCCTCAAACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116125 AAAGCCTTTAACCAGTCCTCAAACCTTACTAAACATAAGAGAATTCATAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TGGAGAAAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTTAAATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116175 TGGAGAAAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTTAAATGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CCTCAGTCCTTACTAAACATAAGATAATTCATACCGGAGAAAAATTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116225 CCTCAGTCCTTACTAAACATAAGATAATTCATACCGGAGAAAAATTACAA

   1800 
   1783 ATA
        |||
 116275 ATA