seq1 = pF1KB7809.tfa, 1581 bp
seq2 = pF1KB7809/gi568815595f_44551068.tfa (gi568815595f:44551068_44759944), 208877 bp

>pF1KB7809 1581
>gi568815595f:44551068_44759944 (Chr3)

1-192  (100001-100192)   100% ->
193-337  (101490-101634)   100% ->
338-1581  (107634-108877)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGCAGAATTGAGAGAAGCCATGGCCCTAGCCCCATGGGGCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTGCAGAATTGAGAGAAGCCATGGCCCTAGCCCCATGGGGCCCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGTGAAAAAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAAACTTCCCAGGTCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGTGAAAAAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAAACTTCCCAGGTCAGGCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGCCAACAAGTGCACTCCGAGAACATCAAAGTCTGGGCCCCAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGCCAACAAGTGCACTCCGAGAACATCAAAGTCTGGGCCCCAGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGTCTTCAGACAGGCCTTGATGGATCAGAAGAGGAAGAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100151 GGTCTTCAGACAGGCCTTGATGGATCAGAAGAGGAAGAAAAGGTA...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    193  GGTCAGAACATATCCTGGGATATGGCGGTAGTCCTGAAAGCAACTCAGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101489 GGGTCAGAACATATCCTGGGATATGGCGGTAGTCCTGAAAGCAACTCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCACCTGCTGCTTCAACCCTTGGCAGCTACTCATTACCAGGGACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101539 AGGCACCTGCTGCTTCAACCCTTGGCAGCTACTCATTACCAGGGACTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAAGAGTGAGATACTGGAGACTCATGGGACCATGAACTTTCTAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101589 GCCAAGAGTGAGATACTGGAGACTCATGGGACCATGAACTTTCTAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      GTGCTGAAACCAAGAACCTACAGTTACTGGTTCCAAAAACTGAGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101639 ..CAGGTGCTGAAACCAAGAACCTACAGTTACTGGTTCCAAAAACTGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TATGTGAGGAAGCTGAAAAACCCCTCATCATATCAGAAAGAATCCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107679 TATGTGAGGAAGCTGAAAAACCCCTCATCATATCAGAAAGAATCCAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGATCCTCAAGGACCTGAGTTAGGAGAAGCTTGTGAAAAGGGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107729 GCTGATCCTCAAGGACCTGAGTTAGGAGAAGCTTGTGAAAAGGGAAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTTAAAGAGGCAGAGAATAAAGAGAGAAAAGAAAGATTTCAGACAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107779 GTTAAAGAGGCAGAGAATAAAGAGAGAAAAGAAAGATTTCAGACAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TAGTGAATGACTGTCACTTACCTGAAAGCTTCAAAGAAGAGGAAAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107829 TAGTGAATGACTGTCACTTACCTGAAAGCTTCAAAGAAGAGGAAAACCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAATGTAAGAAATCTGGAGGAAAATATAGCCTTAATTCTGGCGCTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 AAATGTAAGAAATCTGGAGGAAAATATAGCCTTAATTCTGGCGCTGTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAATCCAAAAACCCAGCTTGGACAAAAGCCTTTTACGTGTAGCGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 AAATCCAAAAACCCAGCTTGGACAAAAGCCTTTTACGTGTAGCGTGTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GGAAAGGATTTAGTCAGAGTGCAAACCTCGTTGTGCATCAGCGAATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107979 GGAAAGGATTTAGTCAGAGTGCAAACCTCGTTGTGCATCAGCGAATCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACTGGAGAGAAACCCTTTGAATGTCATGAGTGTGGGAAGGCCTTCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108029 ACTGGAGAGAAACCCTTTGAATGTCATGAGTGTGGGAAGGCCTTCATTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GAGTGCAAACCTCGTTGTGCATCAGAGAATCCACACTGGACAGAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108079 GAGTGCAAACCTCGTTGTGCATCAGAGAATCCACACTGGACAGAAACCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ATGTTTGCTCAAAATGTGGGAAAGCCTTCACTCAGAGTTCAAATCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108129 ATGTTTGCTCAAAATGTGGGAAAGCCTTCACTCAGAGTTCAAATCTGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GTACATCAAAAAATCCACTCCTTAGAAAAAACTTTTAAGTGCAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108179 GTACATCAAAAAATCCACTCCTTAGAAAAAACTTTTAAGTGCAATGAATG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TGAGAAAGCCTTTAGTTACAGCTCACAACTTGCTCGGCACCAGAAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108229 TGAGAAAGCCTTTAGTTACAGCTCACAACTTGCTCGGCACCAGAAAGTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ACATTACGGAAAAATGCTATGAATGTAATGAATGTGGGAAAACATTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108279 ACATTACGGAAAAATGCTATGAATGTAATGAATGTGGGAAAACATTTACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AGGAGCTCAAACCTCATTGTCCACCAGAGGATCCACACTGGGGAGAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108329 AGGAGCTCAAACCTCATTGTCCACCAGAGGATCCACACTGGGGAGAAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTTTGCCTGTAACGACTGTGGCAAAGCCTTTACCCAGAGTGCAAATCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108379 CTTTGCCTGTAACGACTGTGGCAAAGCCTTTACCCAGAGTGCAAATCTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTGTACATCAGCGAAGCCATACTGGTGAGAAGCCATATGAGTGTAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108429 TTGTACATCAGCGAAGCCATACTGGTGAGAAGCCATATGAGTGTAAAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TGTGGGAAAGCCTTTAGTTGTTTTTCACACCTTATTGTGCACCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108479 TGTGGGAAAGCCTTTAGTTGTTTTTCACACCTTATTGTGCACCAGAGAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TCACACTGCAGAGAAACCTTACGACTGCAGCGAATGTGGGAAAGCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108529 TCACACTGCAGAGAAACCTTACGACTGCAGCGAATGTGGGAAAGCCTTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GTCAGCTCTCTTGCCTTATTGTCCACCAGAGAATTCACAGTGGAGATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108579 GTCAGCTCTCTTGCCTTATTGTCCACCAGAGAATTCACAGTGGAGATCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CCTTACGTGTGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTCACATGTAGCTCATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108629 CCTTACGTGTGTAATGAATGTGGGAAGGCCTTCACATGTAGCTCATACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 ACTTATTCATCAGAGAATTCATAATGGAGAAAAACCTTACACATGTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108679 ACTTATTCATCAGAGAATTCATAATGGAGAAAAACCTTACACATGTAATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 AGTGTGGGAAGGCCTTCAGACAGAGGTCGAGCCTCACCGTGCACCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108729 AGTGTGGGAAGGCCTTCAGACAGAGGTCGAGCCTCACCGTGCACCAGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 ACCCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTGAGAAGTGTGGTGCAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108779 ACCCACACTGGGGAGAAGCCCTATGAATGTGAGAAGTGTGGTGCAGCTTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1533 CATTTCCAACTCACACCTCATGCGACACCATAGAACCCATCTTGTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108829 CATTTCCAACTCACACCTCATGCGACACCATAGAACCCATCTTGTTGAA