seq1 = pF1KB7803.tfa, 1509 bp
seq2 = pF1KB7803/gi568815591f_129557352.tfa (gi568815591f:129557352_129855178), 297827 bp

>pF1KB7803 1509
>gi568815591f:129557352_129855178 (Chr7)

1-223  (100001-100223)   100% ->
224-338  (114078-114192)   100% ->
339-465  (120281-120407)   100% ->
466-606  (133055-133195)   100% ->
607-765  (151724-151882)   100% ->
766-963  (153023-153220)   100% ->
964-1065  (154124-154225)   100% ->
1066-1223  (159868-160025)   100% ->
1224-1348  (169890-170014)   100% ->
1349-1509  (197667-197827)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAACACGGAGTGACCCAAACCGAACATATGGCTACCATAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGAACACGGAGTGACCCAAACCGAACATATGGCTACCATAGAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATGCAGTGGCCCAGCAAGTGCAGCAGGTCCATGTGGCTACTTACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACATGCAGTGGCCCAGCAAGTGCAGCAGGTCCATGTGGCTACTTACACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCATAGTATGCTGAGTGCTGATGAAGACTCGCCTTCTTCTCCCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCATAGTATGCTGAGTGCTGATGAAGACTCGCCTTCTTCTCCCGAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCTCTTACGATGACTCAGATATACTCAACTCCACAGCAGCTGATGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACCTCTTACGATGACTCAGATATACTCAACTCCACAGCAGCTGATGAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GACAGCTCATCTGGCAGCTGCAG         GTCCTGTGGGAATGGCCG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100201 GACAGCTCATCTGGCAGCTGCAGGTA...CAGGTCCTGTGGGAATGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGCTGCTGCTGTGGCAACAGGAAAGAAACGGAAACGGCCTCATGTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114096 CTGCTGCTGCTGTGGCAACAGGAAAGAAACGGAAACGGCCTCATGTATTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGTCTAATCCATCTATCCGGAAGAGGCAACAAACACGTTTGCTTCG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114146 GAGTCTAATCCATCTATCCGGAAGAGGCAACAAACACGTTTGCTTCGGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    339       GAAACTTCGAGCCACGTTAGATGAATATACTACTCGTGTGGGAC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114196 ...CAGGAAACTTCGAGCCACGTTAGATGAATATACTACTCGTGTGGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCAAGCTATTGTCCTCTGTATCTCACCCTCCAAACCTAACCCTGTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120325 AGCAAGCTATTGTCCTCTGTATCTCACCCTCCAAACCTAACCCTGTCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAAGTGTTTGGTGCAGCACCTTTGGAGAATGTG         GTGCGTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 120375 AAAGTGTTTGGTGCAGCACCTTTGGAGAATGTGGTA...CAGGTGCGTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTACAAGAGCATGATCCTGGAAGACCTGGAGTCTGCTCTGGCAGAACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133063 GTACAAGAGCATGATCCTGGAAGACCTGGAGTCTGCTCTGGCAGAACACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCCTGCGCCACAGGAGGTTAACTCAGAACTGCCGCCTCTCACCATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133113 CCCCTGCGCCACAGGAGGTTAACTCAGAACTGCCGCCTCTCACCATCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGAATTCCAGTCTCTGTGGACAAAATGACCCAG         GCCCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 133163 GGAATTCCAGTCTCTGTGGACAAAATGACCCAGGTG...CAGGCCCAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCGGGCATTTATCCCAGAGATGCTCAAGTACTCTACAGGTCGGGGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151732 TCGGGCATTTATCCCAGAGATGCTCAAGTACTCTACAGGTCGGGGAAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGGCTGGGGGAAAGAAAGCTGCAAGCCCATCTGGTGGCCTGAAGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151782 CAGGCTGGGGGAAAGAAAGCTGCAAGCCCATCTGGTGGCCTGAAGATATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCTGGGCAAATGTCCGGAGTGATGTCCGCACAGAAGAGCAAAAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151832 CCCTGGGCAAATGTCCGGAGTGATGTCCGCACAGAAGAGCAAAAGCAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 G         GTTTCATGGACCCAGGCACTACGGACCATAGTTAAAAACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151882 GGTG...CAGGTTTCATGGACCCAGGCACTACGGACCATAGTTAAAAACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTTATAAACAGCATGGGCGGGAAGACCTTTTGTATGCCTTTGAAGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153063 GTTATAAACAGCATGGGCGGGAAGACCTTTTGTATGCCTTTGAAGATCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAAACGCAAACACAGGCCACAGCCACACATAGTATAGCTCATCTTGTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153113 CAAACGCAAACACAGGCCACAGCCACACATAGTATAGCTCATCTTGTACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATCACAGACTGTAGTCCAGACTTTTAGTAACCCTGATGGCACTGTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153163 ATCACAGACTGTAGTCCAGACTTTTAGTAACCCTGATGGCACTGTCTCAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTATCCAG         GTTGGTACGGGGGCAACAGTAGCCACATTGGCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 153213 TTATCCAGGTG...TAGGTTGGTACGGGGGCAACAGTAGCCACATTGGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATGCTTCAGAATTGCCAACCACGGTCACCGTTGCCCAAGTGAATTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154157 GATGCTTCAGAATTGCCAACCACGGTCACCGTTGCCCAAGTGAATTATTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCCGTGGCTGATGGAGAG         GTGGAACAAAATTGGGCCACGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 154207 TGCCGTGGCTGATGGAGAGGTA...CAGGTGGAACAAAATTGGGCCACGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TACAGGGAGGTGAGATGACCATCCAGACGACGCAAGCATCAGAGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159890 TACAGGGAGGTGAGATGACCATCCAGACGACGCAAGCATCAGAGGCCACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CAGGCGGTGGCATCGTTGGCAGAGGCCGCAGTGGCAGCTTCTCAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159940 CAGGCGGTGGCATCGTTGGCAGAGGCCGCAGTGGCAGCTTCTCAGGAGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 GCAGCAGGGAGCTACAGTCACTATGGCGCTTAACAG         CGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 159990 GCAGCAGGGAGCTACAGTCACTATGGCGCTTAACAGGTG...CAGCGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGCCGCCCATGCTGTCGCCACCCTGGCTGAGGCCACCTTACAAGGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169895 CTGCCGCCCATGCTGTCGCCACCCTGGCTGAGGCCACCTTACAAGGTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGACAGATCGTCTTGTCTGGGGAAACCGCAGCAGCCGTCGGAGCACTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169945 GGACAGATCGTCTTGTCTGGGGAAACCGCAGCAGCCGTCGGAGCACTTAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGGAGTCCAAGATGCTAATG         GCCTGGTCCAGATCCCTGTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 169995 TGGAGTCCAAGATGCTAATGGTA...CAGGCCTGGTCCAGATCCCTGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCATGTACCAGACTGTGGTGACCAGCCTCGCCCAGGGCAACGGACCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197688 GCATGTACCAGACTGTGGTGACCAGCCTCGCCCAGGGCAACGGACCAGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CAGGTGGCCATGGCCCCTGTGACCACCAGGATATCAGACAGCGCAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197738 CAGGTGGCCATGGCCCCTGTGACCACCAGGATATCAGACAGCGCAGTCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CATGGACGGCCAAGCTGTGGAGGTGGTGACATTGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197788 CATGGACGGCCAAGCTGTGGAGGTGGTGACATTGGAACAG