seq1 = pF1KB7794.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB7794/gi568815587f_46178112.tfa (gi568815587f:46178112_46420529), 242418 bp

>pF1KB7794 1557
>gi568815587f:46178112_46420529 (Chr11)

1-102  (100001-100102)   100% ->
103-331  (121824-122052)   100% ->
332-516  (129705-129889)   100% ->
517-595  (131878-131956)   100% ->
596-753  (132921-133078)   100% ->
754-903  (134214-134363)   100% ->
904-962  (134501-134559)   100% ->
963-1031  (134740-134808)   100% ->
1032-1131  (138175-138274)   100% ->
1132-1258  (139250-139376)   100% ->
1259-1523  (142153-142417)   100% ->
1524-1557  (142599-142632)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACGCCGTCTTGGAACCCTTCCCGGCCGACAGGCTGTTCCCCGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACGCCGTCTTGGAACCCTTCCCGGCCGACAGGCTGTTCCCCGGATC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTTCCTGGACTTGGGGGATCTGAACGAGTCGGACTTCCTCAACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTTCCTGGACTTGGGGGATCTGAACGAGTCGGACTTCCTCAACAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CG         CACTTTCCTGAGCACCTGGACCACTTTACGGAGAACATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGTA...TAGCACTTTCCTGAGCACCTGGACCACTTTACGGAGAACATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGGACTTCTCCAATGACCTGTTCAGCAGCTTCTTTGATGACCCTGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121863 GAGGACTTCTCCAATGACCTGTTCAGCAGCTTCTTTGATGACCCTGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGATGAGAAGAGCCCTCTATTGGACATGGAACTGGACTCCCCTACGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121913 GGATGAGAAGAGCCCTCTATTGGACATGGAACTGGACTCCCCTACGCCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATCCAGGCGGAGCACAGCTACTCCCTGAGCGGCGACTCAGCGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121963 GCATCCAGGCGGAGCACAGCTACTCCCTGAGCGGCGACTCAGCGCCCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGCCCCCTTGTGCCCATCAAGATGGAGGACACCACCCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 122013 AGCCCCCTTGTGCCCATCAAGATGGAGGACACCACCCAAGGTA...TAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGCAGAGCATGGAGCATGGGCGCTGGGACACAAACTGTGCTCCATCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129706 TGCAGAGCATGGAGCATGGGCGCTGGGACACAAACTGTGCTCCATCATGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGAAGCAGGAGCAGAGCCCGGAGCTGCCCGTGGACCCTCTGGCTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129756 TGAAGCAGGAGCAGAGCCCGGAGCTGCCCGTGGACCCTCTGGCTGCCCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCGGCCATGGCTGCCGCGGCCGCCATGGCCACCACCCCGCTGCTGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129806 TCGGCCATGGCTGCCGCGGCCGCCATGGCCACCACCCCGCTGCTGGGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAGCCCCTTGTCCAGGCTGCCCATCCCCCACCAG         GCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 129856 CAGCCCCTTGTCCAGGCTGCCCATCCCCCACCAGGTG...CAGGCCCCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GAGAGATGACTCAGCTGCCAGTGATCAAAGCAGAGCCTCTGGAGGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131885 GAGAGATGACTCAGCTGCCAGTGATCAAAGCAGAGCCTCTGGAGGTGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTTCCTCAAAGTGACACCGG         AGGACCTGGTGCAGATGCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 131935 CAGTTCCTCAAAGTGACACCGGGTA...CAGAGGACCTGGTGCAGATGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCGACGCCCCCCAGCAGCCATGGCAGTGACAGCGACGGCTCCCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132940 TCCGACGCCCCCCAGCAGCCATGGCAGTGACAGCGACGGCTCCCAGAGTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCGCTCTCTGCCCCCCTCCAGCCCTGTCAGGCCCATGGCGCGCTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132990 CCCGCTCTCTGCCCCCCTCCAGCCCTGTCAGGCCCATGGCGCGCTCCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACGGCCATCTCCACCTCCCCACTCCTCACTGCCCCTCAC         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 133040 ACGGCCATCTCCACCTCCCCACTCCTCACTGCCCCTCACGTA...CAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTACAGGGGACATCAGGGCCACTGCTCCTGACAGAGGAGGAGAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134216 ATTACAGGGGACATCAGGGCCACTGCTCCTGACAGAGGAGGAGAAGCGGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCTGATTGCTGAGGGCTACCCCATCCCCACAAAACTCCCCCTCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134266 CCCTGATTGCTGAGGGCTACCCCATCCCCACAAAACTCCCCCTCACCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCGAGGAGAAGGCCTTGAAGAGAGTCCGGAGGAAAATCAAGAACAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 134316 GCCGAGGAGAAGGCCTTGAAGAGAGTCCGGAGGAAAATCAAGAACAAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    904        ATCTCAGCCCAGGAGAGCCGTCGTAAGAAGAAGGAGTATGTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134366 A...TAGATCTCAGCCCAGGAGAGCCGTCGTAAGAAGAAGGAGTATGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGTGTCTAGAAAAGAA         GGTGGAGACATTTACATCTGAGAAC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 134544 AGTGTCTAGAAAAGAAGTA...CAGGGTGGAGACATTTACATCTGAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATGAACTGTGGAAGAAGGTGGAGACCCTGGAGAATGCCAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134765 AATGAACTGTGGAAGAAGGTGGAGACCCTGGAGAATGCCAACAGGTG...

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1032    GACCCTGCTCCAGCAGCTGCAGAAACTCCAGACTCTGGTCACCAACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138172 CAGGACCCTGCTCCAGCAGCTGCAGAAACTCCAGACTCTGGTCACCAACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGATCTCCAGACCTTACAAGATGGCCGCCACCCAGACTGGGACCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138222 AGATCTCCAGACCTTACAAGATGGCCGCCACCCAGACTGGGACCTGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ATG         GTGGCAGCCTTGTGCTTTGTTCTGGTGCTGGGCTCCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138272 ATGGTA...CAGGTGGCAGCCTTGTGCTTTGTTCTGGTGCTGGGCTCCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGTGCCCTGCCTTCCCGAGTTCTCCTCCGGCTCCCAGACTGTGAAGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139288 CGTGCCCTGCCTTCCCGAGTTCTCCTCCGGCTCCCAGACTGTGAAGGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACCCCCTGGCCGCAGACGGCGTCTACACGGCCAGCCAGA         TG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 139338 ACCCCCTGGCCGCAGACGGCGTCTACACGGCCAGCCAGAGTG...CAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CCCTCCCGAAGCCTCCTATTCTACGATGACGGGGCAGGCTTATGGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142155 CCCTCCCGAAGCCTCCTATTCTACGATGACGGGGCAGGCTTATGGGAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TGGCCGCAGCACCCTGCTGCCCATGGAGCCCCCAGATGGCTGGGAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142205 TGGCCGCAGCACCCTGCTGCCCATGGAGCCCCCAGATGGCTGGGAAATCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 ACCCCGGGGGGCCGGCAGAGCAGCGGCCCCGGGACCACCTGCAGCATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142255 ACCCCGGGGGGCCGGCAGAGCAGCGGCCCCGGGACCACCTGCAGCATGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CACCTGGACAGCACCCACGAGACCACCAAGTACCTGAGTGAGGCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142305 CACCTGGACAGCACCCACGAGACCACCAAGTACCTGAGTGAGGCCTGGCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TAAAGACGGTGGAAACGGCACCAGCCCCGACTTCTCCCACTCCAAGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142355 TAAAGACGGTGGAAACGGCACCAGCCCCGACTTCTCCCACTCCAAGGAGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GGTTCCACGACAG         GGATCTGGGCCCCAACACCACCATCAAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 142405 GGTTCCACGACAGGTG...CAGGGATCTGGGCCCCAACACCACCATCAAA

   1650     .
   1552 CTCTCC
        ||||||
 142627 CTCTCC