seq1 = pF1KB7792.tfa, 1557 bp
seq2 = pF1KB7792/gi568815591f_50219062.tfa (gi568815591f:50219062_50500624), 281563 bp

>pF1KB7792 1557
>gi568815591f:50219062_50500624 (Chr7)

1-40  (100001-100040)   100% ->
41-160  (108577-108696)   100% ->
161-421  (157472-157732)   100% ->
422-589  (163479-163646)   100% ->
590-715  (168284-168409)   100% ->
716-850  (172668-172802)   100% ->
851-1557  (180857-181563)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCTGATGAGGGTCAAGACATGTCCCAAGTTTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100001 ATGGATGCTGATGAGGGTCAAGACATGTCCCAAGTTTCAGGTG...CAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAGGAAAGCCCCCCTGTAAGCGATACTCCAGATGAGGGCGATGAGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108578 GAAGGAAAGCCCCCCTGTAAGCGATACTCCAGATGAGGGCGATGAGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCCGATCCCCGAGGACCTCTCCACCACCTCGGGAGGACAGCAAAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108628 TGCCGATCCCCGAGGACCTCTCCACCACCTCGGGAGGACAGCAAAGCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAGTGACAGAGTCGTGG         CCAGTAATGTTAAAGTAGAGAC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 108678 AAGAGTGACAGAGTCGTGGGTA...CAGCCAGTAATGTTAAAGTAGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCAGAGTGATGAAGAGAATGGGCGTGCCTGTGAAATGAATGGGGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157494 TCAGAGTGATGAAGAGAATGGGCGTGCCTGTGAAATGAATGGGGAAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGCGGAGGATTTACGAATGCTTGATGCCTCGGGAGAGAAAATGAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157544 GTGCGGAGGATTTACGAATGCTTGATGCCTCGGGAGAGAAAATGAATGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCCACAGGGACCAAGGCAGCTCGGCTTTGTCGGGAGTTGGAGGCATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157594 TCCCACAGGGACCAAGGCAGCTCGGCTTTGTCGGGAGTTGGAGGCATTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTCCTAACGGAAAACTAAAGTGTGATATCTGTGGGATCATTTGCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157644 ACTTCCTAACGGAAAACTAAAGTGTGATATCTGTGGGATCATTTGCATCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCCCAATGTGCTCATGGTTCACAAAAGAAGCCACACTG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 157694 GGCCCAATGTGCTCATGGTTCACAAAAGAAGCCACACTGGTA...CAGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACGGCCCTTCCAGTGCAATCAGTGCGGGGCCTCATTCACCCAGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163481 GAACGGCCCTTCCAGTGCAATCAGTGCGGGGCCTCATTCACCCAGAAGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACCTGCTCCGGCACATCAAGCTGCATTCCGGGGAGAAGCCCTTCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163531 CAACCTGCTCCGGCACATCAAGCTGCATTCCGGGGAGAAGCCCTTCAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCACCTCTGCAACTACGCCTGCCGCCGGAGGGACGCCCTCACTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163581 GCCACCTCTGCAACTACGCCTGCCGCCGGAGGGACGCCCTCACTGGCCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CTGAGGACGCACTCCG         TTGGTAAACCTCACAAATGTGGATA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 163631 CTGAGGACGCACTCCGGTA...CAGTTGGTAAACCTCACAAATGTGGATA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTGTGGCCGAAGCTATAAACAGCGAAGCTCTTTAGAGGAACATAAAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168309 TTGTGGCCGAAGCTATAAACAGCGAAGCTCTTTAGAGGAACATAAAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTGCCACAACTACTTGGAAAGCATGGGCCTTCCGGGCACACTGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168359 GCTGCCACAACTACTTGGAAAGCATGGGCCTTCCGGGCACACTGTACCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         TCATTAAAGAAGAAACTAATCACAGTGAAATGGCAGAAGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168409 GGTA...TAGTCATTAAAGAAGAAACTAATCACAGTGAAATGGCAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTGTGCAAGATAGGATCAGAGAGATCTCTCGTGCTGGACAGACTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172708 CCTGTGCAAGATAGGATCAGAGAGATCTCTCGTGCTGGACAGACTAGCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTAACGTCGCCAAACGTAAGAGCTCTATGCCTCAGAAATTTCTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 172758 GTAACGTCGCCAAACGTAAGAGCTCTATGCCTCAGAAATTTCTTGGTA..

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851     GGGACAAGGGCCTGTCCGACACGCCCTACGACAGCAGCGCCAGCTA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172808 .CAGGGGACAAGGGCCTGTCCGACACGCCCTACGACAGCAGCGCCAGCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGAAGGAGAACGAAATGATGAAGTCCCACGTGATGGACCAAGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180903 CGAGAAGGAGAACGAAATGATGAAGTCCCACGTGATGGACCAAGCCATCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACAACGCCATCAACTACCTGGGGGCCGAGTCCCTGCGCCCGCTGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180953 ACAACGCCATCAACTACCTGGGGGCCGAGTCCCTGCGCCCGCTGGTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACGCCCCCGGGCGGTTCCGAGGTGGTCCCGGTCATCAGCCCGATGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181003 ACGCCCCCGGGCGGTTCCGAGGTGGTCCCGGTCATCAGCCCGATGTACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCTGCACAAGCCGCTCGCGGAGGGCACCCCGCGCTCCAACCACTCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181053 GCTGCACAAGCCGCTCGCGGAGGGCACCCCGCGCTCCAACCACTCGGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGGACAGCGCCGTGGAGAACCTGCTGCTGCTCTCCAAGGCCAAGTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181103 AGGACAGCGCCGTGGAGAACCTGCTGCTGCTCTCCAAGGCCAAGTTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CCCTCGGAGCGCGAGGCGTCCCCGAGCAATAGCTGCCAAGACTCCACGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 181153 CCCTCGGAGCGCGAGGCGTCCCCGAGCAACAGCTGCCAAGACTCCACGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 CACCGAGAGCAACAACGAGGAGCAGCGCAGCGGTCTCATCTACCTGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181203 CACCGAGAGCAACAACGAGGAGCAGCGCAGCGGTCTCATCTACCTGACCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACCACATCGCCCCGCACGCGCGCAACGGGCTGTCGCTCAAGGAGGAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181253 ACCACATCGCCCCGCACGCGCGCAACGGGCTGTCGCTCAAGGAGGAGCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CGCGCCTACGACCTGCTGCGCGCCGCCTCCGAGAACTCGCAGGACGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181303 CGCGCCTACGACCTGCTGCGCGCCGCCTCCGAGAACTCGCAGGACGCGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CCGCGTGGTCAGCACCAGCGGGGAGCAGATGAAGGTGTACAAGTGCGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181353 CCGCGTGGTCAGCACCAGCGGGGAGCAGATGAAGGTGTACAAGTGCGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 ACTGCCGGGTGCTCTTCCTGGATCACGTCATGTACACCATCCACATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181403 ACTGCCGGGTGCTCTTCCTGGATCACGTCATGTACACCATCCACATGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TGCCACGGCTTCCGTGATCCTTTTGAGTGCAACATGTGCGGCTACCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181453 TGCCACGGCTTCCGTGATCCTTTTGAGTGCAACATGTGCGGCTACCACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 CCAGGACCGGTACGAGTTCTCGTCGCACATAACGCGAGGGGAGCACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181503 CCAGGACCGGTACGAGTTCTCGTCGCACATAACGCGAGGGGAGCACCGCT

   1600     .    :
   1547 TCCACATGAGC
        |||||||||||
 181553 TCCACATGAGC