seq1 = pF1KB7790.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KB7790/gi568815587f_6832273.tfa (gi568815587f:6832273_7056528), 224256 bp

>pF1KB7790 1551
>gi568815587f:6832273_7056528 (Chr11)

1-400  (100001-100400)   99% ->
401-483  (109299-109381)   100% ->
484-616  (110811-110943)   100% ->
617-712  (111274-111369)   100% ->
713-1551  (123418-124256)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGCCTCTGAGCAAGTTGATGGCTATCTCAAAACCTCGAAACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGCCTCTGAGCAAGTTGATGGCTATCTCAAAACCTCGAAACCTGTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTACGTGAACAAAGAGAGGTTCTGAGAGCAGATATGTCTTGGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTACGTGAACAAAGAGAGGTTCTGAGAGCAGATATGTCTTGGCAGCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAACCAACCCCGTCGTGGAGACACATGACTCTGAGGCATCTCGTCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAACCAACCCCGTCGTGGAGACACATGACTCTGAGGCATCTCGTCAAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAGACATTTCCAGTATTTGAAAGTGTCTGGGCCCCATGAAGCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAGACATTTCCAGTATTTGAAAGTGTCTGGGCCCCATGAAGCCCTGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAACTCTGGGAGCTCTGTCTTCAATGGCTGAGACCAGAGATTCATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCAACTCTGGGAGCTCTGTCTTCAATGGCTGAGACCAGAGATTCATACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAAGCAGATTATAGAACTGTTGGTGCTGGAACAATTCCTGGCAATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAAGCAGATTATAGAACTGTTGGTGCTGGAACAATTCCTGGCAATCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCTGAAGAAGTCAGGACTTGGGTGAATTTACAACATCCAAACAACAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCTGAAGAAGTCAGGACTTGGGTGAATTTACAACATCCAAACAACAGTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGATGTGGTGACCCTCATAGAAGATGTGATTGAAATGCTTGAAGATGAAG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGATATGGTGACCCTCATAGAAGATGTGATTGAAATGCTTGAAGATGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401          ATATGCCCTGCAAGGACTCTGCCCTGCAGATGGGGAGCATC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GTA...CAGATATGCCCTGCAAGGACTCTGCCCTGCAGATGGGGAGCATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGGAGAAAATGAAAGCTGGCTCACGAACAGGCAAACCACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109340 AAGGAGAAAATGAAAGCTGGCTCACGAACAGGCAAACCACAGGTG...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484  GAACCAGTGACATTCAAAGATGTGGTTGTGGAATTCAGCAAGGAAGAGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110810 GGAACCAGTGACATTCAAAGATGTGGTTGTGGAATTCAGCAAGGAAGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGGGCAACTGGACTCTGCTGTAAAGAACCTGTACAGGAATGTGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110860 GGGGGCAACTGGACTCTGCTGTAAAGAACCTGTACAGGAATGTGATGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAAACTTTAGGAACCTGAATTCATTGCGTAAAG         CACATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110910 GAAAACTTTAGGAACCTGAATTCATTGCGTAAAGGTG...CAGCACATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACTTTCCAAACCATTTGAGAGCCTTAAGTTGGAGAGTAAGAAAAAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111281 ACTTTCCAAACCATTTGAGAGCCTTAAGTTGGAGAGTAAGAAAAAAAGAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GGATAATGGAGAAAGAAATACCAAGGAAGACTATTTTTG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111331 GGATAATGGAGAAAGAAATACCAAGGAAGACTATTTTTGGTA...TAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATGAAGAGTATTTCTGGAGAAGAATCATCCCATGGAGTGATTATGACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123420 ATGAAGAGTATTTCTGGAGAAGAATCATCCCATGGAGTGATTATGACAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTTACCGAAAGTGGTCACCCTTCTTCAGATGCCTGGAAAGGTGAGAATT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123470 GCTTACCGAAAGTGGACACCCTTCTTCAGATGCCTGGAAAGGTGAGAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GGTTATATAGGAACCAGAAAAAATGGGACATAAATTTGCCACAAGAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123520 GGTTATATAGGAACCAGAAAAAATGGGACATAAATTTGCCACAAGAGGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCATTCCTGAGACAATTTACACTGAGGAGGAAGATTTTGAATGTAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123570 TTCATTCCTGAGACAATTTACACTGAGGAGGAAGATTTTGAATGTAGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AAATAAGAAAAGCTTTGATATTAATTCAGTTAGCTCAATTTGTGCTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123620 AAATAAGAAAAGCTTTGATATTAATTCAGTTAGCTCAATTTGTGCTATAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAGTGGGAATTCCTTCAAGAAAGGGGTCTCCAAAATGTGATAAGTTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123670 AAGTGGGAATTCCTTCAAGAAAGGGGTCTCCAAAATGTGATAAGTTTAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 ACTTACTTCAAATTTAATTTAGACTCAGTAGGTAAGCAACATTCAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123720 ACTTACTTCAAATTTAATTTAGACTCAGTAGGTAAGCAACATTCAGAATA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGAATATGGGAATGACTTGAGTTTGAGTACAGATATTCGACACCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123770 TGAATATGGGAATGACTTGAGTTTGAGTACAGATATTCGACACCAAAAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTCATACTACAATGAATTCCTATGAATGTTATCAATGTGGGAAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123820 GTCATACTACAATGAATTCCTATGAATGTTATCAATGTGGGAAAGCCTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TGCCGAAGTTCATCCCTTATTCGACATCAGATCATTCACACAGGAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123870 TGCCGAAGTTCATCCCTTATTCGACATCAGATCATTCACACAGGAGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 ACCCTATAAATGCAGTGAATGTGGGAGATTCTTCAACCGACGTACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123920 ACCCTATAAATGCAGTGAATGTGGGAGATTCTTCAACCGACGTACAAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 TTACTAAGCATCAAAAACTTCATGCTGAAGCAAAGGCCTGCACAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123970 TTACTAAGCATCAAAAACTTCATGCTGAAGCAAAGGCCTGCACAAGCAAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 AAATGTGGAAAGGCCTTCAGTAAAAGTGAAGACAGTAATAATCCAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124020 AAATGTGGAAAGGCCTTCAGTAAAAGTGAAGACAGTAATAATCCAACACT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCATTTTGGAAACAATTTCTATCAATGTGTTAACTGTGGAAAATCCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124070 CCATTTTGGAAACAATTTCTATCAATGTGTTAACTGTGGAAAATCCTTCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 ACCGGAGCTCCTCTCTTATTCGACACCAAATGATTCACACGGGAGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124120 ACCGGAGCTCCTCTCTTATTCGACACCAAATGATTCACACGGGAGAGAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CCATTCAAATGTAAGGAATGTAGTAAAGCCTTCAACAGGAGTTCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124170 CCATTCAAATGTAAGGAATGTAGTAAAGCCTTCAACAGGAGTTCAAACCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1515 TGTTAAACATCAAAAACTGCATACTCGAGATAAGTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124220 TGTTAAACATCAAAAACTGCATACTCGAGATAAGTCC