seq1 = pF1KB7789.tfa, 1374 bp
seq2 = pF1KB7789/gi568815582f_31017682.tfa (gi568815582f:31017682_31231256), 213575 bp

>pF1KB7789 1374
>gi568815582f:31017682_31231256 (Chr16)

1-211  (100001-100211)   100% ->
212-286  (102505-102579)   100% ->
287-462  (102658-102833)   100% ->
463-516  (109354-109407)   100% ->
517-681  (109508-109672)   100% ->
682-771  (110369-110458)   100% ->
772-912  (112336-112476)   100% ->
913-1006  (112586-112679)   100% ->
1007-1157  (112775-112925)   98% ->
1158-1312  (113065-113219)   100% ->
1313-1374  (113514-113575)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCACAGGGAGCTGCTGCGGCGGTTGCGGCGGGGACTTCAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCACAGGGAGCTGCTGCGGCGGTTGCGGCGGGGACTTCAGGGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCGGGGGAGGGCGAGCCCGGGCCCGGGGAGAATGCGGCCGCTGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCGGGGGAGGGCGAGCCCGGGCCCGGGGAGAATGCGGCCGCTGAGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGCCCCATCCCCGGGCCGCGTCTCTCCGCCGACCCCGGCGCGCGGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGCCCCATCCCCGGGCCGCGTCTCTCCGCCGACCCCGGCGCGCGGCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGAAGTCACGGTGGAGATCGGAGAAACGTACCTGTGCCGGCGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGAAGTCACGGTGGAGATCGGAGAAACGTACCTGTGCCGGCGACCGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAGCACCTGGC         ATTCTGCTGAAGTGATCCAGTCTCGAGTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAGCACCTGGCGTG...CAGATTCTGCTGAAGTGATCCAGTCTCGAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGACCAGGAGGGCCGAGAGGAATTCTATGTACACTACGTGGGCT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102535 ACGACCAGGAGGGCCGAGAGGAATTCTATGTACACTACGTGGGCTGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     TTAACCGGCGGCTGGACGAGTGGGTAGACAAGAACCGGCTGGCGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102585 .CAGTTAACCGGCGGCTGGACGAGTGGGTAGACAAGAACCGGCTGGCGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACCAAGACAGTGAAGGATGCTGTACAGAAGAACTCAGAGAAGTACCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102704 GACCAAGACAGTGAAGGATGCTGTACAGAAGAACTCAGAGAAGTACCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGAGCTCGCAGAGCAGCCTGAGCGCAAGATCACTCGCAACCAAAAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102754 GCGAGCTCGCAGAGCAGCCTGAGCGCAAGATCACTCGCAACCAAAAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AAGCATGATGAGATCAACCATGTGCAGAAG         ACTTATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 102804 AAGCATGATGAGATCAACCATGTGCAGAAGGTC...CAGACTTATGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GATGGACCCCACCACAGCAGCCTTGGAGAAGGAGCATGAGGCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 109365 GATGGACCCCACCACAGCAGCCTTGGAGAAGGAGCATGAGGCGGTA...C

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    517   ATCACCAAGGTGAAGTATGTGGACAAGATCCACATCGGGAACTACGAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109506 AGATCACCAAGGTGAAGTATGTGGACAAGATCCACATCGGGAACTACGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGATGCCTGGTATTTCTCACCATTCCCCGAAGACTATGGGAAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109556 ATTGATGCCTGGTATTTCTCACCATTCCCCGAAGACTATGGGAAACAGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAAGCTCTGGCTCTGCGAGTACTGCCTCAAGTACATGAAATATGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109606 CAAGCTCTGGCTCTGCGAGTACTGCCTCAAGTACATGAAATATGAGAAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTACCGCTTCCACTTG         GGTCAGTGCCAGTGGCGGCAGCCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109656 GCTACCGCTTCCACTTGGTG...CAGGGTCAGTGCCAGTGGCGGCAGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCGGGAAAGAGATCTACCGCAAGAGCAACATCTCCGTGTACGAAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110393 CCCGGGAAAGAGATCTACCGCAAGAGCAACATCTCCGTGTACGAAGTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGGCAAAGACCATAAG         ATTTACTGTCAGAACCTGTGTCTGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110443 TGGCAAAGACCATAAGGTG...TAGATTTACTGTCAGAACCTGTGTCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGCCAAGCTTTTCCTGGACCATAAGACACTGTACTTTGACGTGGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112361 TGGCCAAGCTTTTCCTGGACCATAAGACACTGTACTTTGACGTGGAGCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTCGTCTTTTACATCCTGACTGAGGTGGACCGGCAGGGGGCCCACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112411 TTCGTCTTTTACATCCTGACTGAGGTGGACCGGCAGGGGGCCCACATTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGCTACTTCTCCAAG         GAGAAGGAGTCCCCGGATGGAAACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112461 TGGCTACTTCTCCAAGGTG...CAGGAGAAGGAGTCCCCGGATGGAAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTGGCCTGCATCCTGACCTTGCCCCCCTACCAACGCCGCGGCTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112611 ATGTGGCCTGCATCCTGACCTTGCCCCCCTACCAACGCCGCGGCTACGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGTTCCTCATCGCTTTCA         GTTATGAGCTCTCCAAGCTGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 112661 AAGTTCCTCATCGCTTTCAGTG...CAGGTTATGAGCTCTCCAAGCTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAGCACAGTCGGCTCCCCGGAGAAGCCGCTGTCTGACCTGGGCAAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 112797 GAGCACAGTCGGCTCCCCGGAGAAGCCACTGTCTGACCTGGGCAAGCTCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCTACCGCAGCTACTGGTCCTGGGTGCTGCTGGAGATCCTGCGGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 112847 GCTACCGCAGCTACTGGTCCTGGGTGCTGCTAGAGATCCTGCGGGACTTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CGGGGCACACTGTCCATCAAGGACCTCAG         CCAGATGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112897 CGGGGCACACTGTCCATCAAGGACCTCAGGTG...CAGCCAGATGACCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TATCACCCAAAATGACATCATCAGTACCCTGCAATCCCTCAATATGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113077 TATCACCCAAAATGACATCATCAGTACCCTGCAATCCCTCAATATGGTCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGTACTGGAAGGGCCAGCACGTGATCTGTGTCACACCCAAGCTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113127 AGTACTGGAAGGGCCAGCACGTGATCTGTGTCACACCCAAGCTGGTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GAGCACCTCAAAAGTGCCCAGTATAAGAAACCACCCATCACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 113177 GAGCACCTCAAAAGTGCCCAGTATAAGAAACCACCCATCACAGGTG...C

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1313   TGGACTCCGTCTGCCTCAAGTGGGCACCCCCCAAGCACAAGCAAGTCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113512 AGTGGACTCCGTCTGCCTCAAGTGGGCACCCCCCAAGCACAAGCAAGTCA

   1450     .    :
   1361 AGCTCTCCAAGAAG
        ||||||||||||||
 113562 AGCTCTCCAAGAAG