seq1 = pF1KB7788.tfa, 1542 bp
seq2 = pF1KB7788/gi568815591f_107079894.tfa (gi568815591f:107079894_107300302), 220409 bp

>pF1KB7788 1542
>gi568815591f:107079894_107300302 (Chr7)

1-169  (100001-100169)   100% ->
170-398  (102480-102708)   100% ->
399-540  (105908-106049)   100% ->
541-652  (106468-106579)   100% ->
653-765  (106676-106788)   100% ->
766-922  (109399-109555)   100% ->
923-1067  (110280-110424)   100% ->
1068-1385  (115941-116258)   100% ->
1386-1527  (120267-120408)   100% ->
1528-1542  (121521-121535)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGGGAAGTGAAGACAAATCAGATGCCTAATGCAGTACAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGTGGGAAGTGAAGACAAATCAGATGCCTAATGCAGTACAGAAACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGTTGGTGATGGACAAGAGAGCCTCAGGAATGAATGACTCATTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGTTGGTGATGGACAAGAGAGCCTCAGGAATGAATGACTCATTGGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGCAGTGTAATGAGAATTTGCCATCTTCACCTGGATATAACTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGCAGTGTAATGAGAATTTGCCATCTTCACCTGGATATAACTCCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GATGAACACATGGAGCTTG         ATGACCTTCCTGAACTTCAGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100151 GATGAACACATGGAGCTTGGTA...CAGATGACCTTCCTGAACTTCAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTTCAAAGTGATCCTACCCAATCTGGCATGTACCAGCTGAGTTCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102502 AGTTCAAAGTGATCCTACCCAATCTGGCATGTACCAGCTGAGTTCAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTTCACATCAAGAATACCCAAGATCATCTTGGAACCAAAATACCTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102552 TTTCACATCAAGAATACCCAAGATCATCTTGGAACCAAAATACCTCAGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATACCAGAAACTACTTACCGTGAAAATGAGGTGGACTGGCTAACAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 ATACCAGAAACTACTTACCGTGAAAATGAGGTGGACTGGCTAACAGAATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGCAAATATCGCGACCAGTCCACAAAGTCCACTGATGCAGTGCTCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102652 GGCAAATATCGCGACCAGTCCACAAAGTCCACTGATGCAGTGCTCATTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACAATAG         ATCATCTCCTGTACACATCATAGCCACTAGCAAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102702 ACAATAGGTA...TAGATCATCTCCTGTACACATCATAGCCACTAGCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AGTTTACATTCCTATGCACGCCCTCCACCAGTGTCCTCTTCTTCGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105942 AGTTTACATTCCTATGCACGCCCTCCACCAGTGTCCTCTTCTTCGAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGAACCAGCCTTCCCTCATCACCATTGGAAGGAGGAAACACCAGTAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105992 TGAACCAGCCTTCCCTCATCACCATTGGAAGGAGGAAACACCAGTAAGAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACGAAAGG         GCAAATAGTGAGTCAGAATCTGGCATTTTCTGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 106042 ACGAAAGGGTA...TAGGCAAATAGTGAGTCAGAATCTGGCATTTTCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ATGTCCTCCCTGTCAGATGATGATGATTTGGGATGGTGCAATTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106501 ATGTCCTCCCTGTCAGATGATGATGATTTGGGATGGTGCAATTCCTGGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTCAACTGTCTGGCACTGTTTTTTGAAAG         GCACACGACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 106551 TTCAACTGTCTGGCACTGTTTTTTGAAAGGTA...TAGGCACACGACTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCTTTCATAAGGGAAGCAATAAGGAATGGCAAGATGTTGAAGATTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106688 GCTTTCATAAGGGAAGCAATAAGGAATGGCAAGATGTTGAAGATTTTGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGAGCTGAAGGCTGTGATAATGAGGAAGATCTTCAAATGGGCATTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106738 AGAGCTGAAGGCTGTGATAATGAGGAAGATCTTCAAATGGGCATTCACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 G         GGCTATGGTTCTGATGGTCTAAAGTTGTTATCACATGAAG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106788 GGTT...CAGGGCTATGGTTCTGATGGTCTAAAGTTGTTATCACATGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAAGTGTATCATTTGGCGAGTCTGTACTGAAGTTGACTTTTGATCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109439 AAAGTGTATCATTTGGCGAGTCTGTACTGAAGTTGACTTTTGATCCTGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACAGTAGAAGATGGTTTACTTACCGTAGAGTGTAAGCTGGACCACCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109489 ACAGTAGAAGATGGTTTACTTACCGTAGAGTGTAAGCTGGACCACCCTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTATGTTAAAAATAAAG         GTTGGTCATCATTTTATCCAAGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109539 CTATGTTAAAAATAAAGGTA...TAGGTTGGTCATCATTTTATCCAAGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGACTGTGGTACAGCATGGCATTCCATGTTGTGAAGTTCATATTGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110304 TGACTGTGGTACAGCATGGCATTCCATGTTGTGAAGTTCATATTGGCGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTATGTCTACCTCCTGGACACCCCGATGCCATTAATTTTGATGATTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110354 GTATGTCTACCTCCTGGACACCCCGATGCCATTAATTTTGATGATTCAGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGTTTTTGATACATTTAAAAG         CTATGACTTCACACCTATGG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 110404 TGTTTTTGATACATTTAAAAGGTA...TAGCTATGACTTCACACCTATGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATTCTTCTGCAGTTTATGTGTTAAGTAGTATGGCTCGCCAGCGTCGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115961 ATTCTTCTGCAGTTTATGTGTTAAGTAGTATGGCTCGCCAGCGTCGTGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TCTTTGTCTTGTGGAGGACCTGGTGGTCAAGACTTTGCAAGATCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116011 TCTTTGTCTTGTGGAGGACCTGGTGGTCAAGACTTTGCAAGATCTGGATT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAGTAAAAACTGTGGCTCACCTGGATCATCACAGCTCTCTTCCAATTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116061 CAGTAAAAACTGTGGCTCACCTGGATCATCACAGCTCTCTTCCAATTCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGTATGCTAAAGCTGTCAAAAACCACAGCTCAGGGACTGTGAGTGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116111 TGTATGCTAAAGCTGTCAAAAACCACAGCTCAGGGACTGTGAGTGCCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 TCTCCTAATAAGTGCAAAAGACCAATGAATGCCTTCATGCTTTTTGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116161 TCTCCTAATAAGTGCAAAAGACCAATGAATGCCTTCATGCTTTTTGCCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AAAATACAGAGTTGAATATACTCAGATGTATCCAGGGAAAGATAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 116211 AAAATACAGAGTTGAATATACTCAGATGTATCCAGGGAAAGATAACAGGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386        AGCCATAAGTGTGATCCTTGGTGACAGGTGGAAGAAAATGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116261 A...CAGAGCCATAAGTGTGATCCTTGGTGACAGGTGGAAGAAAATGAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AATGAAGAGAGAAGAATGTACACATTAGAAGCAAAGGCTTTGGCTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120310 AATGAAGAGAGAAGAATGTACACATTAGAAGCAAAGGCTTTGGCTGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 ACAGAAACGTTTAAATCCTGACTGTTGGAAGAGGAAAAGAACCAATTCA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 120360 ACAGAAACGTTTAAATCCTGACTGTTGGAAGAGGAAAAGAACCAATTCAG

   1600     .    :    .    :
   1528         GGCTCACAACAACAT
        >>...>>>|||||||||||||||
 120410 TA...CAGGGCTCACAACAACAT