seq1 = pF1KB7786.tfa, 1536 bp
seq2 = pF1KB7786/gi568815597r_157024844.tfa (gi568815597r:157024844_157236352), 211509 bp

>pF1KB7786 1536
>gi568815597r:157024844_157236352 (Chr1)

(complement)

1-46  (100001-100046)   100% ->
47-284  (100645-100882)   100% ->
285-400  (102126-102241)   100% ->
401-1536  (110374-111509)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGCCGGCTGTAGCATCGTGGAAAAGCCAGAAGGAGGTGGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100001 ATGAAAGCCGGCTGTAGCATCGTGGAAAAGCCAGAAGGAGGTGGAGGTG.

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     47      GGTATCAGTTTCCTGACTGGGCCTACAAAACAGAGTCATCCCCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ..AAGGGTATCAGTTTCCTGACTGGGCCTACAAAACAGAGTCATCCCCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCTCCCGGCAGATCCAGCTGTGGCACTTCATCCTGGAGCTGCTGCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100690 GCTCCCGGCAGATCCAGCTGTGGCACTTCATCCTGGAGCTGCTGCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGAGTTCCGCCATGTCATCGCCTGGCAGCAGGGAGAGTACGGGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100740 GAAGAGTTCCGCCATGTCATCGCCTGGCAGCAGGGAGAGTACGGGGAATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTCATCAAGGATCCAGATGAGGTGGCCCGCCTCTGGGGCCGCAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100790 TGTCATCAAGGATCCAGATGAGGTGGCCCGCCTCTGGGGCCGCAGGAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAAACCACAGATGAATTATGACAAGCTGAGCCGGGCCCTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100840 GCAAACCACAGATGAATTATGACAAGCTGAGCCGGGCCCTCAGGTA...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   ATACTATTACAACAAGAGGATCCTTCATAAAACAAAAGGGAAAAGATT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102124 AGATACTATTACAACAAGAGGATCCTTCATAAAACAAAAGGGAAAAGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACCTATAAATTTAACTTCAACAAGCTGGTGATGCCCAACTACCCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 TACCTATAAATTTAACTTCAACAAGCTGGTGATGCCCAACTACCCATTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAACATTCGGTCAAGTG         GTGTGGTTCCTCAGAGTGCACCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102224 TCAACATTCGGTCAAGTGGTA...CAGGTGTGGTTCCTCAGAGTGCACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCAGTGCCAACAGCCTCTTCCCGGTTCCATTTCCCACCTCTGGACACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110397 CCAGTGCCAACAGCCTCTTCCCGGTTCCATTTCCCACCTCTGGACACCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCTCCAACCAATGATGTGCAGCCGGGACGGTTCTCTGCTAGCTCCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110447 TTCTCCAACCAATGATGTGCAGCCGGGACGGTTCTCTGCTAGCTCCCTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTGCTTCTGGCCAGGAGTCCAGTAATGGTACTGATAGAAAGACTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110497 CTGCTTCTGGCCAGGAGTCCAGTAATGGTACTGATAGAAAGACTGAGCTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCAGAGCTGGAGGATGGCTCAGCTGCTGACTGGCGCCGGGGTGTGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110547 TCAGAGCTGGAGGATGGCTCAGCTGCTGACTGGCGCCGGGGTGTGGATCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGTGTCCTCCAGGAATGCCATTGGTGGAGGAGGGATTGGCCATCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110597 CGTGTCCTCCAGGAATGCCATTGGTGGAGGAGGGATTGGCCATCAGAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCAAGCCTGACATAATGCTTCCTCTGTTTGCTAGGCCAGGGATGTACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110647 GCAAGCCTGACATAATGCTTCCTCTGTTTGCTAGGCCAGGGATGTACCCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACCCCCACAGTCCCTTCGCTGTCTCTCCAATCCCTGGCCGCGGAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110697 GACCCCCACAGTCCCTTCGCTGTCTCTCCAATCCCTGGCCGCGGAGGTGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCTTAATGTCCCCATTTCACCAGCCCTCTCCCTGACTCCCACCATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110747 CCTTAATGTCCCCATTTCACCAGCCCTCTCCCTGACTCCCACCATCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CCTATAGCCCATCACCAGGCCTGAGCCCTTTCACCAGCAGCAGCTGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110797 CCTATAGCCCATCACCAGGCCTGAGCCCTTTCACCAGCAGCAGCTGCTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCCTTCAACCCTGAGGAAATGAAACACTACCTTCATTCTCAAGCTTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110847 TCCTTCAACCCTGAGGAAATGAAACACTACCTTCATTCTCAAGCTTGTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGTGTTCAACTACCATCTGAGTCCTCGGACTTTTCCCCGTTACCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110897 TGTGTTCAACTACCATCTGAGTCCTCGGACTTTTCCCCGTTACCCAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TCATGGTTCCACCACTGCAGTGCCAAATGCATCCTGAGGAGTCAACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110947 TCATGGTTCCACCACTGCAGTGCCAAATGCATCCTGAGGAGTCAACTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 TTCTCCATCAAGCTGCAGCCCCCACCAGTTGGGCGGAAGAACCGGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110997 TTCTCCATCAAGCTGCAGCCCCCACCAGTTGGGCGGAAGAACCGGGAGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGTTGAGAGCAGCGAGGAGTCAGCACCAGTCACCACGCCCACCATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111047 GGTTGAGAGCAGCGAGGAGTCAGCACCAGTCACCACGCCCACCATGGCTT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CTATTCCCCCAAGAATCAAGGTGGAACCTGCCTCTGAAAAGGATCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111097 CTATTCCCCCAAGAATCAAGGTGGAACCTGCCTCTGAAAAGGATCCTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCCTCAGGCAGTCGGCACGAGAGAAGGAGGAGCACACTCAAGAAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111147 AGCCTCAGGCAGTCGGCACGAGAGAAGGAGGAGCACACTCAAGAAGAGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACTGTGCCAAGCAGGACCATTGAAGAGGAAAAAGGCACCATCTTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111197 CACTGTGCCAAGCAGGACCATTGAAGAGGAAAAAGGCACCATCTTTGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GTCCTGCTGCACCACCCATCTGGCCCTCTGTGCCCATTAGCACCCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111247 GTCCTGCTGCACCACCCATCTGGCCCTCTGTGCCCATTAGCACCCCAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GGAGAACCTCTGGAGGTGACTGAAGACAGTGAGGATAGGCCTGGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111297 GGAGAACCTCTGGAGGTGACTGAAGACAGTGAGGATAGGCCTGGCAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GCCCAGTGCACCTGAGAAGAAAGAAGATGCACTGATGCCCCCCAAGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111347 GCCCAGTGCACCTGAGAAGAAAGAAGATGCACTGATGCCCCCCAAGCTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 GGTTGAAGCGGCGCTGGAATGATGACCCTGAAGCCCGAGAGCTGAGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111397 GGTTGAAGCGGCGCTGGAATGATGACCCTGAAGCCCGAGAGCTGAGCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 AGTGGCAAGTTTCTCTGGAATGGGTCAGGACCCCAGGGCTTGGCAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111447 AGTGGCAAGTTTCTCTGGAATGGGTCAGGACCCCAGGGCTTGGCAACAGC

   1550     .    :
   1524 AGCTGCTGATGCT
        |||||||||||||
 111497 AGCTGCTGATGCT