seq1 = pF1KB7784.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KB7784/gi568815575r_135187140.tfa (gi568815575r:135187140_135394140), 207001 bp

>pF1KB7784 1530
>gi568815575r:135187140_135394140 (ChrX)

(complement)

1-411  (100001-100411)   100% ->
412-604  (101668-101860)   100% ->
605-696  (102578-102669)   100% ->
697-823  (103006-103132)   100% ->
824-1530  (106295-107001)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGATGAGAGAGCTGAACGCGGATTCATGCTCAAGCCCCCAGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGATGAGAGAGCTGAACGCGGATTCATGCTCAAGCCCCCAGATGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTATGTGGGAGACTAGTGGGTCTGTGAAAGAGAACTCCAGTCAGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTATGTGGGAGACTAGTGGGTCTGTGAAAGAGAACTCCAGTCAGAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAATACAGCACAAAAATAGAGAATCTTGGTCCTGAGAGCGCTTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAATACAGCACAAAAATAGAGAATCTTGGTCCTGAGAGCGCTTGCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACTTCTGGAGCTTCCGTTATCATGAAGCAACCGGACCGCTTGAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CACTTCTGGAGCTTCCGTTATCATGAAGCAACCGGACCGCTTGAGACTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGCCAACTTCAGAAATTGTGCCATCAGTGGCTGAGGCCAGAGATCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGCCAACTTCAGAAATTGTGCCATCAGTGGCTGAGGCCAGAGATCCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAAAAGAGCAGATCTTGGAAATGCTGGTGTTAGAGCAGTTCCTGAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CAAAAGAGCAGATCTTGGAAATGCTGGTGTTAGAGCAGTTCCTGAGCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGCCCAAGGAGACCCAGAACTGGGTGCAGAAGCATCATCCACAGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGCCCAAGGAGACCCAGAACTGGGTGCAGAAGCATCATCCACAGAATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAACAGGCTCTGGTCCTGGTGGAATTCTTGCAGAGGGAGCCTGATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAACAGGCTCTGGTCCTGGTGGAATTCTTGCAGAGGGAGCCTGATGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAAAGAATGAG         GTCACAGCCCATGAGCTGGGAAAGGAGGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAAAGAATGAGGTA...TAGGTCACAGCCCATGAGCTGGGAAAGGAGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCTCTTGGGAGGAACAGCAGTGGCCCCAGGCTTCAAGTGGAAGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101698 GTGCTCTTGGGAGGAACAGCAGTGGCCCCAGGCTTCAAGTGGAAGCCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGAGCCCCAACCAATGGGTGTGTTCCAGAAAGAATATTGGAATACATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101748 AGAGCCCCAACCAATGGGTGTGTTCCAGAAAGAATATTGGAATACATACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GGGTACTACAAGAACAGCTGGGCTGGAACACTCACAAAGAAACCCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101798 GGGTACTACAAGAACAGCTGGGCTGGAACACTCACAAAGAAACCCAGCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTATATGAAAGAG         CTGTGCATGATCAACAGATGTTAGCCCT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 101848 GTATATGAAAGAGGTG...CAGCTGTGCATGATCAACAGATGTTAGCCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTCTGAGCAGAAAAGAATCAAACACTGGAAGATGGCATCTAAACTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102606 TTCTGAGCAGAAAAGAATCAAACACTGGAAGATGGCATCTAAACTCATCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TGCCTGAGTCCCTG         AGTTTGTTGACATTTGAAGATGTGGCT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102656 TGCCTGAGTCCCTGGTG...TAGAGTTTGTTGACATTTGAAGATGTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGTATTTTTCTGAGGAAGAGTGGCAATTATTGAATCCTCTTGAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103033 GTGTATTTTTCTGAGGAAGAGTGGCAATTATTGAATCCTCTTGAGAAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCTCTACAATGATGTAATGCAGGATATCTATGAGACTGTCATCTCTCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103083 TCTCTACAATGATGTAATGCAGGATATCTATGAGACTGTCATCTCTCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824          GGTTAAAGCTAAAAAATGACACTGGAAATGATCATCCTATA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103133 GTA...CAGGGTTAAAGCTAAAAAATGACACTGGAAATGATCATCCTATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TCTGTTTCTACATCAGAAATACAAACATCAGGATGCGAAGTATCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106336 TCTGTTTCTACATCAGAAATACAAACATCAGGATGCGAAGTATCAAAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 GACCAGAATGAAAATTGCCCAGAAAACAATGGGCAGGGAAAATCCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106386 GACCAGAATGAAAATTGCCCAGAAAACAATGGGCAGGGAAAATCCTGGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATACACACAGTGTACAGAAATGGCATCGAGCTTTTCCAAGGAAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106436 ATACACACAGTGTACAGAAATGGCATCGAGCTTTTCCAAGGAAGAAAAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 AAGAAACCTGCAACTTGTAAACAAGAGCTTCCAAAACTTATGGATCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106486 AAGAAACCTGCAACTTGTAAACAAGAGCTTCCAAAACTTATGGATCTTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGGGAAAGGCCCCACAGGGGAGAAACCTTTTAAGTGTCAGGAATGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106536 TGGGAAAGGCCCCACAGGGGAGAAACCTTTTAAGTGTCAGGAATGTGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AAAGCTTCAGAGTTAGCTCTGATCTTATTAAACACCACAGAATTCACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106586 AAAGCTTCAGAGTTAGCTCTGATCTTATTAAACACCACAGAATTCACACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GGAGAGAAACCCTATAAATGTCAACAATGTGACAGGAGGTTTAGATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106636 GGAGAGAAACCCTATAAATGTCAACAATGTGACAGGAGGTTTAGATGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TTCAGATCTTAATAAGCACTTCATGACCCATCAAGGAATAAAACCATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106686 TTCAGATCTTAATAAGCACTTCATGACCCATCAAGGAATAAAACCATATA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GATGCTCATGGTGTGGGAAAAGCTTTAGTCATAACACAAATCTACACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106736 GATGCTCATGGTGTGGGAAAAGCTTTAGTCATAACACAAATCTACACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CACCAAAGAATTCACACAGGAGAGAAGCCCTTTAAATGTGATGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106786 CACCAAAGAATTCACACAGGAGAGAAGCCCTTTAAATGTGATGAATGTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 AAAAAGATTCATTCAGAACTCCCACCTTATTAAACACCAGAGAACTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106836 AAAAAGATTCATTCAGAACTCCCACCTTATTAAACACCAGAGAACTCACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CAGGTGAGCAGCCTTATACATGTAGCTTATGCAAGAGAAACTTTAGTAGG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 106886 CAGGTGAGCAGCCTTATACGTGTAGCTTATGCAAGAGAAACTTTAGTAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CGATCGAGCCTTCTTAGACACCAGAAACTCCACAGAAGAAGGGAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106936 CGATCGAGCCTTCTTAGACACCAGAAACTCCACAGAAGAAGGGAAGCATG

   1550     .    :    .
   1515 TCTAGTGTCTCCAAAC
        ||||||||||||||||
 106986 TCTAGTGTCTCCAAAC