seq1 = pF1KB7782.tfa, 1530 bp
seq2 = pF1KB7782/gi568815579f_3912923.tfa (gi568815579f:3912923_4137872), 224950 bp

>pF1KB7782 1530
>gi568815579f:3912923_4137872 (Chr19)

1-27  (94839-94865)   100% ->
28-454  (100001-100427)   100% ->
455-539  (111114-111198)   100% ->
540-581  (115224-115265)   100% ->
582-672  (115588-115678)   100% ->
673-801  (115798-115926)   100% ->
802-907  (116009-116114)   100% ->
908-981  (120178-120251)   100% ->
982-1142  (120498-120658)   99% ->
1143-1273  (124452-124582)   100% ->
1274-1530  (124694-124950)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGAGCTGGTGGAGGCCAAA         AACATGGTGATGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  94839 ATGGCGGCGGAGCTGGTGGAGGCCAAAGTG...CAGAACATGGTGATGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TTTTCGAGTCTCCGACCTTCAGATGCTCCTGGGTTTCGTGGGCCGGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100015 TTTTCGAGTCTCCGACCTTCAGATGCTCCTGGGTTTCGTGGGCCGGAGTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGAGTGGACTGAAGCACGAGCTCGTCACCAGGGCCCTCCAGCTGGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100065 AGAGTGGACTGAAGCACGAGCTCGTCACCAGGGCCCTCCAGCTGGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGACTGTAGCCCTGAGCTGTTCAAGAAGATCAAGGAGCTGTACGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100115 TTTGACTGTAGCCCTGAGCTGTTCAAGAAGATCAAGGAGCTGTACGAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGCTACGCCAAGAAGAACTCGGAGCCTGCCCCACAGCCGCACCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100165 CCGCTACGCCAAGAAGAACTCGGAGCCTGCCCCACAGCCGCACCGGCCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGACCCCCTGACCATGCACTCCACCTACGACCGGGCCGGCGCTGTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100215 TGGACCCCCTGACCATGCACTCCACCTACGACCGGGCCGGCGCTGTGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGACTCCGCTGGCAGGCCCCAATATTGACTACCCCGTGCTCTACGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100265 AGGACTCCGCTGGCAGGCCCCAATATTGACTACCCCGTGCTCTACGGAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTACTTAAACGGACTGGGACGGTTGCCCGCCAAGACCCTCAAGCCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100315 GTACTTAAACGGACTGGGACGGTTGCCCGCCAAGACCCTCAAGCCAGAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCGCCTGGTGAAGCTGCCGTTCTTTAATATGCTGGATGAGCTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100365 TCCGCCTGGTGAAGCTGCCGTTCTTTAATATGCTGGATGAGCTGCTGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCACCGAATTAG         TCCCACAGAACAACGAGAAGCTTCAGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100415 CCCACCGAATTAGGTG...CAGTCCCACAGAACAACGAGAAGCTTCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GAGCCCGTGCATCTTCGCATTGACGCCAAGACAGGTGGAGTTGATCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111142 GAGCCCGTGCATCTTCGCATTGACGCCAAGACAGGTGGAGTTGATCCGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTCCAG         GGAACTGCAGCCCGGAGTTAAAGCCGTGCAGGTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111192 ACTCCAGGTG...CAGGGAACTGCAGCCCGGAGTTAAAGCCGTGCAGGTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTCCTGAG         AATCTGTTACTCAGACACCAGCTGCCCTCAGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115258 GTCCTGAGGTA...CAGAATCTGTTACTCAGACACCAGCTGCCCTCAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGACCAGTACCCGCCCAACATCGCTGTGAAGGTCAACCACAGCTACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115621 GGACCAGTACCCGCCCAACATCGCTGTGAAGGTCAACCACAGCTACTGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCGTCCCG         GGCTACTACCCCTCCAATAAGCCCGGGGTGGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 115671 CCGTCCCGGTG...CAGGGCTACTACCCCTCCAATAAGCCCGGGGTGGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCCAAGAGGCCGTGCCGCCCCATCAACCTCACCCACCTCATGTACCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115831 CCCAAGAGGCCGTGCCGCCCCATCAACCTCACCCACCTCATGTACCTGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCGGCCACCAACCGCATCACTGTCACCTGGGGGAACTACGGCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 115881 CTCGGCCACCAACCGCATCACTGTCACCTGGGGGAACTACGGCAAGGTG.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    802      AGCTACTCGGTGGCCCTGTACCTGGTGCGGCAGCTGACCTCATCG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115931 ..CAGAGCTACTCGGTGGCCCTGTACCTGGTGCGGCAGCTGACCTCATCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGCTGCTGCAGAGGCTGAAGACCATTGGGGTAAAGCACCCGGAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116054 GAGCTGCTGCAGAGGCTGAAGACCATTGGGGTAAAGCACCCGGAGCTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAGGCACTGG         TCAAGGAGAAGCTGCGCCTTGATCCTGACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 116104 CAAGGCACTGGGTG...CAGTCAAGGAGAAGCTGCGCCTTGATCCTGACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GCGAGATCGCCACCACCGGTGTGCGGGTGTCCCTCATCTGTCCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120208 GCGAGATCGCCACCACCGGTGTGCGGGTGTCCCTCATCTGTCCGGTG...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982    CTGGTGAAGATGCGGCTCTCCGTGCCCTGCCGGGCAGAGACCTGCGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 120495 CAGCTGGTGAAGATGCGGCTCTCCGTGCCCTGCCGGGCAGAGACCTGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCACCTGCAGTGCTTCGACGCCGTCTTCTACCTGCAGATGAACGAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120545 CCACCTGCAGTGCTTCGACGCCGTCTTCTACCTGCAGATGAACGAGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCCCACCTGGATGTGCCCCGTGTGCGACAAGCCAGCCCCCTACGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120595 AGCCCACCTGGATGTGCCCCGTGTGCGACAAGCCAGCCCCCTACGACCAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CTCATCATCGACGG         GCTCCTCTCGAAGATCCTGAGCGAGTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120645 CTCATCATCGACGGGTG...CAGGCTCCTCTCGAAGATCCTGAGCGAGTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGAGGACGCCGACGAGATCGAGTACCTGGTGGACGGCTCGTGGTGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124479 TGAGGACGCCGACGAGATCGAGTACCTGGTGGACGGCTCGTGGTGCCCGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCCGCGCCGAAAAGGAGCGCAGCTGCAGCCCGCAGGGCGCCATCCTCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124529 TCCGCGCCGAAAAGGAGCGCAGCTGCAGCCCGCAGGGCGCCATCCTCGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTGG         GCCCCTCGGACGCCAATGGGCTCCTGCCCGCCCCCAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124579 CTGGGTG...TAGGCCCCTCGGACGCCAATGGGCTCCTGCCCGCCCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CGTCAACGGGAGCGGTGCCCTGGGCAGCACGGGTGGCGGCGGCCCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124731 CGTCAACGGGAGCGGTGCCCTGGGCAGCACGGGTGGCGGCGGCCCGGTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCAGCATGGAGAATGGGAAGCCGGGCGCCGATGTGGTGGACCTCACGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124781 GCAGCATGGAGAATGGGAAGCCGGGCGCCGATGTGGTGGACCTCACGCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GACAGCTCATCGTCCTCGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124831 GACAGCTCATCGTCCTCGGAGGATGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGACGAGGACGAAGAGGGGCCCCGGCCCAAGCGCCGCTGCCCCTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124881 AGACGAGGACGAAGAGGGGCCCCGGCCCAAGCGCCGCTGCCCCTTCCAGA

   1600     .    :    .    :
   1511 AGGGCCTGGTGCCGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||
 124931 AGGGCCTGGTGCCGGCCTGC