seq1 = pF1KB7759.tfa, 1341 bp
seq2 = pF1KB7759/gi568815587f_47159217.tfa (gi568815587f:47159217_47368693), 209477 bp

>pF1KB7759 1341
>gi568815587f:47159217_47368693 (Chr11)

1-43  (100001-100043)   100% ->
44-232  (100575-100763)   100% ->
233-499  (101193-101459)   100% ->
500-708  (102025-102233)   100% ->
709-888  (102331-102510)   100% ->
889-988  (102703-102802)   100% ->
989-1102  (108697-108810)   100% ->
1103-1197  (109045-109139)   100% ->
1198-1341  (109334-109477)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTTGTGGCTGGGGGCCCCTGTGCCTGACATTCCTCCTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100001 ATGTCCTTGTGGCTGGGGGCCCCTGTGCCTGACATTCCTCCTGGTA...C

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     44   ACTCTGCGGTGGAGCTGTGGAAGCCAGGCGCACAGGATGCAAGCAGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100573 AGACTCTGCGGTGGAGCTGTGGAAGCCAGGCGCACAGGATGCAAGCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCCCAGGGAGGCAGCAGCTGCATCCTCAGAGAGGAAGCCAGGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100623 AGGCCCAGGGAGGCAGCAGCTGCATCCTCAGAGAGGAAGCCAGGATGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACTCTGCTGGGGGTACTGCAGGGGTGGGGCTGGAGGCTGCAGAGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100673 CACTCTGCTGGGGGTACTGCAGGGGTGGGGCTGGAGGCTGCAGAGCCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGCCCTGCTCACCAGGGCAGAGCCCCCTTCAGAACCCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100723 AGCCCTGCTCACCAGGGCAGAGCCCCCTTCAGAACCCACAGGTG...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATCCGTCCACAAAAGCGGAAAAAGGGGCCAGCCCCCAAAATGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101193 AGATCCGTCCACAAAAGCGGAAAAAGGGGCCAGCCCCCAAAATGCTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AACGAGCTATGCAGCGTGTGTGGGGACAAGGCCTCGGGCTTCCACTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101243 AACGAGCTATGCAGCGTGTGTGGGGACAAGGCCTCGGGCTTCCACTACAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGTTCTGAGCTGCGAGGGCTGCAAGGGATTCTTCCGCCGCAGCGTCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101293 TGTTCTGAGCTGCGAGGGCTGCAAGGGATTCTTCCGCCGCAGCGTCATCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGGAGCGCACTACATCTGCCACAGTGGCGGCCACTGCCCCATGGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101343 AGGGAGCGCACTACATCTGCCACAGTGGCGGCCACTGCCCCATGGACACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TACATGCGTCGCAAGTGCCAGGAGTGTCGGCTTCGCAAATGCCGTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101393 TACATGCGTCGCAAGTGCCAGGAGTGTCGGCTTCGCAAATGCCGTCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGGCATGCGGGAGGAGT         GTGTCCTGTCAGAAGAACAGATCC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101443 TGGCATGCGGGAGGAGTGTG...TAGGTGTCCTGTCAGAAGAACAGATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCTGAAGAAACTGAAGCGGCAAGAGGAGGAACAGGCTCATGCCACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102049 GCCTGAAGAAACTGAAGCGGCAAGAGGAGGAACAGGCTCATGCCACATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTGCCCCCCAGGGCTTCCTCACCCCCCCAAATCCTGCCCCAGCTCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102099 TTGCCCCCCAGGGCTTCCTCACCCCCCCAAATCCTGCCCCAGCTCAGCCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGAACAACTGGGCATGATCGAGAAGCTCGTCGCTGCCCAGCAACAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102149 GGAACAACTGGGCATGATCGAGAAGCTCGTCGCTGCCCAGCAACAGTGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCGGCGCTCCTTTTCTGACCGGCTTCGAGTCACG         CCTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 102199 ACCGGCGCTCCTTTTCTGACCGGCTTCGAGTCACGGTA...TAGCCTTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCATGGCACCAGATCCCCATAGCCGGGAGGCCCGTCAGCAGCGCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102337 CCCATGGCACCAGATCCCCATAGCCGGGAGGCCCGTCAGCAGCGCTTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCACTTCACTGAGCTGGCCATCGTCTCTGTGCAGGAGATAGTTGACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102387 CCACTTCACTGAGCTGGCCATCGTCTCTGTGCAGGAGATAGTTGACTTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTAAACAGCTACCCGGCTTCCTGCAGCTCAGCCGGGAGGACCAGATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102437 CTAAACAGCTACCCGGCTTCCTGCAGCTCAGCCGGGAGGACCAGATTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGCTGAAGACCTCTGCGATCGAG         GTGATGCTTCTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102487 CTGCTGAAGACCTCTGCGATCGAGGTG...CAGGTGATGCTTCTGGAGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 ATCTCGGAGGTACAACCCTGGGAGTGAGAGTATCACCTTCCTCAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102720 ATCTCGGAGGTACAACCCTGGGAGTGAGAGTATCACCTTCCTCAAGGATT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAGTTATAACCGGGAAGACTTTGCCAAAGCAG         GGCTGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102770 TCAGTTATAACCGGGAAGACTTTGCCAAAGCAGGTG...CAGGGCTGCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGGAATTCATCAACCCCATCTTCGAGTTCTCCAGGGCCATGAATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108705 GTGGAATTCATCAACCCCATCTTCGAGTTCTCCAGGGCCATGAATGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCAACTCAATGATGCCGAGTTTGCCTTGCTCATTGCTATCAGCATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108755 GCAACTCAATGATGCCGAGTTTGCCTTGCTCATTGCTATCAGCATCTTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTGCAG         ACCGGCCCAACGTGCAGGACCAGCTCCAGGTAGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108805 CTGCAGGTG...TAGACCGGCCCAACGTGCAGGACCAGCTCCAGGTAGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGGCTGCAGCACACATATGTGGAAGCCCTGCATGCCTACGTCTCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109080 AGGCTGCAGCACACATATGTGGAAGCCCTGCATGCCTACGTCTCCATCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCATCCCCAT         GACCGACTGATGTTCCCACGGATGCTAATGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109130 CCATCCCCATGTG...CAGGACCGACTGATGTTCCCACGGATGCTAATGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AACTGGTGAGCCTCCGGACCCTGAGCAGCGTCCACTCAGAGCAAGTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109365 AACTGGTGAGCCTCCGGACCCTGAGCAGCGTCCACTCAGAGCAAGTGTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GCACTGCGTCTGCAGGACAAAAAGCTCCCACCGCTGCTCTCTGAGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109415 GCACTGCGTCTGCAGGACAAAAAGCTCCCACCGCTGCTCTCTGAGATCTG

   1400     .    :
   1329 GGATGTGCACGAA
        |||||||||||||
 109465 GGATGTGCACGAA