seq1 = pF1KB7756.tfa, 1494 bp
seq2 = pF1KB7756/gi568815589f_127328830.tfa (gi568815589f:127328830_127545194), 216365 bp

>pF1KB7756 1494
>gi568815589f:127328830_127545194 (Chr9)

1-16  (95959-95974)   100% ->
17-105  (100003-100091)   98% ->
106-232  (106261-106387)   99% ->
233-328  (107079-107174)   100% ->
329-1494  (115200-116365)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGAGGAAGGAG         TACTGCCTTCCCCAGGCCCTGCCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  95959 ATGCTGGAGGAAGGAGGTG...TAGTACTGCCTTCCCCAGGCCCTGCCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCCCAAGAGGAAAACACAGGAGAGGAAGGAATGGCTGCTGGTCTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 TCCCCAAGAGGAAAACACAGGAGAGGAAGGAATGGCTGCTGGTCTCCTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGCTGGGCCCCGG         GGATCCACATTCTTCAGCAGTGTGACG
         |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100078 CAGCTGGGCCCCGGGTA...CAGGGATCCACATTCTTCAGCAGTGTGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTAGCTTTTGCACAGGAAGGGTGGAGGTGCCTCGTGTCTACTCCACGGGA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 106288 GTAGCTTTTGCACAGGAAAGGTGGAGGTGCCTCGTGTCTACTCCACGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGGTTCAAGGAGGGGATACCAGGAAAGTCCAGGAGCCTTGTCCTACTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106338 CAGGTTCAAGGAGGGGATACCAGGAAAGTCCAGGAGCCTTGTCCTACTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233          GACTTCCAGTTTCCCAGCCTGGCATGAACTCCCAGTTGGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106388 GTA...TAGGACTTCCAGTTTCCCAGCCTGGCATGAACTCCCAGTTGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CAAAGGGAAGGCGCATGGATGCTGGAGGGCGAAGACCTGCGAAGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107120 CAAAGGGAAGGCGCATGGATGCTGGAGGGCGAAGACCTGCGAAGTCCCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCAG         GCTGGAAGATTATATCTGGATCACCACCAGAGCAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107170 TCCAGGTA...CAGGCTGGAAGATTATATCTGGATCACCACCAGAGCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCTTTCTGAAGCTTCATTCCAAGACCCATGTGTAGAGATGCCCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115236 CCCTTTCTGAAGCTTCATTCCAAGACCCATGTGTAGAGATGCCCCCTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATTCAGACCACGGGACCAGTGACCTTGAGAAGAGCTTCAATCTGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115286 GATTCAGACCACGGGACCAGTGACCTTGAGAAGAGCTTCAATCTGAGACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTCCTCTCTCCGCAACAGAGAGTGCCCGTGGAAGCGAGACCTCGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115336 AGTCCTCTCTCCGCAACAGAGAGTGCCCGTGGAAGCGAGACCTCGCAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGAGACACACACCGAGAGCTTCAAGAACTCGGAAATCCTGAAACCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115386 GTGAGACACACACCGAGAGCTTCAAGAACTCGGAAATCCTGAAACCTCAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGAGCAAAACCATATGCATGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGTTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115436 AGAGCAAAACCATATGCATGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTCAGTTACTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTCTTCCCTTTCTCAGCATCAGAAGAGCCACACTGGAGAGAAGCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115486 TTCTTCCCTTTCTCAGCATCAGAAGAGCCACACTGGAGAGAAGCCCTATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGTGCAGTGAATGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGCTCATCTCTCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115536 AGTGCAGTGAATGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGCTCATCTCTCATTCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CACCAGAGGATTCACACTGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCAGTGAATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115586 CACCAGAGGATTCACACTGGAGAGAAGCCTTACAAGTGCAGTGAATGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AAGAGCCTTCAGCCAGAATGCCAACCTCACCAAACACCAGCGAACCCACA
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 115636 AAGAGCCTTCAGCCAGAACGCCAACCTCACCAAACACCAGCGAACCCACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCGGAGAGAAGCCCTACAGATGCAGCGAGTGTGAGAAAGCCTTCAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115686 CCGGAGAGAAGCCCTACAGATGCAGCGAGTGTGAGAAAGCCTTCAGTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGCTCAGCTCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCATACCGGAGAGAAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115736 TGCTCAGCTCTTGTTCAGCATCAGAGAATTCATACCGGAGAGAAGCCCTA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CGAATGCAGCGACTGTGGGAAGGCCTTCCGTCACAGTGCAAACCTCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115786 CGAATGCAGCGACTGTGGGAAGGCCTTCCGTCACAGTGCAAACCTCACGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ACCATCAGAGGACTCACACCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGCAGCGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115836 ACCATCAGAGGACTCACACCGGGGAGAAGCCCTACAAGTGCAGCGAGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GGGAAGGCCTTCAGTTACTGCGCAGCGTTCATTCAGCACCAGAGGATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115886 GGGAAGGCCTTCAGTTACTGCGCAGCGTTCATTCAGCACCAGAGGATTCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 CACCGGGGAGAAGCCCTACAGATGTGCCGCGTGTGGGAAGGCCTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115936 CACCGGGGAGAAGCCCTACAGATGTGCCGCGTGTGGGAAGGCCTTCAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 AGAGTGCAAACCTCACAAACCATCAGAGGACTCACACTGGGGAGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115986 AGAGTGCAAACCTCACAAACCATCAGAGGACTCACACTGGGGAGAAACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TACAAGTGCAGCGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGTACCAATCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116036 TACAAGTGCAGCGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGCCAGAGTACCAATCTCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 AATCCACCAAAAGACCCACACCGGGGAGAAGCCATATAAATGTAATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116086 AATCCACCAAAAGACCCACACCGGGGAGAAGCCATATAAATGTAATGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GTGGGAAATTCTTCAGTGAGAGCTCAGCCCTCATTCGGCATCATATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116136 GTGGGAAATTCTTCAGTGAGAGCTCAGCCCTCATTCGGCATCATATAATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 CACACCGGAGAAAAACCTTATGAGTGTAATGAGTGTGGTAAAGCGTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116186 CACACCGGAGAAAAACCTTATGAGTGTAATGAGTGTGGTAAAGCGTTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCAGAGCTCATCCCTTAGTCAGCATCAGAGAATCCACACAGGCGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116236 CCAGAGCTCATCCCTTAGTCAGCATCAGAGAATCCACACAGGCGTGAAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CCTACGAATGCAGCGAGTGTGGGAAGGCCTTCCGGTGCAGCTCTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116286 CCTACGAATGCAGCGAGTGTGGGAAGGCCTTCCGGTGCAGCTCTGCCTTC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1465 GTTAGACATCAGAGACTCCACGCCGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 116336 GTTAGACATCAGAGACTCCACGCCGGAGAG