seq1 = pF1KB7755.tfa, 1338 bp
seq2 = pF1KB7755/gi568815582f_881923.tfa (gi568815582f:881923_1085383), 203461 bp

>pF1KB7755 1338
>gi568815582f:881923_1085383 (Chr16)

1-422  (100001-100422)   100% ->
423-655  (101806-102038)   100% ->
656-1338  (102779-103461)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGACATGAGCGAGGCCCGCTCCCAGCCGCCCTGCAGCCCGTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGACATGAGCGAGGCCCGCTCCCAGCCGCCCTGCAGCCCGTCCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCGCCAGCTCCATGTCGCACGTGGAGGACTCGGACTCGGACGCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCGCCAGCTCCATGTCGCACGTGGAGGACTCGGACTCGGACGCGCCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCTCCCGCCGGCTCCGAGGGCCTGGGCCGCGCGGGGGTCGCGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCTCCCGCCGGCTCCGAGGGCCTGGGCCGCGCGGGGGTCGCGGTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCCGGGGCGACCCGGCGGAGGCGGCGGACGAGCGCTTCCCGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCCGGGGCGACCCGGCGGAGGCGGCGGACGAGCGCTTCCCGGCCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCCGCGACGCCGTGTCGCAGGTGCTCAAGGGCTACGACTGGAGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCCGCGACGCCGTGTCGCAGGTGCTCAAGGGCTACGACTGGAGTCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCCCATGCCGGTGCGCGGCGGCGGCGGCGGCGCGCTCAAAGCCAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCCCATGCCGGTGCGCGGCGGCGGCGGCGGCGCGCTCAAAGCCAAGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CATGTGAAGCGGCCCATGAACGCATTCATGGTGTGGGCGCAGGCGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CATGTGAAGCGGCCCATGAACGCATTCATGGTGTGGGCGCAGGCGGCGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCGCAAGCTGGCCGACCAGTACCCGCACCTGCACAACGCCGAGCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCGCAAGCTGGCCGACCAGTACCCGCACCTGCACAACGCCGAGCTCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGACGCTGGGCAAGCTGTGGCG         CTTGCTGAGCGAGAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100401 AGACGCTGGGCAAGCTGTGGCGGTG...CAGCTTGCTGAGCGAGAGCGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AAGCGGCCCTTCGTGGAGGAGGCAGAGCGCCTTCGCGTGCAGCACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101825 AAGCGGCCCTTCGTGGAGGAGGCAGAGCGCCTTCGCGTGCAGCACAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGACCACCCCGACTACAAGTACCAGCCACGGCGCAGGAAGAGCGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101875 GGACCACCCCGACTACAAGTACCAGCCACGGCGCAGGAAGAGCGCCAAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCGGCCACAGCGACTCCGACTCGGGCGCGGAGCTGGGACCCCACCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101925 CCGGCCACAGCGACTCCGACTCGGGCGCGGAGCTGGGACCCCACCCTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GGCGGTGCCGTGTACAAGGCTGAAGCAGGGCTTGGAGATGGGCACCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101975 GGCGGTGCCGTGTACAAGGCTGAAGCAGGGCTTGGAGATGGGCACCACCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGGCGACCACACAG         GGCAGACCCACGGGCCGCCCACCCCGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 102025 TGGCGACCACACAGGTG...CAGGGCAGACCCACGGGCCGCCCACCCCGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCACCACCCCCAAGACGGAGCTGCAGCAGGCGGGCGCCAAGCCGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102806 CCACCACCCCCAAGACGGAGCTGCAGCAGGCGGGCGCCAAGCCGGAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAGCTGGAGGGACGCCGGCCGGTGGACAGCGGGCGCCAGAACATCGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 AAGCTGGAGGGACGCCGGCCGGTGGACAGCGGGCGCCAGAACATCGACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CAGCAACGTGGACATCTCGGAGCTCAGCAGCGAGGTCATGGGCACCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102906 CAGCAACGTGGACATCTCGGAGCTCAGCAGCGAGGTCATGGGCACCATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACGCCTTCGACGTCCACGAGTTCGACCAGTACCTGCCCCTGGGCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102956 ACGCCTTCGACGTCCACGAGTTCGACCAGTACCTGCCCCTGGGCGGCCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCCCCACCCGAGCCGGGCCAGGCCTACGGGGGCGCCTACTTCCACGCCGG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 103006 GCCCCACCCGAGCCGGGCCAGGCCTATGGGGGCGCCTACTTCCACGCCGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGCGTCCCCCGTGTGGGCCCACAAGAGTGCCCCGTCGGCCTCCGCGTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103056 GGCGTCCCCCGTGTGGGCCCACAAGAGTGCCCCGTCGGCCTCCGCGTCGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 CCACCGAGACGGGTCCCCCACGGCCGCACATCAAGACGGAGCAGCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103106 CCACCGAGACGGGTCCCCCACGGCCGCACATCAAGACGGAGCAGCCGAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCCGGCCACTACGGCGACCAGCCCCGAGGCTCGCCCGACTACGGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103156 CCCGGCCACTACGGCGACCAGCCCCGAGGCTCGCCCGACTACGGTTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAGCGGCCAGTCCAGCGCCACCCCGGCCGCCCCCGCCGGCCCCTTCGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103206 CAGCGGCCAGTCCAGCGCCACCCCGGCCGCCCCCGCCGGCCCCTTCGCCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCTCACAGGGCGACTATGGCGACCTGCAGGCCTCCAGCTACTATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103256 GCTCACAGGGCGACTATGGCGACCTGCAGGCCTCCAGCTACTATGGTGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 TACCCTGGCTACGCACCCGGCCTCTACCAGTACCCCTGCTTCCACTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103306 TACCCTGGCTACGCACCCGGCCTCTACCAGTACCCCTGCTTCCACTCGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GCGCCGGCCCTACGCCTCACCCCTGCTCAACGGCCTGGCCCTGCCGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103356 GCGCCGGCCCTACGCCTCACCCCTGCTCAACGGCCTGGCCCTGCCGCCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 CCCACAGCCCCACCAGTCACTGGGACCAGCCGGTGTACACCACCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103406 CCCACAGCCCCACCAGTCACTGGGACCAGCCGGTGTACACCACCCTGACC

   1350     .
   1333 AGGCCC
        ||||||
 103456 AGGCCC