seq1 = pF1KB7747.tfa, 1326 bp
seq2 = pF1KB7747/gi568815586f_2790948.tfa (gi568815586f:2790948_3039441), 248494 bp

>pF1KB7747 1326
>gi568815586f:2790948_3039441 (Chr12)

38-93  (118578-118633)   100% ->
94-253  (129816-129975)   100% ->
254-394  (131315-131455)   100% ->
395-492  (139301-139398)   100% ->
493-696  (140090-140293)   100% ->
697-809  (142471-142583)   100% ->
810-924  (143500-143614)   100% ->
925-1023  (146684-146782)   98% ->
1024-1195  (147167-147338)   100% ->
1196-1326  (148364-148494)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     38 ACAGTGTCTTCCATGAAGAAATGATGAAGATGCGACAGGCTAAGCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118578 ACAGTGTCTTCCATGAAGAAATGATGAAGATGCGACAGGCTAAGCTGGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     88 TATCAG         AGGCTACTACTTGAGAAGAGGCAAAGGAAAAAGCG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118628 TATCAGGTG...CAGAGGCTACTACTTGAGAAGAGGCAAAGGAAAAAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    129 CCTTGAGCCATTTATGGTGCAGCCCAATCCAGAAGCCAGGCTACGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129851 CCTTGAGCCATTTATGGTGCAGCCCAATCCAGAAGCCAGGCTACGTCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    179 CAAAGCCAAGGGCCAGTGATGAGCAGACTCCCTTGGTGAACTGTCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129901 CAAAGCCAAGGGCCAGTGATGAGCAGACTCCCTTGGTGAACTGTCATACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    229 CCCCACAGCAATGTCATCTTACATG         GTATTGATGGTCCAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 129951 CCCCACAGCAATGTCATCTTACATGGTG...TAGGTATTGATGGTCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    270 TGCTGTCCTGAAACCAGACGAAGTTCATGCTCCATCAGTAAGCTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131331 TGCTGTCCTGAAACCAGACGAAGTTCATGCTCCATCAGTAAGCTCCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    320 TTGTGGAAGAAGATGCTGAAAACACCGTGGATACTGCTTCCAAGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131381 TTGTGGAAGAAGATGCTGAAAACACCGTGGATACTGCTTCCAAGCCAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    370 CTTCAGGAGCGTCTCCAAAAGCATG         ATATCTCTGAAAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 131431 CTTCAGGAGCGTCTCCAAAAGCATGGTG...TAGATATCTCTGAAAGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    411 GAACTTCGATGAGGAGACTGATGGAATATCCCAGTCAGCATGTTTAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139317 GAACTTCGATGAGGAGACTGATGGAATATCCCAGTCAGCATGTTTAGAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461 GACCCAATTCTGCATCAAGCCAGAATTCAACC         GATACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 139367 GACCCAATTCTGCATCAAGCCAGAATTCAACCGTA...CAGGATACAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    502 ACTTCCGGTTCTGCTACTGCCGCCCAACCAGCTGATAACCTCCTGGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140099 ACTTCCGGTTCTGCTACTGCCGCCCAACCAGCTGATAACCTCCTGGGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    552 CATAGACGACCTGGAGGACTTTGTGTATAGTCCTGCCCCTCAAGGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140149 CATAGACGACCTGGAGGACTTTGTGTATAGTCCTGCCCCTCAAGGTGTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    602 CAGTAAGATGTCGGATAATCCGGGATAAAAGGGGAATGGATCGGGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140199 CAGTAAGATGTCGGATAATCCGGGATAAAAGGGGAATGGATCGGGGTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652 TTCCCCACCTACTATATGTACTTGGAAAAAGAAGAAAATCAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 140249 TTCCCCACCTACTATATGTACTTGGAAAAAGAAGAAAATCAGAAGGTA..

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697     ATATTTCTTCTTGCAGCTAGAAAGCGGAAAAAGAGCAAAACAGCCA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140299 .CAGATATTTCTTCTTGCAGCTAGAAAGCGGAAAAAGAGCAAAACAGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743 ACTACCTTATCTCCATTGATCCAGTTGATTTATCTCGTGAAGGAGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142517 ACTACCTTATCTCCATTGATCCAGTTGATTTATCTCGTGAAGGAGAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    793 TATGTCGGCAAGCTTAG         ATCCAACCTCATGGGGACCAAGTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 142567 TATGTCGGCAAGCTTAGGTG...CAGATCCAACCTCATGGGGACCAAGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    834 TACAGTTTATGACCGTGGCATCTGCCCCATGAAGGGCCGGGGTTTGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143524 TACAGTTTATGACCGTGGCATCTGCCCCATGAAGGGCCGGGGTTTGGTAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    884 GAGCGGCCCACACCCGGCAGGAGCTGGCTGCCATCTCCTAT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 143574 GAGCGGCCCACACCCGGCAGGAGCTGGCTGCCATCTCCTATGTG...CAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    925 GAAACGAACGTACTTGGATTTAAAGGTCCTAGGAAAATGTCTGTGATCAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146684 GAAACAAACGTACTTGGATTTAAAGGTCCTAGGAAAATGTCTGTGATCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    975 TCCTGGAATGACACTGAATCATAAGCAGATCCCCTATCAGCCACAAAAC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 146734 TCCTGGAATGACACTGAATCATAAGCAGATCCCCTATCAGCCACAAAACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024         AACCATGACAGTTTGCTCTCAAGGTGGCAGAACAGAACTATG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146784 TG...CAGAACCATGACAGTTTGCTCTCAAGGTGGCAGAACAGAACTATG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1066 GAAAATCTGGTTGAGCTGCACAACAAGGCCCCCGTCTGGAACAGTGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147209 GAAAATCTGGTTGAGCTGCACAACAAGGCCCCCGTCTGGAACAGTGACAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1116 TCAGTCCTATGTCCTCAACTTCCGTGGCCGGGTCACTCAGGCGTCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147259 TCAGTCCTATGTCCTCAACTTCCGTGGCCGGGTCACTCAGGCGTCTGTGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1166 AGAACTTCCAGATAGTCCACAAAAATGACC         CTGATTATATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 147309 AGAACTTCCAGATAGTCCACAAAAATGACCGTA...TAGCTGATTATATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207 GTCATGCAGTTTGGACGTGTGGCAGATGACGTGTTCACACTGGATTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148375 GTCATGCAGTTTGGACGTGTGGCAGATGACGTGTTCACACTGGATTACAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1257 CTACCCACTTTGTGCAGTACAGGCCTTTGGCATCGGTCTTTCTAGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148425 CTACCCACTTTGTGCAGTACAGGCCTTTGGCATCGGTCTTTCTAGCTTTG

   1350     .    :    .    :
   1307 ACAGTAAGCTGGCGTGTGAA
        ||||||||||||||||||||
 148475 ACAGTAAGCTGGCGTGTGAA