seq1 = pF1KB7746.tfa, 1461 bp
seq2 = pF1KB7746/gi568815578f_44872077.tfa (gi568815578f:44872077_45175173), 303097 bp

>pF1KB7746 1461
>gi568815578f:44872077_45175173 (Chr20)

1-35  (94493-94527)   100% ->
36-116  (100002-100082)   100% ->
117-245  (106367-106495)   100% ->
246-360  (109753-109867)   100% ->
361-525  (115056-115220)   100% ->
526-693  (123014-123181)   100% ->
694-831  (125093-125230)   100% ->
832-960  (128316-128444)   100% ->
961-1147  (129091-129277)   100% ->
1148-1305  (152897-153054)   100% ->
1306-1461  (202942-203097)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGACGGTACAGCTGAGGAACCCGCCGCGCCG         GCAGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
  94493 ATGGAGACGGTACAGCTGAGGAACCCGCCGCGCCGGTG...CAGGCAGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAAAAAGTTGGATGAAGATAGTTTAACCAAACAACCAGAAGAAGTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100008 GAAAAAGTTGGATGAAGATAGTTTAACCAAACAACCAGAAGAAGTATTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTCTTAGAGAAACTTGGAGAAGG         GTCCTATGGCAGCGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100058 ATGTCTTAGAGAAACTTGGAGAAGGGTG...TAGGTCCTATGGCAGCGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TACAAAGCTATTCATAAAGAGACCGGCCAGATTGTTGCTATTAAGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106383 TACAAAGCTATTCATAAAGAGACCGGCCAGATTGTTGCTATTAAGCAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCTGTGGAATCAGACCTCCAGGAGATAATCAAAGAAATCTCTATAATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106433 TCCTGTGGAATCAGACCTCCAGGAGATAATCAAAGAAATCTCTATAATGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCAATGTGACAG         CCCTCATGTAGTCAAATATTATGGCAGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106483 AGCAATGTGACAGGTA...TAGCCCTCATGTAGTCAAATATTATGGCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATTTTAAGAACACAGACTTATGGATCGTTATGGAGTACTGTGGGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109781 TATTTTAAGAACACAGACTTATGGATCGTTATGGAGTACTGTGGGGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTCTGTATCTGATATCATTCGATTACGAAATAAAACG         TTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109831 TTCTGTATCTGATATCATTCGATTACGAAATAAAACGGTA...CAGTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAGAAGATGAAATAGCTACAATATTACAATCAACTCTTAAGGGACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115060 CAGAAGATGAAATAGCTACAATATTACAATCAACTCTTAAGGGACTTGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TACCTTCATTTTATGAGAAAAATACACCGAGATATCAAGGCAGGAAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115110 TACCTTCATTTTATGAGAAAAATACACCGAGATATCAAGGCAGGAAATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTGCTAAATACAGAAGGACATGCAAAACTTGCAGATTTTGGGGTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115160 TTTGCTAAATACAGAAGGACATGCAAAACTTGCAGATTTTGGGGTAGCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCAACTTACA         GATACCATGGCCAAGCGGAATACAGTGATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 115210 GTCAACTTACAGTA...TAGGATACCATGGCCAAGCGGAATACAGTGATA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGAACACCATTTTGGATGGCTCCAGAAGTGATTCAGGAAATTGGATACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123044 GGAACACCATTTTGGATGGCTCCAGAAGTGATTCAGGAAATTGGATACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTGTGTAGCAGACATCTGGTCCCTGGGAATAACTGCCATAGAAATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123094 CTGTGTAGCAGACATCTGGTCCCTGGGAATAACTGCCATAGAAATGGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AAGGAAAGCCCCCTTATGCTGATATCCATCCAATGAGG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 123144 AAGGAAAGCCCCCTTATGCTGATATCCATCCAATGAGGGTA...CAGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCTTCATGATTCCTACAAATCCTCCTCCCACATTCCGAAAACCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125096 ATCTTCATGATTCCTACAAATCCTCCTCCCACATTCCGAAAACCAGAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ATGGTCAGATAACTTTACAGATTTTGTGAAACAGTGTCTTGTAAAGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125146 ATGGTCAGATAACTTTACAGATTTTGTGAAACAGTGTCTTGTAAAGAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGAGCAGAGGGCCACAGCCACTCAGCTCCTGCAG         CACCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125196 CTGAGCAGAGGGCCACAGCCACTCAGCTCCTGCAGGTA...TAGCACCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TTTGTCAGGAGTGCCAAAGGAGTGTCAATACTGCGAGACTTAATTAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128322 TTTGTCAGGAGTGCCAAAGGAGTGTCAATACTGCGAGACTTAATTAATGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 AGCCATGGATGTGAAACTGAAACGCCAGGAATCCCAGCAGCGGGAAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128372 AGCCATGGATGTGAAACTGAAACGCCAGGAATCCCAGCAGCGGGAAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACCAGGACGATGAAGAAAACTCA         GAAGAGGATGAAATGGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 128422 ACCAGGACGATGAAGAAAACTCAGTG...CAGGAAGAGGATGAAATGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTGGCACGATGGTTCGAGCAGTGGGTGATGAGATGGGCACTGTCCGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129109 TCTGGCACGATGGTTCGAGCAGTGGGTGATGAGATGGGCACTGTCCGAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGCCAGCACCATGACTGATGGAGCCAATACTATGATTGAGCACGATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129159 AGCCAGCACCATGACTGATGGAGCCAATACTATGATTGAGCACGATGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CGTTGCCATCACAACTGGGCACCATGGTGATCAATGCAGAGGATGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129209 CGTTGCCATCACAACTGGGCACCATGGTGATCAATGCAGAGGATGAGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGAAGGAACTATGAAAA         GAAGGGATGAGACCATGCAGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129259 GAGGAAGGAACTATGAAAAGTA...CAGGAAGGGATGAGACCATGCAGCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TGCGAAACCATCCTTTCTTGAATATTTTGAACAAAAAGAAAAGGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152919 TGCGAAACCATCCTTTCTTGAATATTTTGAACAAAAAGAAAAGGAAAACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGATCAACAGCTTTGGCAAGAGTGTACCTGGTCCACTGAAAAATTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152969 AGATCAACAGCTTTGGCAAGAGTGTACCTGGTCCACTGAAAAATTCTTCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATTGGAAAATACCACAGGATGGAGACTACGAGTTT         CTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 153019 GATTGGAAAATACCACAGGATGGAGACTACGAGTTTGTA...TAGCTTAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGTTGGACAGTGGAGGACCTTCAGAAGAGGCTCTTGGCCCTGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202947 GAGTTGGACAGTGGAGGACCTTCAGAAGAGGCTCTTGGCCCTGGACCCCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGATGGAGCAGGAGATTGAAGAGATCCGGCAGAAGTACCAGTCCAAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202997 TGATGGAGCAGGAGATTGAAGAGATCCGGCAGAAGTACCAGTCCAAGCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 CAGCCCATCCTGGATGCCATAGAGGCTAAGAAGAGACGGCAACAAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203047 CAGCCCATCCTGGATGCCATAGAGGCTAAGAAGAGACGGCAACAAAACTT

   1550 
   1461 C
        |
 203097 C