seq1 = pF1KB7745.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KB7745/gi568815597r_23409883.tfa (gi568815597r:23409883_23630793), 220911 bp

>pF1KB7745 1311
>gi568815597r:23409883_23630793 (Chr1)

(complement)

1-252  (100001-100252)   100% ->
253-358  (106306-106411)   100% ->
359-578  (108738-108957)   100% ->
579-737  (109723-109881)   100% ->
738-852  (111664-111778)   100% ->
853-1045  (114267-114459)   100% ->
1046-1311  (120646-120911)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCAAGGGCCCCGGGCCTTGGCTTCGGCCGCTGGGCAGACCCCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCAAGGGCCCCGGGCCTTGGCTTCGGCCGCTGGGCAGACCCCGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGTGCCCGCGATGAGCCCCACAGAGCTGTGGCCATCCGGCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGTGCCCGCGATGAGCCCCACAGAGCTGTGGCCATCCGGCCTCAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCCCCAGCTCTGCCCAGCTACTGCTACCTACTACACACCGCTGTACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCCCCAGCTCTGCCCAGCTACTGCTACCTACTACACACCGCTGTACCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGACGGCGCCTCCCGCAGCGGCGCCAGGCACCTGCCTCGACGCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGACGGCGCCTCCCGCAGCGGCGCCAGGCACCTGCCTCGACGCCACTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACGGACCCGAGGGCCAAGTTGTGCGATGCCTGCCGGCAGGCCGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCACGGACCCGAGGGCCAAGTTGTGCGATGCCTGCCGGCAGGCCGGCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CG         GCCAAAAGGAAGCTGGATCTGGAGGGGATTGGGAGGCCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGTA...AAGGCCAAAAGGAAGCTGGATCTGGAGGGGATTGGGAGGCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCGTCCCTGAGTTCCCAACCCCCAAGGGGAAGTGCATCAGAGTGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106345 GTCGTCCCTGAGTTCCCAACCCCCAAGGGGAAGTGCATCAGAGTGGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCCCCAGCCCCAAAA         CCCCCAAATCCCCCGGGGAGAAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 106395 CCTCCCCAGCCCCAAAAGTA...CAGCCCCCAAATCCCCCGGGGAGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCGGTATGACACTTCGCTGGGGCTGCTCACCAAGAAGTTCATTTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108762 CTCGGTATGACACTTCGCTGGGGCTGCTCACCAAGAAGTTCATTTACCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTGAGCGAGTCAGAGGATGGGGTCCTGGACCTGAACTGGGCCGCTGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108812 CTGAGCGAGTCAGAGGATGGGGTCCTGGACCTGAACTGGGCCGCTGAGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGGACGTGCAGAAGCGGCGCATCTATGACATCACCAACGTGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108862 GCTGGACGTGCAGAAGCGGCGCATCTATGACATCACCAACGTGCTGGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCATCCAGCTCATCCGCAAGAAGGCCAAGAACAACATCCAGTGGGT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108912 GCATCCAGCTCATCCGCAAGAAGGCCAAGAACAACATCCAGTGGGTGTG.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579      AGGCAGGGGAATGTTTGAAGACCCCACCAGACCTGGGAAGCAGCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108962 ..CAGAGGCAGGGGAATGTTTGAAGACCCCACCAGACCTGGGAAGCAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACAGCTGGGGCAGGAGCTGAAGGAGCTGATGAACACGGAGCAGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109768 ACAGCTGGGGCAGGAGCTGAAGGAGCTGATGAACACGGAGCAGGCCTTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCAGCTCATCCAGAGCTGCTCTCTGAGCTTCAAGCACCTGACTGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109818 ACCAGCTCATCCAGAGCTGCTCTCTGAGCTTCAAGCACCTGACTGAGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGGCCAACAAGAG         GCTGGCCTATGTGACTTACCAGGATAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109868 AAGGCCAACAAGAGATA...TACGCTGGCCTATGTGACTTACCAGGATAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CCGTGCTGTTGGCAACTTTAAGGAGCAGACAGTGATTGCCGTCAAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111691 CCGTGCTGTTGGCAACTTTAAGGAGCAGACAGTGATTGCCGTCAAGGCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTCCGCAGACGAGACTGGAAGTGCCCGACAGGACTGAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 111741 CTCCGCAGACGAGACTGGAAGTGCCCGACAGGACTGAGGTG...CAGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AACCTGCAGATATATCTCAAGAGCACCCAAGGGCCCATCGAAGTCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114270 AACCTGCAGATATATCTCAAGAGCACCCAAGGGCCCATCGAAGTCTACCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTGCCCAGAGGAGGTGCAGGAGCCGGACAGTCCTTCCGAGGAGCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114320 GTGCCCAGAGGAGGTGCAGGAGCCGGACAGTCCTTCCGAGGAGCCTCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CCTCTACCTCCACCCTCTGCCCCAGCCCTGACTCTGCCCAGCCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114370 CCTCTACCTCCACCCTCTGCCCCAGCCCTGACTCTGCCCAGCCCAGCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCACCGACCCTAGCATCATGGAGCCCACAGCATCCTCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 114420 AGCACCGACCCTAGCATCATGGAGCCCACAGCATCCTCAGGTA...CAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCCAGCACCAGCGCCAACCCCCCAGCAGGCCCCACCGCCTCCATCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120647 GCCAGCACCAGCGCCAACCCCCCAGCAGGCCCCACCGCCTCCATCCCTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCCCCTTGGAGGCTACTGACAGCCTGCTGGAGCTGCCGCACCCACTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120697 TCCCCTTGGAGGCTACTGACAGCCTGCTGGAGCTGCCGCACCCACTCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CAGCAGACTGAGGACCAGTTCCTGTCCCCGACCCTGGCGTGCAGCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120747 CAGCAGACTGAGGACCAGTTCCTGTCCCCGACCCTGGCGTGCAGCTCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TCTGATCAGCTTCTCCCCATCCTTGGACCAGGACGACTACCTGTGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120797 TCTGATCAGCTTCTCCCCATCCTTGGACCAGGACGACTACCTGTGGGGCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TGGAGGCGGGTGAGGGCATCAGCGATCTCTTCGACTCCTACGACCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120847 TGGAGGCGGGTGAGGGCATCAGCGATCTCTTCGACTCCTACGACCTTGGG

   1350     .    :    .
   1297 GACCTGTTGATTAAT
        |||||||||||||||
 120897 GACCTGTTGATTAAT