seq1 = pF1KB7742.tfa, 1458 bp
seq2 = pF1KB7742/gi568815595r_121531849.tfa (gi568815595r:121531849_121758347), 226499 bp

>pF1KB7742 1458
>gi568815595r:121531849_121758347 (Chr3)

(complement)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-158  (100996-101069)   100% ->
159-288  (110900-111029)   100% ->
289-399  (113420-113530)   100% ->
400-454  (115367-115421)   98% ->
455-565  (121092-121202)   100% ->
566-621  (121859-121914)   100% ->
622-691  (122544-122613)   100% ->
692-903  (123930-124141)   99% ->
904-1008  (125177-125281)   100% ->
1009-1240  (125785-126016)   100% ->
1241-1324  (126164-126247)   98% ->
1325-1458  (126366-126499)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAAGTCTGTAGTGGGCCATGATGTGTCTGTTTCCGTGGAGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGAAGTCTGTAGTGGGCCATGATGTGTCTGTTTCCGTGGAGACCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGTGATGATTGGGACACAGATCCTGACTTTGTG         AATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 GGGTGATGATTGGGACACAGATCCTGACTTTGTGGTG...CAGAATGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCTGAAAAGGAGCAACGATGGGGAGCCAAGACCATCGAGGGGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101003 TCTCTGAAAAGGAGCAACGATGGGGAGCCAAGACCATCGAGGGGTCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGCACAGAACACATCAA         CATCCACCAGCTGAGGAACAAAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101053 CGCACAGAACACATCAAGTA...CAGCATCCACCAGCTGAGGAACAAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCAGAGGAGCATGATGTTCTCAGGAAGAAAGAGATGGAGTCAGGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110924 ATCAGAGGAGCATGATGTTCTCAGGAAGAAAGAGATGGAGTCAGGGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGCATCCCATGGCTATGGAGGTCGGTTTGGAGTAGAAAGAGACCGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110974 AAGCATCCCATGGCTATGGAGGTCGGTTTGGAGTAGAAAGAGACCGAATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAAG         AGTGCAGTGGGCCATGAGTATGTTGCCGAGGTGGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111024 GACAAGGTA...CAGAGTGCAGTGGGCCATGAGTATGTTGCCGAGGTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAGCACTCTTCTCAGACGGATGCTGCCAAAGGCTTTGGGGGCAAGTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113455 GAAGCACTCTTCTCAGACGGATGCTGCCAAAGGCTTTGGGGGCAAGTACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGTTGAGAGGGACAGGGCAGACAAG         TCAGCAGTCGGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 113505 GAGTTGAGAGGGACAGGGCAGACAAGGTA...TAGTCAGCAGTCGGCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATTATAAAGGAGAAGTGGAGAAGCATACATCTCAGAAAG         A
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||>>>...>>>|
 115382 GATTATAAAGGAGAAGTGGAGAAGCACACATCTCAGAAAGGCA...CAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTACTCTCGTGGCTTTGGTGGCCGGTACGGGGTGGAGAAGGATAAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121093 TTACTCTCGTGGCTTTGGTGGCCGGTACGGGGTGGAGAAGGATAAATGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACAAAGCAGCTCTGGGATATGACTACAAGGGAGAGACGGAGAAACACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121143 ACAAAGCAGCTCTGGGATATGACTACAAGGGAGAGACGGAGAAACACGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCCCAGAGAG         ATTATGCCAAGGGCTTTGGTGGCCAGTATGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 121193 TCCCAGAGAGGTG...CAGATTATGCCAAGGGCTTTGGTGGCCAGTATGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AATCCAGAAGGACCGAGTGGATAAG         AGCGCTGTCGGCTTCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 121890 AATCCAGAAGGACCGAGTGGATAAGGTA...CAGAGCGCTGTCGGCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGAAATGGAGGCCCCGACCACAGCTTATAAGAAGACGACGCCCATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122560 ATGAAATGGAGGCCCCGACCACAGCTTATAAGAAGACGACGCCCATAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GCCG         CTTCTAGTGGTGCCCGTGGGCTGAAGGCGAAATTTGA
        ||||>>>...>>>||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 122610 GCCGGTG...CAGCTTCTAGTGGTACCCGTGGGCTGAAGGCGAAATTTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 GTCCATGGCTGAGGAGAAGAGGAAGCGAGAGGAAGAGGAGAAGGCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123967 GTCCATGGCTGAGGAGAAGAGGAAGCGAGAGGAAGAGGAGAAGGCACAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGGTGGCCAGGAGGCAACAGGAGCGAAAGGCTGTGACAAAGAGGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124017 AGGTGGCCAGGAGGCAACAGGAGCGAAAGGCTGTGACAAAGAGGAGCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGGCTCCACAGCCAGTGATAGCTATGGAAGAGCCAGCAGTACCGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124067 GAGGCTCCACAGCCAGTGATAGCTATGGAAGAGCCAGCAGTACCGGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTGCCCAAGAAAATCTCCTCAGAG         GCCTGGCCTCCAGTTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 124117 ACTGCCCAAGAAAATCTCCTCAGAGGTG...CAGGCCTGGCCTCCAGTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGACTCCTCCATCATCAGAGTCTGAGCCTGTGAGAACCAGCAGGGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125193 GGACTCCTCCATCATCAGAGTCTGAGCCTGTGAGAACCAGCAGGGAACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCAGTGCCCTTGCTGCCCATTAGGCAGACTCTCCCGGAG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 125243 CCAGTGCCCTTGCTGCCCATTAGGCAGACTCTCCCGGAGGTA...CAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CAATGAGGAGCCCCCAGCTCTGCCCCCTAGGACTCTGGAAGGCCTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125787 CAATGAGGAGCCCCCAGCTCTGCCCCCTAGGACTCTGGAAGGCCTCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGAGGAAGAGCCAGTGTACGAAGCAGAGCCTGAGCCTGAGCCCGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125837 TGGAGGAAGAGCCAGTGTACGAAGCAGAGCCTGAGCCTGAGCCCGAGCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GAGCCCGAGCCTGAGAATGACTATGAGGACGTTGAGGAGATGGACAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125887 GAGCCCGAGCCTGAGAATGACTATGAGGACGTTGAGGAGATGGACAGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGAGCAGGAGGATGAACCAGAGGGGGACTATGAGGAGGTGCTCGAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125937 TGAGCAGGAGGATGAACCAGAGGGGGACTATGAGGAGGTGCTCGAGCCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AAGATTCTTCTTTTTCTTCTGCTCTGGCTG         GATCATCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125987 AAGATTCTTCTTTTTCTTCTGCTCTGGCTGGTG...CAGGATCATCAGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TGCCCGGCTGGGGCTGGGGCTGGGGCTGTGGCTCTGGGGATCTCAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126175 TGCCCGGCTGGGGCTGGGGCTGGGGCTGTGGCTCTGGGGATCTCAGCTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GGCTCTATATGATTACCAAGGAG         AGGGAAGTGATGAGCTTT
        |||| ||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 126225 GGCTGTATATGATTACCAAGGAGGTA...CAGAGGGAAGTGATGAGCTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 CCTTTGATCCGGACGACGTAATCACTGACATTGAGATGGTGGACGAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126384 CCTTTGATCCGGACGACGTAATCACTGACATTGAGATGGTGGACGAGGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 TGGTGGCGGGGACGTTGCCATGGCCACTTTGGACTCTTCCCTGCAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126434 TGGTGGCGGGGACGTTGCCATGGCCACTTTGGACTCTTCCCTGCAAATTA

   1550     .    :    .
   1443 TGTCAAGCTTCTGGAG
        ||||||||||||||||
 126484 TGTCAAGCTTCTGGAG